Ein komplett neues Stargate-Team begibt sich auf eine gefährliche Mission zu einer weit entfernten Galaxie. Dort entdecken die Expeditionsmitglieder eine verlorenene mysthische Stadt, aber auch neue Feinde.
In der ersten Staffel von "Stargate: Atlantis" bricht das Team um Dr. Elizabeth Weir in ein neues Abenteuer auf. Durch die Aktivierung des 8. Chevrons gelangt die Expedition in die Pegasus-Galaxie, wo sich die Erdlinge in der legendären Stadt Atlantis wiederfinden.
Kaum dort angelangt, treffen sie auf neue Freunde, aber auch auf neue Feinde. Die Wraith sind erbarmungslose Gegner, die sich an der Lebenskraft der Menschen nähren und Major Sheppards Team hat sie auf sich und die neuen Bewohner von Atlantis aufmerksam gemacht. Der volle Zorn der Wraith droht die Menschen in Atlantis nun zu treffen.
Deshalb setzen Weir und Sheppard mit ihren Leuten alles daran, neue Kontakte in der Pegasus-Galaxie zu finden, die ihnen im Kampf gegen die Wraith beistehen.
Erzählerisch bleibt das mit Spannung erwartete erste Spin-Off der bewährten „Stargate“-Formel weitgehend treu und ist dennoch gespickt mit neuen Abenteuern und frischen Storylines. Dabei werden bereits in der ersten Staffel zahlreiche Grundlagen für spätere Ereignisse gelegt.
Im zweiteiligen Staffelauftakt „Aufbruch in eine neue Welt“ begibt sich eine Expedition unter der Leitung von Dr. Elizabeth Weir in die weit entfernte Pegasus-Galaxie, um die verlorene Antiker-Stadt Atlantis zu finden, nachdem in der Antarktis die achtstellige Toradresse gefunden wurde – ohne zu wissen, ob sie jemals zurückkehren werden. Unter dem Team aus Zivilisten und Militärs sind auch der bereits aus „Stargate Kommando SG-1“ bekannte Astrophysiker Dr. Rodney McKay sowie Major John Sheppard dabei, der bei einem Besuch des Außenpostens zufällig feststellt, dass er das ATA-Gen in sehr ausgeprägter Form besitzt.
Tatsächlich wird Atlantis gefunden, und die Expedition ist überwältigt; allerdings ist die Stadt im Ozean versunken und droht, überflutet zu werden. Durch eine holografische Aufzeichnung erfährt das Team auch, warum die Stadt verlassen und im Meer versenkt wurde, und von einem schrecklichen neuen Feind – den Wraith. Ein Team um Col. Marshall Sumner und Sheppard reist durch das Gate, um einen geeigneten Planeten für die Evakuierung zu finden, und stößt auf die von Teyla Emmagan angeführten Athosianer; diese führt Sheppard durch die Katakomben, wo er Teylas verlorene Halskette findet, da tauchen plötzlich drei Wraith-Darts auf und greifen das Dorf an; Teyla, Sumner, und andere werden gefangen genommen. Die Überlebenden kehren nach Atlantis zurück, wo sich die Stadt durch ein Notfallprogramm plötzlich an die Oberfläche bewegt; die Crew ist gerettet.
Für die von den Wraith Entführten wird eine Rettungsmission gestartet, mithilfe eines Antiker-Schiffes, das sich tarnen und auch durch das Gate fliegen kann – diese Schiffe werden „Puddle Jumper“ getauft. Derweil wird Sumner mit der Hüterin konfrontiert, einer Wraith, die mit einigen Soldaten über die unzähligen anderen Wraith wacht, die in einer Art Winterschlaf liegen, bis sich ihre „Weidegründe“ erholt haben – denn die Wraith saugen den Menschen die Lebensenergie aus, um zu überleben … Die Hüterin kann Gedanken lesen und erfährt so von der Erde, doch Sumner bleibt stark und gibt deren Position nicht preis. Sie saugt ihm das Leben aus, als Sheppard eingreift; ein Blick Sumners sagt ihm jedoch, was er tun soll, und Sheppard erschießt Sumner. Es gelingt, mit Sprengladungen Verwirrung zu stiften und die Gefangenen zu befreien. Sheppard tötet die Hüterin, erweckt damit aber die schlafenden Wraith … Die Flucht gelingt nur knapp und nach einem Raumgefecht um das Stargate des Planeten, das sich im Orbit befindet. So können die meisten Gefangenen gerettet und Atlantis als neue Basis etabliert werden; doch zugleich sind die Wraith frühzeitig erwacht und drängen zur Erde.
In den weiteren Folgen stehen vor allem die weitere Erkundung von Atlantis und die Erforschung des neuen Stargate-Netzwerkes im Vordergrund.
So wird in „Dunkle Schatten“ unbeabsichtigt ein Wesen in der Stadt freigesetzt, das sich von Energie ernährt, während McKay ein Gerät entdeckt, das einen persönlichen Schutzschild generiert – sich aber offenbar auch nicht mehr abnehmen lässt. Schließlich nutzt McKay den Schild, um einen Naquadah-Generator durch das Gate zu werfen und das Wesen somit fortzulocken.
In „38 Minuten“, einer Episode, die nahezu in Echtzeit abläuft, kehrt Sheppards Team zu dem Wraith-Planeten zurück, wird jedoch entdeckt und muss fliehen. Dabei wird Sheppard von einem riesigen Insekt befallen, das sich an seinem Hals festhaftet und sein Leben aussaugen will – es gibt eine evolutionäre Verbindung zwischen diesen Käfern und den Wraith. Der fliehende Jumper wird auch noch beschädigt, sodass die Triebwerke nicht korrekt einfahren und das Schiff im Gate stecken bleibt. Es bleiben besagte 38 Minuten, bevor sich das Tor selbsttätig abschaltet, um das Team zu retten …
Durch Konfrontationen mit den Wraith auf fast jeder weiteren Mission stehen bald darauf die Athosianer „Unter Verdacht“, Spione zu sein, was zu Spannungen zwischen den beiden Gruppen, aber auch Teyla und ihren Leuten führt. Als entdeckt wird, dass sich der Jumper-Hangar öffnen lässt und Sheppard einen Erkundungsflug übernimmt, wird Land entdeckt; da bittet der Athosianer Halling darum, dass seine Leute das Festland erforschen und besiedeln dürfen. Da auf dem nächsten Einsatz wiederum Wraith auf das Team lauern, gerät nun Teyla unter Verdacht. Es stellt sich jedoch heraus, dass die Halskette, die Sheppard in den Katakomben von Athos gefunden hatte, ein Gerät zur Ortung von Antikern ist, das durch seine Berührung initialisiert worden war. Der Konflikt kann so beigelegt und mithilfe des Peilsenders ein Wraith in die Falle gelockt und lebend gefangen werden.
Später trifft das Team auf einen Stamm Jugendlicher, die sich am Vorabend ihres 25. Geburtstags opfern, um die Wraith fernzuhalten; Keras, der „Stammesälteste“, soll sich noch diesen Abend opfern. Es wird entdeckt, dass ein ZPM auf dem Planeten existiert und einen EM-Schild erzeugt, der jegliche Technologie deaktiviert; jedoch ist das Ritual der „Selbstopferung“ Teil einer Populationskontrolle. Als McKay das ZPM nach Atlantis mitnimmt, ist der Planet ungeschützt, und es kommt zum Konflikt mit den jugendlichen Dorfbewohnern. Am Ende wird das ZPM aber zurückgebracht und der Schild erweitert, sodass das Opfer nicht mehr notwendig ist.
In „Tödliche Verteidigung“ besucht das Team die Hoffaner, die an einer Droge arbeiten, welche Menschen immun gegen das Nähren der Wraith macht. Dr. Beckett, der medizinische Leiter der Expedition, soll bei dem Projekt helfen und lernt die Wissenschaftlerin Perna kennen. Das Mittel wird mithilfe des gefangenen Wraiths „Steve“ und einem totkranken Hoffaner getestet; es wirkt, und Steve stirbt. Allerdings hat die Droge einen schrecklichen Nebeneffekt und tötet einen Großteil der Hoffaner, die sich das Mittel injizieren ließen – dessen ungeachtet setzen die Hoffaner das Projekt fort; damit ist zugleich einer der Grundsteine für einen der wichtigsten Handlungsbögen der gesamten Serie gelegt.
Später macht das Team eine weitere folgenschwere Bekanntschaft: die Genii. Diese sind insgeheim technologisch fortgeschritten und verfügen sogar über rudimentäre Atomwaffen in unterirdischen Bunkern, sowie über ein Netz von Spionen in der gesamten Galaxie; nach außen hin tarnen sie sich jedoch als einfache Farmleute. Sheppards Team kommt hinter das Geheimnis der Genii, als diese C4 im Gegenzug für Vorräte fordern. Um seinerseits das Atlantis-Team in eine Falle zu locken, wird eine gemeinsame Operation gegen ein Wraith-Basisschiff gestartet, um Daten über die Lage weiterer Wraith-Schiffe zu sammeln. Dabei muss der Genii Tyrus jedoch zurückgelassen werden, und auf dem Genii-Planeten gerät das Team in einen Hinterhalt, der jedoch mit zwei getarnten Jumpern gestoppt werden kann. Damit hat die Atlantis-Expedition neue Daten über die Wraith gewonnen, aber auch einen weiteren Feind …
Doch bevor die Genii zum Schlag gegen Atlantis ausholen, findet die Expedition einen Hoffnungsschimmer: Das Gate auf M5S-224 zieht Energie aus der energetisch aufgeladenen Atmosphäre des Planeten und könnte somit sogar die Erde anwählen. Es gelingt, eine Verbindung herzustellen, und aufgrund der Möglichkeit, mit der Prometheus zurück in die Pegasus-Galaxie zu reisen, gehen Dr. Weir, Teyla, Sheppard und McKay durch das Gate. Sie werden von General Hammond freundlich begrüßt, doch schon bald häufen sich die Ungereimtheiten, und es wird klar, dass alles nur eine Simulation ist. Denn die Atmosphäre von M5S-224 besteht aus Lebewesen, welche die Energie liefern und bei dem Aufbau einer echten Wurmlochverbindung sterben würden …
Im Zweiteiler „Der Sturm“/„Das Auge“ bewegt sich ein gewaltiger Sturm, ein alle 20 bis 30 Jahre auftretendes Wetterphänomen, auf Atlantis zu, weshalb die Evakuierung angeordnet wird; es ist geplant, die Erdungsstationen zu deaktivieren und die Energie des Sturms zu nutzen, um die Schildgeneratoren aufzuladen. Doch Smeadon, der Anführer der Manarianer, bei denen die Atlanter Zuflucht finden, kontaktiert die Genii, die kurz darauf unter Führung von Acastus Kolya Atlantis angreifen und Weir sowie McKay als Geiseln nehmen. Während der Sturm auf Atlantis zurast, und Teyla, Dr. Beckett und Lt. Ford mit drei athosianischen Jägern im Jumper auf dem Festland festsitzen, entbrennt ein Nervenkrieg zwischen Sheppard und Kolya … Es kommt zu einem Katz-und-Maus-Spiel zwischen Sheppard, der glaubt, Weir sei tot, und den Genii in der Stadt. Teyla, Beckett und Ford fliegen im Auge des Sturms nach Atlantis, um Sheppard zu helfen; dabei kommt es zur Konfrontation zwischen Teyla und der Genii Sora, die Teyla für den Tod ihres Vaters bei der Mission auf dem Wraith-Schiff verantwortlich macht. Die letzte Erdungsstation wird bei den Gefechten beschädigt und muss von McKay repariert werden, was erst in letzter Minute gelingt. Dennoch scheint der Plan fehlzuschlagen, und Kolya ordnet die Evakuierung an; Sheppard und Ford nutzen dies und überwältigen die restlichen Genii. Atlantis ist befreit und McKay kann den Schild gerade noch aktivieren, bevor die Monsterwelle auf Atlantis trifft.
Als das Team später bei der Erforschung des Sonnensystems per Jumper einem Notsignal folgt, stoßen Sheppard, McKay und zwei Wissenschaftler auf einen abgestürzten Wraith-Kreuzer und machen Bekanntschaft mit kleinen Lichtwesen, sowie eine schreckliche Entdeckung: Ein Wraith ist noch immer am Leben … Die beiden Wissenschaftler fallen ihm zum Opfer und er bringt sogar den Jumper unter seine Kontrolle, während Sheppard auf die Jagd nach ihm geht. Rettung kommt schließlich mit Teyla und Ford in einem zweiten Jumper, die den Wraith mit einer Drohne endgültig ausschalten.
In Atlantis bricht später ein Virus aus, der Halluzinationen hervorruft und zum Tod führt; McKay entdeckt, dass es ein Nano-Virus ist, womit zugleich ein erster Hinweis auf die Pegasus-Replikatoren gestreut wurde. Die Stadt isoliert die Crew aufgrund einer automatischen Quarantäne, doch schließlich gelingt es Sheppard, mit einem Jumper einen Naquadah-Generator in der Atmosphäre zu sprengen; der EMP setzt die Naniten außer Gefecht und rettet die Crew.
Bei der weiteren Erkundung der Pegasus-Galaxie wird ein Paradies-Planet entdeckt, der von Angriffen der Wraith verschont bleibt durch eine offenbar hochentwickelte Energiewaffe. Doch die Bewohner wissen davon nichts und glauben, ihre Göttin Athar beschütze sie. Deren Hohepriesterin Chaya, die das Team nach Atlantis begleitet und Sheppard näherkommt, erweist sich als aufgestiegene Antikerin, die zur Strafe nur ihren eigenen Planeten mit ihren Kräften vor den Wraith beschützen darf …
In Atlantis selbst macht das Team dann eine unglaubliche Entdeckung: Eine alte Frau in einer Stasiskammer entpuppt sich als Zeitzwilling von Dr. Weir – und erzählt, wie die ursprüngliche Expedition in der überfluteten Stadt umkam … Denn mit einem modifizierten Jumper reiste Weir 10.000 Jahre in die Vergangenheit, in die Zeit der Wraith-Belagerung von Atlantis. Dort ersann sie zusammen mit dem Antiker Janus die Notfallsicherung, die die Stadt in der bekannten Zeitlinie an die Oberfläche brachte.
Später sucht das Team auf dem Planeten Dagan ein ZPM, das dort als Reliquie von der Bruderschaft der Quindezim versteckt wurde. Mithilfe der Daganerin Allina, die sich zu McKay hingezogen fühlt, wird das Versteck entschlüsselt, doch die Genii wollen sich die Energiequelle aneignen. Sie können überlistet und das ZPM gewonnen werden, doch da stellt sich heraus, dass Allina die Anführerin der neuen Bruderschaft ist und das Modul nicht hergeben wird. Derweil scannt ein einzelner Wraith-Dart Atlantis und schickt eine Nachricht ins All, bevor er sich selbst zerstört – wenig später spüren die neu entdeckten Tiefenraumsensoren drei Wraith-Basischiffe auf, die sich auf dem Weg nach Atlantis befinden …
Angesichts des bevorstehenden Angriffs wird der Plan gefasst, die Erde kurz anzuwählen und eine komprimierte Datenmenge an das SGC zu schicken. Während Teyla und Sheppard bei einer Aufklärungsmission auf einem Planeten festsitzen, der von den Wraith brutal ausgedünnt wird, nimmt Lt. Ford persönliche Nachrichten der Besatzung für ihre Angehörigen und Freunde zuhause auf, die zusammen mit der Nachricht zur Erde gesendet werden sollen – „Nachrichten aus der Pegasus-Galaxie“.
Da Teyla mit dem Nahen der Wraith-Flotte schreckliche Albträume plagen, nimmt sie Kontakt mit Charin auf, einer Stammesältesten der Athosianer. Sie berichtet von einem Planeten, wo Menschen lebten, die nach Entführungen durch die Wraith zurückgekehrt waren. Auf diesem Planeten findet das Team ein Wraith-Labor – und macht eine furchtbare Entdeckung: Denn Teylas Fähigkeit, die Wraith zu spüren, ist Folge von Wraith-DNS in ihrem Erbgut. Doch damit nicht genug: Es stellt sich heraus, dass die Wraith einst insektenartige Lebewesen waren, durch Aufnahme von menschlicher DNS jedoch zu den bekannten, humanoiden Wraith wurden, sodass die Antiker indirekt verantwortlich sind für ihre Erschaffung … Es gelingt Teyla, telepathische Verbindung mit dem Wraith-Netzwerk aufzunehmen, doch plötzlich wird sie von einem Wraith übernommen. Der Versuch wird mehrfach abgebrochen, doch Teyla erkennt letztlich das Ziel der Wraith: die Erde.
Um die Wraith aufzuhalten, werden McKay, Miller und Grodin zu dem Antiker-Waffensatelliten geschickt, um ihn zu reaktivieren und gegen die angreifende Flotte einzusetzen. Derweil entwickelt Dr. Zelenka einen Computervirus, um sicherzustellen, dass die Wraith nach der Selbstzerstörung der Stadt nicht zur Erde gelangen und auch keine Daten oder Technologien mehr nutzen können. Doch nur 8% der Datenbank können vorher auf die vorhandenen Festplatten geladen werden … Die Inbetriebnahme des Satelliten funktioniert zunächst und eines der Basisschiffe wird vernichtet, doch die Waffe kann nicht nachladen; der Satellit wird mit Grodin an Bord von den zwei restlichen Schiffen zerstört. Inzwischen wird offenbar, dass sich ein Wraith – der Pilot des zerstörten Darts, der Atlantis gescannt hatte – in Atlantis befindet, denn Sgt. Bates wird schwer verletzt. Er kann gestellt werden, wird jedoch von Sheppard getötet, nachdem dieser in Teylas Bewusstsein eingedrungen war und keine Informationen preisgibt. Während die Selbstzerstörung eingeleitet wird und die Crew die Evakuierung vorbereitet, trifft jedoch unvermittelt eine weitere Militäreinheit unter der Leitung von Colonel Everett ein. Mithilfe eines neuen ZPMs (aus dem SG-1-Zweiteiler „Moebius“, Season 8) konnte ein Wurmloch nach Atlantis aufgebaut werden, und die Daedalus, das Schwesterschiff der Prometheus, ist mit dem Modul nun ebenfalls zur Unterstützung unterwegs. Everett, einst ein Freund von Colonel Sumner, gerät mit Sheppard aneinander. Die Stadt wird mit Geschütztürmen und weiteren Waffen zur Verteidigung bestückt, während Jumper Weltraum-Minen aussetzen. Doch diese werden von den Wraith durch einen Asteroidenhagel ausgeschaltet; die Strahlung legt zudem die Sensoren lahm. So ist es schon beinahe zu spät, als die erste Angriffswelle erfolgt, und es kommt zum erbitterten Gefecht gegen die Flotte der Darts, bei dem auch die letzten Drohnen aufgebraucht werden. Anschließend muss die Stadt durchkämmt werden, denn Wraith sind noch dazu in Atlantis gelandet … Als die zweite Angriffswelle übermächtig zu werden droht, wird der Plan gefasst, die Jumper mit Atombomben der Genii auszustatten und per Fernsteuerung durch den Kontrollstuhl gegen die Basisschiffe einzusetzen. Dr. Weir erhält die Nuklearwaffen nach anfänglichen Feindseligkeiten schließlich, McKay und Zelenka stellen die unfertigen Bomben fertig und die Jumper werden beladen – doch der Stuhl hat nicht genug Energie, und Sheppard beschließt, den Jumper manuell zu steuern: ein Selbstmordkommando. Derweil geraten die Teams von Teyla und Lt. Ford in Gefahr durch angreifende Wraith-Truppen, und Col. Everett sieht sich nahezu unbewaffnet einem Wraith gegenüber …