Beim Blick auf die Folgen von „Stargate Universe“ wird schnell klar, dass sich die Autoren auch erzählerisch von den bisherigen „Stargate“-Serien abheben wollten; der Versuch komplexen, von Beginn an episodenübergreifenden Erzählens ist die Regel.

Mit den Luzianern an Bord kommen in der zweiten und letzten Season neue Gesichter und Dynamiken in die Crew; man merkt den Storys außerdem an, dass der Forscher- und Entdeckeraspekt stärker betont wird.