Während er mit Kadetten auf einem geheimen Gelände übt, erfährt O'Neill von einer möglichen Infiltration des SGC. Die jungen Kadetten finden sich plötzlich in einer realen Kampfsituation wieder.
Eine Fehlfunktion hält Teal'c im Stargate gefangen. Um ihn zu retten, ist SG-1 auf die Hilfe der Russen und eines alten Feindes angewiesen.
Die Tok'ra senden Daniel Jackson zu einem geheimen Treffen der Systemlords. Währenddessen beginnen die Goa'uld mit der Invasion der Tok'ra-Heimatwelt.
Dr. Jacksons verdeckte Mission wird von der Ankunft eine unerwarteten Gastes gestört. Der Rest des Teams erwägt derweil eine komplette Evakuierung der Tok'ra-Heimatwelt.
Nachdem die Asuraner O'Neill und Woolsey gefangen genommen haben, muss das Team um Weir und Sheppard einen Plan entwickeln, um die beiden so schnell wie möglich zu befreien und die Stadt zu retten.
McKay´s "Wal" ist zurückgekehrt und kurz darauf werden zahlreiche Bewohner von Atlantis von Halluzinationen heimgesucht. So auch Dr.Carson Beckett, welcher sieht wie ein schwerverbrannter Mann operiert wird. Doch es kommt noch zu weiteren Problemen.
Während er mit Kadetten auf einem geheimen Gelände übt, erfährt O'Neill von einer möglichen Infiltration des SGC. Die jungen Kadetten finden sich plötzlich in einer realen Kampfsituation wieder.
Eine Fehlfunktion hält Teal'c im Stargate gefangen. Um ihn zu retten, ist SG-1 auf die Hilfe der Russen und eines alten Feindes angewiesen.
Die Tok'ra senden Daniel Jackson zu einem geheimen Treffen der Systemlords. Währenddessen beginnen die Goa'uld mit der Invasion der Tok'ra-Heimatwelt.
Dr. Jacksons verdeckte Mission wird von der Ankunft eine unerwarteten Gastes gestört. Der Rest des Teams erwägt derweil eine komplette Evakuierung der Tok'ra-Heimatwelt.
Die Erde wird von etwas größerem bedroht als den Goa'uld: Als das Team erfährt, dass ein Asteroid auf Kollisionskurs mit der Erde ist, werden sie auf eine Rettungsmission geschickt.
Der Anführer einer Jaffa-Rebellion bietet der Erde eine Allianz an und gewinnt das Vertrauen von Teal'c und Bra'tac.
SG-1 entdeckt eine junge Frau, die Replikatoren kontrollieren kann und vielleicht der Schlüssel zur Rettung der Asgard ist.
SG-1 ist auf die Hilfe von Maybournes ehemaligen Teammitgliedern angewiesen, um eine Welt vor der Zerstörung durch die Goa'uld zu bewahren.
Das Team trifft erneut auf Lucius Lavin, der die Bewohner eines Dorfes mit Hilfe von Antikertechnologie manipuliert und sich als unverletztlichen Stadtheld feiern lässt.
Bei der Erforschung eines unbekannten Teiles der Stadt, gerät Dr.McKay unter die Wirkung eines Antikergerätes. Er trägt keine Verletzungen von sich, aber bereits kurze Zeit später stellt er erste Veränderungen fest...
Die Erde wird von etwas größerem bedroht als den Goa'uld: Als das Team erfährt, dass ein Asteroid auf Kollisionskurs mit der Erde ist, werden sie auf eine Rettungsmission geschickt.
Der Anführer einer Jaffa-Rebellion bietet der Erde eine Allianz an und gewinnt das Vertrauen von Teal'c und Bra'tac.
SG-1 entdeckt eine junge Frau, die Replikatoren kontrollieren kann und vielleicht der Schlüssel zur Rettung der Asgard ist.
SG-1 ist auf die Hilfe von Maybournes ehemaligen Teammitgliedern angewiesen, um eine Welt vor der Zerstörung durch die Goa'uld zu bewahren.
Daniel Jackson wird auf einem fremden Planeten, auf dem er sich zusammen mit SG-1 befindet, einer tödlichen Dosis radioaktiver Strahlung ausgesetzt und liegt im Sterben. Das Team erfährt derweil, dass die Bewohner des Planeten eine Massenvernichtungswaffe bauen.
SG-1 muss den Asgard zu Hilfe eilen, als Anubis eine geheime Laboreinrichtung ihrer Alliierten angreift. Dort erfahren sie Unglaubliches.
Eine Tragödie verbindet Teal'c mit seinem Sohn, der ihn beschuldigt, für den Tod seiner Mutter verantwortlich zu sein. O'Neill und Carter starten einen riskanten Plan mit ungetesteter Technologie, als die Erde von den Goa'uld angegriffen wird.
Die Goa'uld haben das Stargate in eine tödliche Waffe verwandelt und Carter muss einen Weg finden, die Erde vor der Vernichtung zu bewahren. Gleichzeitig begleitet Rya'c Teal'c und Bra'tac auf eine gefährliche Mission.
Die Tollaner nehmen Skaara und Klorel ins Verhör, um zu entscheiden, wem die Macht über den Körper gebührt.
Das Atlantis-Team entdeckt eine Weltraumstation und in dieser tausende Menschen, die sich innerhalb eines Energiespeichers befinden und dadurch hoffen, ihren Feind - die Wraith - zu überleben.
Daniel Jackson wird auf einem fremden Planeten, auf dem er sich zusammen mit SG-1 befindet, einer tödlichen Dosis radioaktiver Strahlung ausgesetzt und liegt im Sterben. Das Team erfährt derweil, dass die Bewohner des Planeten eine Massenvernichtungswaffe bauen.
SG-1 muss den Asgard zu Hilfe eilen, als Anubis eine geheime Laboreinrichtung ihrer Alliierten angreift. Dort erfahren sie Unglaubliches.
Eine Tragödie verbindet Teal'c mit seinem Sohn, der ihn beschuldigt, für den Tod seiner Mutter verantwortlich zu sein. O'Neill und Carter starten einen riskanten Plan mit ungetesteter Technologie, als die Erde von den Goa'uld angegriffen wird.
Die Goa'uld haben das Stargate in eine tödliche Waffe verwandelt und Carter muss einen Weg finden, die Erde vor der Vernichtung zu bewahren. Gleichzeitig begleitet Rya'c Teal'c und Bra'tac auf eine gefährliche Mission.
SG-1 betritt ein Goa'uld-Mutterschiff, das in der Erdumlaufbahn treibt und droht, in den Ozean zu stürzen. An Bord erhalten sie unerwartete Hilfe.
Ein Team von Wissenschaftlern entdeckt in der Antarktis eine Frau, die im Eis eingefroren ist: genau dort, wo das zweite Stargate gefunden wurde. SG-1 kommt hinzu und wird von einem mysteriösen Virus befallen.
Carter, Teal'c und Jonas bringen den Tod eines Wissenschaftlers mit den Goa'uld in Verbindung und finden eine kleine Stadt, deren Bewohner ein dunkles Geheimnis hüten.
O'Neill wird von den Goa'uld gefangen genommen und gefoltert. Er muss sich auf einen alten Freund verlassen, um zu überleben.
Ein anfänglich ganz normaler Sonntag in Atlantis verwandelt sich zu einem schlimmsten Tag der Expedition, als eine Bombe in der Stadt explodiert.
Das Atlantis Team ist auf der Suche nach Alternativen zu den Zero Point Modulen. Doch während einem Tauchgang mit einem der Jumper gibt dieser plötzlich seinen Geist auf und man wird sehr alten und wütendem Feind angegriffen.
SG-1 betritt ein Goa'uld-Mutterschiff, das in der Erdumlaufbahn treibt und droht, in den Ozean zu stürzen. An Bord erhalten sie unerwartete Hilfe.
Ein Team von Wissenschaftlern entdeckt in der Antarktis eine Frau, die im Eis eingefroren ist: genau dort, wo das zweite Stargate gefunden wurde. SG-1 kommt hinzu und wird von einem mysteriösen Virus befallen.
Carter, Teal'c und Jonas bringen den Tod eines Wissenschaftlers mit den Goa'uld in Verbindung und finden eine kleine Stadt, deren Bewohner ein dunkles Geheimnis hüten.
O'Neill wird von den Goa'uld gefangen genommen und gefoltert. Er muss sich auf einen alten Freund verlassen, um zu überleben.
Jonas' Volk bittet die Erde um Unterstützung im Krieg gegen eine rivalisierende Nation, aber sein alter Mentor unterbreitet ihm eine andere Möglichkeit: eine Widerstandsbewegung, die bereit ist, die Herrschaft zu übernehmen und den Frieden zu sichern.
Als das SG-1-Team von den Goa'uld gefangen genommen wird, startet eine Gruppe Wissenschaftler einen riskanten Rettungsversuch ... egal ob sie erwünscht sind oder nicht.
Das Misstrauen zwischen den Tok'ra und den Jaffa-Rebellen wächst, als die Alpha Site der Erde von einem unsichtbaren Feind angegriffen wird.
Ein außerirdisches Volk bietet der Erde ein Heilmittel an, das alle Krankheiten heilen kann. Aber der Preis dafür ist vielleicht zu hoch ...
Michael kehrt zurück und ist von den Versuchen des Atlantisteams, ihn zu vernichten, ganz und gar nicht begeistert. Sein jüngstes wissenschaftliches Projekt bedeutet eine Menge Schmerz für das Atlantis-Team.
Als ein Erstschlag auf einen Replikatorplaneten katastrophal schiefgeht, muss Dr. Weir radikale Schritte einleiten, um Atlantis vor der Vernichtung zu bewahren.
Jonas' Volk bittet die Erde um Unterstützung im Krieg gegen eine rivalisierende Nation, aber sein alter Mentor unterbreitet ihm eine andere Möglichkeit: eine Widerstandsbewegung, die bereit ist, die Herrschaft zu übernehmen und den Frieden zu sichern.
Als das SG-1-Team von den Goa'uld gefangen genommen wird, startet eine Gruppe Wissenschaftler einen riskanten Rettungsversuch ... egal ob sie erwünscht sind oder nicht.
Das Misstrauen zwischen den Tok'ra und den Jaffa-Rebellen wächst, als die Alpha Site der Erde von einem unsichtbaren Feind angegriffen wird.
Ein außerirdisches Volk bietet der Erde ein Heilmittel an, das alle Krankheiten heilen kann. Aber der Preis dafür ist vielleicht zu hoch ...
Im All gefangen müssen Dr. McKay und das Team alles tun, um zu verhindern, dass die Schilde der Stadt versagen. Währenddessen muss sich Dr. Weir einer schweren Operation unterziehen.
Col. Sheppard und das Team unternehmen eine riskante Mission um von den Replikatoren ein ZPM zu erbeuten. Währenddessen befinden sich die Apollo und Col. Carter verzweifelt auf der Suche nach Atlantis.
Eine Gruppe von Ronons Heimatwelt bittet das Team um Hilfe zum Angriff auf eine Waffenfabrik der Wraith. Während des Einsatzes findet man sich jedoch inmitten eines Konfliktes mit einem unerwarteten Feind.
Wieder vereint mit einigen seiner Leuten, wird Ronon gefragt, ob er nicht die Atlantis Expedition verlassen würde um sich Ihnen anzuschliessen.
Während eines Einsatzes wird Col. Sheppard zum Wirt eines fremden Wesens. Zurück auf Atlantis beeinflusst dieses andere Teammitglieder und bewirkt furchtbare Albträume.
Sheppard wird von einer Spezies ,bekannt als die Reisenden gefangen genommen, die sein Antikergen nutzen wollen um ein Antiker-Kriegsschiff wieder funktionsfähig zu machen.
Im All gefangen müssen Dr. McKay und das Team alles tun, um zu verhindern, dass die Schilde der Stadt versagen. Währenddessen muss sich Dr. Weir einer schweren Operation unterziehen.
Col. Sheppard und das Team unternehmen eine riskante Mission um von den Replikatoren ein ZPM zu erbeuten. Währenddessen befinden sich die Apollo und Col. Carter verzweifelt auf der Suche nach Atlantis.
Eine Gruppe von Ronons Heimatwelt bittet das Team um Hilfe zum Angriff auf eine Waffenfabrik der Wraith. Während des Einsatzes findet man sich jedoch inmitten eines Konfliktes mit einem unerwarteten Feind.
Wieder vereint mit einigen seiner Leuten, wird Ronon gefragt, ob er nicht die Atlantis Expedition verlassen würde um sich Ihnen anzuschliessen.
Während eines Einsatzes wird Col. Sheppard zum Wirt eines fremden Wesens. Zurück auf Atlantis beeinflusst dieses andere Teammitglieder und bewirkt furchtbare Albträume.
Sheppard wird von einer Spezies ,bekannt als die Reisenden gefangen genommen, die sein Antikergen nutzen wollen um ein Antiker-Kriegsschiff wieder funktionsfähig zu machen.
Ein Virus ergreift die Stadt und nach und nach führt er bei den Bewohnern zu Gedächnissverlust. Mit Ausnahme von Dex und Teyla.
Teyla und Dr.Keller sind auf einer Aussenmission, wobei sie die neue Heimatwelt von Teylas Volk, den Athosianer, besuchen. Doch der eigentlich problemlose Ausflug, nimmt plötzlich ungeahnte Wendungen.
Dier Siedlung der Athosianer ist menschenleer und die Kisten, welche mit Waffen von Atlantis gefüllt waren, sind ebenso leer. Kurz darauf werden sie von Bola Kais gejagt, in der darauf folgenden Flucht verletzt sich Dr.Keller.
Bisher war es nicht möglich, etwas über das Verschwinden von Teylas Volk in Erfahrung zu bringen. Sie scheinen wie von Erdboden verschluckt.Teyla überzeugt Colonel Carter davon, das Team zu den Vedeenianern zu schicken. Es handelt sich um ein Handel treibendes Volk, desse Anführer Davos, ihnen aufgrund seiner seherischen Fähigkeiten vielleicht helfen kann. Das Team hat zwar starke Zweifel, stimmt aber Teyla zu liebe zu.
Der darauf folgende Besuch soll zu einigen Überraschungen führen...
Nachdem Jeannie McKay, Schwester von Dr. Rodney McKay, bereits einmal für das Stargate-Projekt tätig war - und das sehr erfolgreich - möchte man sie erneut hinzuziehen. Da McKay und der Wraith, Todd, anscheinend nicht weiter kommen.
Doch währenddessen kommt es zu einem tragischen Zwischenfall auf der Erde. Das Opfer ist Jeannie, welche entführt wird und worauf McKay mit Sheppard und Ronon auf die Erde zurückkehren. Jedoch erweist sich die Sache als komplizierter als gedacht....
Eine unbekannte Drohne trifft Atlantis und lässt das Team vermuten, dass die Replikatoren die Stadt gefunden haben. Doch es gibt weitere Hinweise, dass etwas nicht stimmt.
Ein Virus ergreift die Stadt und nach und nach führt er bei den Bewohnern zu Gedächnissverlust. Mit Ausnahme von Dex und Teyla.
Teyla und Dr.Keller sind auf einer Aussenmission, wobei sie die neue Heimatwelt von Teylas Volk, den Athosianer, besuchen. Doch der eigentlich problemlose Ausflug, nimmt plötzlich ungeahnte Wendungen.
Dier Siedlung der Athosianer ist menschenleer und die Kisten, welche mit Waffen von Atlantis gefüllt waren, sind ebenso leer. Kurz darauf werden sie von Bola Kais gejagt, in der darauf folgenden Flucht verletzt sich Dr.Keller.
Bisher war es nicht möglich, etwas über das Verschwinden von Teylas Volk in Erfahrung zu bringen. Sie scheinen wie von Erdboden verschluckt.Teyla überzeugt Colonel Carter davon, das Team zu den Vedeenianern zu schicken. Es handelt sich um ein Handel treibendes Volk, desse Anführer Davos, ihnen aufgrund seiner seherischen Fähigkeiten vielleicht helfen kann. Das Team hat zwar starke Zweifel, stimmt aber Teyla zu liebe zu.
Der darauf folgende Besuch soll zu einigen Überraschungen führen...
Nachdem Jeannie McKay, Schwester von Dr. Rodney McKay, bereits einmal für das Stargate-Projekt tätig war - und das sehr erfolgreich - möchte man sie erneut hinzuziehen. Da McKay und der Wraith, Todd, anscheinend nicht weiter kommen.
Doch währenddessen kommt es zu einem tragischen Zwischenfall auf der Erde. Das Opfer ist Jeannie, welche entführt wird und worauf McKay mit Sheppard und Ronon auf die Erde zurückkehren. Jedoch erweist sich die Sache als komplizierter als gedacht....
Eine unbekannte Drohne trifft Atlantis und lässt das Team vermuten, dass die Replikatoren die Stadt gefunden haben. Doch es gibt weitere Hinweise, dass etwas nicht stimmt.
Die Atlantis Expedition hat sich mit dem gefangen genommenen Wraith-Wissenschaftler verbündet, welcher nun unter schwerer Bewachung, zusammen mit McKay im Kampf gegen ihren gemeinsamen Feind hilft.
Das Team um Colonel Sheppard wird von ihrem ehemaligen Wraithverbündeten zu seinem verlassenen Hive gelockt. Dort erfahren sie von einem großen Geheimnis der Wraith, das den Ausgang des Krieges bestimmen könnte.
Durch einen Quarantänealarm und eine anschließende Verschließung aller Türen in Atlantis sitzen kleinere Gruppen der Expeditionsteilnehmer in verschiedenen Teilen der Stadt fest.
Sheppard und McKay sollen einer königlichen Gesellschaft helfen, erfolgreich ihre neue Königin zu bekommen und müssen deswegen um ihr Leben fürchten, denn die Genii sind hinter ihnen her........
Colonel Sheppards Vater ist verstorben, was ihn dazu bringt zur Erde zurückzukehren. Dort angekommen, warten nicht nur alte Erinnerungen auf ihn. Auch das Wiedersehen mit seinem Bruder verläuft nicht sonderlich familiär. Doch viel Zeit bleibt ihm nicht, das Stargate Project wirft lange Schatten.
Kurze Zeit später befindet sich Sheppard mit Ronon auf der Jagd nach einem Replikator und trifft einen alten Bekannten wieder.
Ein unterirdisches Drama beginnt, als Col. Carter, Dr. McKay und Dr. Keller während einer Off-World Mission in einer ehemaligen Mine gefangen werden.
Teal`c ist zu Besuch in Atantis, um Ronon Dex für die anstehende Besprechung mit der IOA vorzubereiten. Diese will ihn auf die Eignung für das Stargate Programm überprüfen. In der Zwischenzeit planen die Wraith einen Angriff auf die Midwaystation. Der Plan zur Zerstörung dieser, beinhaltet auch einen Besuch im SGC, und somit der Erde.
Eine mysteriöse Krankheit bricht unter den Menschen der Pegasusgalaxie aus und aufgrund einer Vision über den Vater ihres Kindes besteht Teyla darauf, das Team um Sheppard auf einer Mission zu begleiten, die eine unerwartete Entdeckung für sie bereithält.
Die Rückkehr von Beckett überrascht die Crew von Atlantis. In der Zwischenzeit wird Teyla gefangen genommen und findet dabei die vermissten Athosianer, die in einer von Michaels geheimen Forschungsanlagen festgehalten werden.
Als Sheppard von einer Mission zurückkehrt findet er die Stadt komplett verlassen und "abgeschaltet" vor. Anstatt des großen Meeres, auf welchem Atlantis schwimmt ist nur noch eine Sandwüste vorhanden.
Die Atlantis Expedition hat sich mit dem gefangen genommenen Wraith-Wissenschaftler verbündet, welcher nun unter schwerer Bewachung, zusammen mit McKay im Kampf gegen ihren gemeinsamen Feind hilft.
Das Team um Colonel Sheppard wird von ihrem ehemaligen Wraithverbündeten zu seinem verlassenen Hive gelockt. Dort erfahren sie von einem großen Geheimnis der Wraith, das den Ausgang des Krieges bestimmen könnte.
Durch einen Quarantänealarm und eine anschließende Verschließung aller Türen in Atlantis sitzen kleinere Gruppen der Expeditionsteilnehmer in verschiedenen Teilen der Stadt fest.
Sheppard und McKay sollen einer königlichen Gesellschaft helfen, erfolgreich ihre neue Königin zu bekommen und müssen deswegen um ihr Leben fürchten, denn die Genii sind hinter ihnen her........
Colonel Sheppards Vater ist verstorben, was ihn dazu bringt zur Erde zurückzukehren. Dort angekommen, warten nicht nur alte Erinnerungen auf ihn. Auch das Wiedersehen mit seinem Bruder verläuft nicht sonderlich familiär. Doch viel Zeit bleibt ihm nicht, das Stargate Project wirft lange Schatten.
Kurze Zeit später befindet sich Sheppard mit Ronon auf der Jagd nach einem Replikator und trifft einen alten Bekannten wieder.
Nach einem direkten Konflikt mit Michael sind viele der Expeditionsmitglieder gefangen. Col. Carter startet eine Rettungsmission und trifft dabei auf unerwartete Schwierigkeiten.
Dr. Carson Beckett wird aus der Stasiskammer befreit, nachdem Dr. Keller von einem fremden Organismus angegriffen wurde und Atlantis erneut unter Quarantäne steht.