Bei einer Mission, deren Ziel es ist ein vermisstes Team zu finden, entdecken Sheppard und sein Team ein eingestelltes Wraith-Experiment. Dieses betraf ein gedächtnissveränderndes Gerät, welches nun auch Ronon und Sheppard negativ beeinflusst.
Die Antiker - lange für ausgestorben gehalten - kehren nach Atlantis zurück und beanspruchen die Stadt für sich. Weir's Team muss daraufhin zurück zur Erde.
Auf einem fremden Planeten wird Scott von einer Art Pflanze mit einem Gift infiziert. Während er Halluzinationen bekommt und ständig das Bewusstsein verliert, sucht Lt. Johansen nach einem Weg, ihn zu heilen.
Die Tok'ra senden Daniel Jackson zu einem geheimen Treffen der Systemlords. Währenddessen beginnen die Goa'uld mit der Invasion der Tok'ra-Heimatwelt.
Dr. Jacksons verdeckte Mission wird von der Ankunft eine unerwarteten Gastes gestört. Der Rest des Teams erwägt derweil eine komplette Evakuierung der Tok'ra-Heimatwelt.
Die Erde wird von etwas größerem bedroht als den Goa'uld: Als das Team erfährt, dass ein Asteroid auf Kollisionskurs mit der Erde ist, werden sie auf eine Rettungsmission geschickt.
Der Anführer einer Jaffa-Rebellion bietet der Erde eine Allianz an und gewinnt das Vertrauen von Teal'c und Bra'tac.
SG-1 entdeckt eine junge Frau, die Replikatoren kontrollieren kann und vielleicht der Schlüssel zur Rettung der Asgard ist.
Das SGC wird von einer außerirdischen Lebenform eingenommen, welche sich erst in den Hauptrechner einnistet und dann in Major Carter, um zu überleben.
SG-1 muss einen fremden Planeten vor den Goa'uld retten. Dabei erhalten sie Hilfe von unerwarteter Seite. Teal'c strebt währenddessen nach Rache an dem Systemlord Cronus, für die Ermordung seines Vaters.
SG-1 hilft den Tok'ra bei ihrer Evakuierung auf einen fremden Planeten, aber die Lage verschlechtert sich, als ein Spion deren neue Position an Apophis verrät. Das SG-1-Team denkt sich einen Plan aus, um die stärkste Flotte der Goa'uld auszuschalten.
SG-1 strandet mit einem beschädigten Schiff in einer fernen Galaxie, zusammen mit Apophis, der ihnen droht sie zu vernichten. Teal'c wurde einer Gehirnwäsche unterzogen und nochmals zu Apophis' treuem Primus gemacht.
Nach der Gehirnwäsche durch Apophis muss sich Teal'c einer Prüfung unterziehen, die ihn dem Tod nahe bringt, damit er sich selber findet.
SG-1 untersucht ein geheimes NID Labor, in dem ein ruchloser Wissenschaftler von der Klontechologie gebrauch gemacht hat, um einen Mensch-Goa'uld Hybriden zu erschaffen.
Sheppard wird von einer Spezies ,bekannt als die Reisenden gefangen genommen, die sein Antikergen nutzen wollen um ein Antiker-Kriegsschiff wieder funktionsfähig zu machen.
Ein Virus ergreift die Stadt und nach und nach führt er bei den Bewohnern zu Gedächnissverlust. Mit Ausnahme von Dex und Teyla.
Sheppard wird von einer Spezies ,bekannt als die Reisenden gefangen genommen, die sein Antikergen nutzen wollen um ein Antiker-Kriegsschiff wieder funktionsfähig zu machen.
Ein Virus ergreift die Stadt und nach und nach führt er bei den Bewohnern zu Gedächnissverlust. Mit Ausnahme von Dex und Teyla.
Ein außerirdisches Wesen folgt Carter durch das Stargate, nimmt menschliche Form an und freundet sich mit ihr an.
O'Neill und Lieutenant Tyler wurden von Streitmächten der Goa'uld eingekreist und befinden sich hinter feindlichen Linien, während der Rest des Teams erkennt, dass sie Tyler nicht kennen.
SG-1 erkennt, dass ihr Trip durch das Stargate vielleicht eine komplette außerirdische Bevölkerung zum Tode verdammt hat. Das Team bittet die Asgard um Hilfe.
Cassandra wird plötzlich unter mysteriösen Umständen krank. Das SG-1-Team reist zurück auf ihren Heimatplaneten, wo sie ein dunkles Geheimnis der Goa'uld entdecken.
Das SG-1 Team entdeckt eine außerirdische Zivilisation, die Unas als Laborratten nutzt. Daniel und das Team versuchen Daniels Freund, den Unas Chaka, vor dem sicheren Tod zu bewahren.
SG-1 besucht zusammen mit einem russischen Team einen Planeten, auf dem sie in einem mysteriösen außerirdischen Tempel eingeschlossen werden.
Die Tollaner bieten der Erde überraschend Waffentechnologie an und verlangen im Gegenzug Trinium. SG-1 macht daraufhin eine schreckliche Entdeckung.
Das SG-1-Team entdeckt eine neue technologisch fortgeschrittene Rasse, mit der sie eine Allianz eingehen könnten, um im Krieg gegen die Goa'uld einen Vorteil zu erhalten. Doch sie ahnen nicht, dass die Ashen ein dunkles Geheimnis hüten.
Major Carter wird von einem todkranken Mann gekidnappt. Dieser will sein Leben retten, indem er sich einen Goa'uld-Symbionten einsetzen lässt. O'Neill ist dazu gezwungen, ein Team mit einem alten Feind zu bilden, um Carter zu retten.
Ein außerirdisches Raumschiff stürzt auf die Erde. Dadurch findet das SG-1-Team zu einem bekannten Freund zurück, muss aber entdecken, dass Martin Lloyd eine TV-Show über die Abenteuer von SG-1 geschaffen hat.
Col. Young wird von einer wiederkehrenden Vision geplagt, bei der die Destiny - egal was er tut - zerstört wird. Während er an seinen Führungsqualitäten zweifelt, beginnt Eli mit einer Technikerin der Luzianer-Allianz zusammen zu arbeiten.
Der neu gewählte Präsident wird über das Stargate Programm informiert und Vize-Präsident Kinsey unternimmt einen neuen Versuch, die Macht des SGC an sich zu reißen.
Nachdem die Asuraner O'Neill und Woolsey gefangen genommen haben, muss das Team um Weir und Sheppard einen Plan entwickeln, um die beiden so schnell wie möglich zu befreien und die Stadt zu retten.
McKay´s "Wal" ist zurückgekehrt und kurz darauf werden zahlreiche Bewohner von Atlantis von Halluzinationen heimgesucht. So auch Dr.Carson Beckett, welcher sieht wie ein schwerverbrannter Mann operiert wird. Doch es kommt noch zu weiteren Problemen.
Während er mit Kadetten auf einem geheimen Gelände übt, erfährt O'Neill von einer möglichen Infiltration des SGC. Die jungen Kadetten finden sich plötzlich in einer realen Kampfsituation wieder.
O'Neill geht ein großes Risiko ein, als er das Wissen der Antiker vor den Goa'uld schützt, als das Team eine zweite Wissensdatenbank findet. Kurz darauf erfährt das Team, dass der neue Präsident eine Umstrukturierung des SGC vorsieht und General Hammond durch eine zivile Diplomatin ersetzt. (Teil 1 von 2)
Eine Fehlfunktion hält Teal'c im Stargate gefangen. Um ihn zu retten, ist SG-1 auf die Hilfe der Russen und eines alten Feindes angewiesen.
Anubis beginnt mit einem systematischen Angriff auf die Erde und die einzige Hoffnung unseres Planeten liegen darin, ob SG-1 die mystische Stadt der Antiker, Atlantis, findet. (Teil 2 von 2)
Die Tok'ra senden Daniel Jackson zu einem geheimen Treffen der Systemlords. Währenddessen beginnen die Goa'uld mit der Invasion der Tok'ra-Heimatwelt.
Dr. Jacksons verdeckte Mission wird von der Ankunft eine unerwarteten Gastes gestört. Der Rest des Teams erwägt derweil eine komplette Evakuierung der Tok'ra-Heimatwelt.
Nachdem die Asuraner O'Neill und Woolsey gefangen genommen haben, muss das Team um Weir und Sheppard einen Plan entwickeln, um die beiden so schnell wie möglich zu befreien und die Stadt zu retten.
McKay´s "Wal" ist zurückgekehrt und kurz darauf werden zahlreiche Bewohner von Atlantis von Halluzinationen heimgesucht. So auch Dr.Carson Beckett, welcher sieht wie ein schwerverbrannter Mann operiert wird. Doch es kommt noch zu weiteren Problemen.
Col. Young wird von einer wiederkehrenden Vision geplagt, bei der die Destiny - egal was er tut - zerstört wird. Während er an seinen Führungsqualitäten zweifelt, beginnt Eli mit einer Technikerin der Luzianer-Allianz zusammen zu arbeiten.
Da kein Shuttle mehr zur Verfügung steht, springen Dr. Rush und Col. Young in den Raumanzügen zu einem außerirdischen Schiff hinüber. Dieses aktiviert plötzlich seine Triebwerke, weshalb die Crew auf Hilfe von der Erde zurückgreifen muss, um die beiden wieder sicher an Bord holen zu können.
Das Team trifft erneut auf Lucius Lavin, der die Bewohner eines Dorfes mit Hilfe von Antikertechnologie manipuliert und sich als unverletztlichen Stadtheld feiern lässt.
Bei der Erforschung eines unbekannten Teiles der Stadt, gerät Dr.McKay unter die Wirkung eines Antikergerätes. Er trägt keine Verletzungen von sich, aber bereits kurze Zeit später stellt er erste Veränderungen fest...
Die Erde wird von etwas größerem bedroht als den Goa'uld: Als das Team erfährt, dass ein Asteroid auf Kollisionskurs mit der Erde ist, werden sie auf eine Rettungsmission geschickt.
Der Anführer einer Jaffa-Rebellion bietet der Erde eine Allianz an und gewinnt das Vertrauen von Teal'c und Bra'tac.
SG-1 entdeckt eine junge Frau, die Replikatoren kontrollieren kann und vielleicht der Schlüssel zur Rettung der Asgard ist.
SG-1 ist auf die Hilfe von Maybournes ehemaligen Teammitgliedern angewiesen, um eine Welt vor der Zerstörung durch die Goa'uld zu bewahren.