Die Crew ist gefangen genommen worden oder verletzt, die Soldaten der Luzianer-Allianz kontrollieren das Schiff und zu allem Überfluss ist die Strahlung eines Pulsars kurz davor, alle Menschen an Bord der Destiny zu töten.
Während es innerhalb der Reihen der Allianz zu Meinungsverschiedenheiten kommt, muss nun eine kleine Gruppe aus Dr. Rush, Dr. Brody, Eli und Chloe, sowie Scott und Greer alles daransetzen, das Schiff wieder unter Kontrolle zu bekommen...
Lt. Johansen wacht in einer Blockhütte auf und merkt, dass sie nicht mehr schwanger ist. Als ein Baby zu schreien beginnt, nimmt sie es auf dem Arm. Gleichzeitig betritt Dr. Caine den Raum – einer der Menschen, den die Crew auf einem Planeten zurücklies. Dieser klärt sie darüber auf, dass die Aliens, die den Planeten erschaffen haben, wohl die Möglichkeiten für intergalaktische Reisen haben. Johansen kann dies kaum glauben und erkennt gleichzeitig, dass sie ihre eigene Tochter in den Armen hält. Caine versichert ihr, dass sie sich keine Sorgen mehr machen müsse, sie sei jetzt sicher.
Auf der Destiny eilt Eli Wallace zu der Luftschleuse, durch die Lt. Scott und Sgt. Greer zurück in das Schiff gelangen sollen. Er öffnet sie, doch die Schleuse ist leer, was er den Doktoren Rush und Brody meldet. Gerade als sie die Hoffnung aufgeben wollen, meldet sich Scott über das Funkgerät. Sie haben die Strahlung des Pulsars an der Unterseite des Schiffes überlebt und machen sich nun auf den Weg zur Luftschleuse, wo Eli sich erleichtert auf den Schleusvorgang vorbereitet.
Währenddessen ist Dannic kurz davor das militärische Personal der Destiny zu erschießen. Als er von Varro abgelenkt wird, greift Col. Young ihn an, wird jedoch von Soldaten der Allianz zurückgerissen. Varro kann Dannic überzeugen, die Crew vorerst am Leben zu lassen um mit den Kommunikationssteinen Ärzte an Bord zu holen. Dannic warnt ihn aber, dass, sollte Kiva sterben, er nicht zögern würde die Crew umzubringen.
Scott und Greer sind unterdessen durch die Luftschleuse gekommen und von Eli empfangen worden, als plötzlich Chloe um die Ecke kommt. Die Blutung ihrer Schusswunde scheint gestoppt zu haben und sie ist wieder zu Kräften gekommen.
Derweil überwacht Varro im Raum mit den Kommunikationssteinen die Ankunft von vier Ärzten, unter ihnen Dr. Brightman.
Dr. Rush und Dr. Brody bemerken in ihrem Versteck, dass der Countdown für den FTL-Sprung wieder läuft. Die Schilde beschützen anscheinend die Triebwerke soweit, dass das Schiff den Sprung durchführen kann. Scott schickt Eli und Chloe auf den Weg zu den beiden, während er selbst und Greer versuchen herauszufinden, wie die Lage auf dem Schiff momentan aussieht.
Auf der Krankenstation versichert Dr. Brightman, dass Col. Telford seine Schusswunde ohne Probleme überleben wird. Commander Kiva habe aber nicht so viel Glück gehabt, ihr Überleben, erklärt Varro, sei allerdings in jedermanns Interesse. Er fragt nach Lt. Johansen, die anscheinend schwer verletzt wurde. Laut Dr. Brightman ist es nicht sicher, dass das Baby oder sie überleben werden.
Auf Johansens Frage, woher die Häuser gekommen seien, antwortet Caine, dass sie sechs der Hütten kurz vor dem Winter in einem Tal gefunden hätten. Da sie bei einem Überflug der Crew nicht existierten, scheinen sie von den Aliens erschaffen worden zu sein, damit die Menschen den Winter überleben. Offensichtlich scheinen die Aliens Johansen auch nur ausgewählt zu haben auf den Planeten zu kommen, damit ihr Baby die Verletzung überleben konnte.
Als eine Technikerin der Luzianer Varro darüber informiert, dass sie in 30 Minuten in den Hyperraum springen würden, unterbricht sie Dr. Brightman. Sie hätten alles Mögliche getan, doch Commander Kiva sei gestorben.
Währenddessen schleichen Greer und Scott durch das Schiff, immer bereit, Patrouillen der Allianz auszuweichen.
Eli und Chloe treffen im Versteck von Brody und Rush ein, der sie über einen Plan informiert, das Schiff wieder unter Kontrolle zu bringen. Er schränkt die Schilde soweit ein, dass der Pulsar wieder gefährlich wird. Dies zwingt die Allianz dazu, zu verhandeln, da die Strahlung für sie genauso tödlich ist, wie für die Crew.
Von Verhandlungen ist Dannic im Moment so weit weg wie noch nie, er kommt wieder auf den Plan zurück, die Crew einen nach dem anderen umzubringen. Varro erinnert ihn an den ursprünglichen Plan, ein paar der Wissenschaftler zu behalten und die anderen auf einem Planeten abzusetzen. Der Tod Kivas sei bedauerlich, ein blutiges Gemetzel würde jedoch nicht zur Lösung der Situation beitragen. Seine Idee ist, die Crew – mit Ausnahme der Ärzte - auf einem Planeten in Reichweite abzusetzen. Scott und Greer haben das Gespräch über ein Kino mitgehört und machen sich auf den Weg, die anderen darüber zu informieren.
Caine erklärt, dass er auf seltsame Art und Weise immer wisse, was auf dem Schiff passiert, die Aliens hätten es ihm aber nicht Auge in Auge gesagt. Plötzlich klopft es an der Tür und Dana und Peter kommen aus der Kälte hinein. Nach einer warmen und herzlichen Begrüßung verkündet Caine, dass später noch andere Besucher vorbeischauen werden um das Baby zu sehen. Dana und Peter gehen ins Nebenzimmer um das schlafende Baby zu sehen und Caine fordert Johansen auf, mit ihm einen Spaziergang zu machen. Die beiden Besucher würden sich um das Baby kümmern und er wolle ihr etwas zeigen.
In einem Quartier erwacht Col. Telford aus der Bewusstlosigkeit. Neben ihm steht Simeon, der ihn über Kivas Tod informiert und ihn nach den Details zu dem Vorfall fragt. Telford, der selbst derjenige war, der auf Kiva geschossen hat, verfängt sich beinahe in einer Geschichte von mehreren Angreifern, kann sich nach Simeons misstrauischem Nachfragen jedoch gerade noch herausreden. Er fragt nach der Situation auf dem Schiff und erfährt, dass das Schiff in ihrer Hand ist und die Schilde repariert sind; über Col. Young und seine Crew müssten sie sich bald keine Sorgen mehr machen.
Zur gleichen Zeit informiert Varro den Colonel über ihren Plan sie auf einem Planeten mit atembarer Atmosphäre abzusetzen. Young schielt zu Varros Waffe, doch dieser empfiehlt ihm – zum Wohle der Crew – es nicht zu versuchen und am Leben zu bleiben.
Im Gateraum passieren die ersten Crewmitglieder das Stargate – Col. Young geht als letzter und landet auf einem Planeten mit schroffen Kiesbergen und wenig Vegetation. Zu allem Überfluss beginnt ein Sturm aufzuziehen. Er lässt ein paar Soldaten nach Unterschlupf suchen.
Im Nebenkontrollraum macht sich Eli langsam Sorgen um Scott und Greer, die seiner Meinung nach längst zurück sein müssten. Als sie ein Geräusch hören geht er nachsehen, kommt jedoch kurz darauf mit erhobenen Händen und gefolgt von zwei Soldaten der Allianz wieder zurück. Diese geben sofort Meldung an Dannic, das sie Dr. Rush und drei andere gefunden hätten. Im Gateraum meldet Ginn, dass die Countdown-Uhr aus für sie unerklärlichen Gründen angehalten hat. Dannic stellt ihren Nutzen in Frage und erwürgt sie fast, wird jedoch von Varro zurückgehalten. Er beordert Dr. Rush in den Gateraum und befiehlt die Exekution von Dr. Brody, Eli und Chloe. Kurz bevor die Luzianer abdrücken können, erscheinen Scott und Greer und setzen die Soldaten außer Gefecht. Rush meldet sich nun bei Dannic und informiert ihn darüber, dass er Energie von den Schilden abgezogen hat um den Sprung in den Hyperraum zu vermeiden. Damit das Schiff nicht in die Hände der Allianz fällt, seien er und der Rest der Crew dazu bereit, sich selbst zu opfern. Dies trifft nicht auf Dannic zu, der erneut nach ihnen suchen lässt und, als Varro ihn zu Vernunft bringen will, seine Waffe auf diesen richtet und damit allen klarmacht, er allein sei der einzige Anführer.
Als Scott von dem Planeten erzählt, wird Dr. Rush der Vorteil der Situation bewusst: Nahezu die ganze Crew der Destiny ist so außer Reichweite des Pulsars und da das Schiff nicht springen wird, können sie sie, sobald das Schiff wieder unter Kontrolle ist, wieder an Bord nehmen. Nach Brodys Berechnungen könnten die sechs sich im Bio-Labor verschanzen, das soweit im Schiffsinneren liegt, dass auch sie vor der Strahlung des Pulsars geschützt seien. Der Schaden für die Destiny selbst wird laut Dr. Rush minimal sein. Das einzige Problem ist, dass Lt. Johansen und einige Ärzte noch an Bord sind, die von der Strahlung getroffen würden. Scott ergreift die Initiative und macht sich mit Greer auf den Weg, die Ärzte zu holen, sollten die beiden in 15 Minuten nicht im Bio-Labor sein, hat Eli die Anweisung es zu versiegeln.
Auf dem Planeten wird es inzwischen zunehmend windiger, doch Lt. James hat bereits eine Reihe kleiner Höhlen gefunden, zu denen sie sich auf den Weg machen wollen, als das Gate plötzlich aktiviert wird. Hindurch kommen Varro und ein paar seiner Gefolgsleute, die von Dannic als Verräter abgestempelt worden sind. Young ignoriert ihn und bläst zum Aufbruch, wird dabei von Varro angesprochen. Er erinnert ihn daran, dass sie nur noch leben, da er sich für sie eingesetzt hat. Auf einmal schlagen in sehr geringer Entfernung zwei heftige Blitze ein.
Währenddessen ist Camile Wray auf der Krankenstation dabei, sich die blutverschmierten Hände zu säubern und zuckt verschreckt zurück, als Schüsse ertönen. Ein Soldat der Allianz stolpert rückwärts durch die Tür, fällt tot zu Boden und Scott und Greer treten durch die Tür. Greer fragt nach Lt. Johansen, die er weiter hinten im Raum entdeckt hat. Wray informiert sie, dass Johansen angeschossen wurde und sinkt - auf die Frage, was denn mit ihrem Baby passiert sei – schluchzend auf eine Liege.
Caine und Johansen wandern durch den dunklen Wald und als sie bereits ungeduldig wird, bemerkt Caine, dass sie nun angekommen sind. Sie stehen an einem großen See, der, tief im Tal gelegen, den Blick auf den Nachthimmel freigibt, der fast auf der ganzen Breite von einem lilablauen galaktischen Nebel eingenommen wird. Der Nebel sei in der Nacht vor Johansens erscheinen aufgetreten und vorher nie dagewesen.
Caine dankt ihr für das Opfer, das sie gebracht hat, indem sie mit dem Colonel zurück auf das Schiff gegangen ist. Hätte sie dies nicht getan, hätte er sie alle zurück auf die Destiny geholt. Nach Caines Meinung sei dies auch der Grund, warum die Aliens sich entschieden hätten, ihre Tochter zu ihnen auf den Planeten zu holen. Sie selbst hätte ihre Entscheidung jedoch bereits getroffen und müsse deshalb zum Schiff zurückkehren.
Als Scott und Greer Lt. Johansen bewegen wollen, bekommen sie Gesellschaft von Soldaten der Allianz und müssen sich auf ein Feuergefecht einlassen.
Im Bio-Labor verschweißt Brody einen Lüftungsschacht, damit die Luzianer nicht einfach die Luft aus dem Raum absaugen können. Da die abgesprochenen 15 Minuten um sind, fordert Rush ihn auf, die Tür zum Labor zu versiegeln. Eli versucht ihn davon zu überzeugen, noch ein paar Minuten länger zu warten, da der nächste Ausbruch des Pulsars jeden außerhalb dieses Raumes töten wird. Rush beharrt jedoch auf seiner Meinung - sie könnten es nicht riskieren entdeckt zu werden.
Nach einer kurzen Schießerei ist klar, dass Scott und Greer von der Allianz eingekesselt worden sind und es nicht mehr ins Labor schaffen werden. Scott meldet dies an Rush und während Eli ihm noch einmal ein paar Minuten gewähren will, beginnt Brody damit, die Tür zu zu schweißen.
In der Blockhütte angekommen vermutet Johansen, dass Dana und Peter ihrer Tochter etwas angetan haben könnten, was jedoch nicht der Fall ist. Sie nimmt sie in den Arm und versichert, nicht ohne sie zu gehen. In diesem Moment tritt Caine hinzu, und sagt, dass dies nicht in ihrer Macht liege und die Aliens sie wann immer sie wollen zurück auf das Schiff holen können. Sie wisse jedoch nun, dass sich jemand um ihr Kind kümmere.
Col. Young und Lt. James kommen durch den tosenden Sturm in die Höhle, in der sich Varro und die Soldaten zurückgezogen haben. Just als Young sie informiert, dass ein Ende des Sturms nicht in Sicht sei, schlägt ein Blitz nahe am Höhleneingang ein. Die folgende statische Entladung wirft James auf den Boden; sie hat starke Schmerzen, aber scheint unverletzt zu sein.
An Bord der Destiny versuchen die Luzianer immer noch vergeblich die Schilde wiederherzustellen. Die Situation sei schlimmer als sie dachten, bemerkt Ginn, die nächste Strahlungswelle würde die Schilde vollständig zusammenbrechen lassen. Als Rush erwähnt, dass die Allianz nun keine andere Möglichkeit hat, als sich zu ergeben, wird von außen versucht, die Tür zum Labor zu öffnen – allerdings verhindert Brodys Schweißnaht dies. Dannic befiehlt die Tür aufzusprengen, was laut Col. Telford aber nur im Tod der Menschen innerhalb des Raumes enden würde und ohne Dr. Rush könnten sie die Schilde nicht reparieren. Außerdem würde die Zeit bis zum nächsten Ausbruch des Pulsars nicht ausreichen. Rush hat mitgehört und funkt seine Bedingungen für das Wiederherstellen der Schilde: Die Soldaten der Allianz sollen ihre Waffen niederlegen und sich auf dem Observations-Deck einfinden, ansonsten würden sie bei der nächsten Strahlungswelle sterben. Dannic zweifelt die Wahrheit von Rushs Aussagen an, allerdings empfehlen Ginn und Telford ihm, den Forderungen von Rush nachzugeben, da dieser sich nicht selbst opfern würde um das Schiff zu retten. Die Crewmitglieder die noch außerhalb des Bio-Labors sind, seien für Rush ein nötiges Opfer, wie er Dannic mitteilt.
Die Situation eskaliert; Dannic will auf keinen Fall das Schiff aufgeben und geht auf Telford los, der ihn anruft sich auf Rush einzulassen. Er würde sie alle umbringen, wirft er Dannic vor, der nur erwidert, dass sie in dem Moment bereit gewesen sein zu sterben, als sie durch das Tor getreten sind. Im Bio-Labor starrt Eli nur auf die Kino-Fernbedienung, mit einem Verrückten ließe sich nicht verhandeln, meint er. Brody erinnert an Scott, Greer und TJ, doch Rush sagt nur, dass es im leid tue.
Inzwischen versucht Dannic die Luzianer im Gateraum davon zu überzeugen, nicht locker zu lassen und sich das Schiff nicht aus der Hand reißen zu lassen. Telford entgegnet, dass Dannic sie nur alle töten würde, woraufhin dieser die Waffe auf ihn richtet. Schüsse fallen, doch es ist nicht Telford der tot zusammenbricht, sondern Dannic, der hinterrücks von Ginn erschossen wurde. Diese setzt sich nun mit Rush in Verbindung um ihm zu erklären, dass sie seinen Forderungen nachkommen würden.
Johansen sitzt auf einem Bett und sagt Caine, dass ihre Tochter Carmen heißt, wie ihre Großmutter. Der Doktor sagt ihr, dass er daran glaube, dass die Aliens ihnen noch einen Weg nach Hause zeigen würden, was Johansen aber anzweifelt. Die Menschen auf dem Schiff würden nicht daran glauben, was ihr passiert sei, sagt er, jedoch habe er selbst gelernt, dass in diesem entlegenen Teil des Universums, Glaube etwas sehr, sehr Wichtiges ist. Sie allein könne entscheiden, ob dies ein Segen oder ein Fluch ist, schließt er und verabschiedet sich.
Auf der Krankenstation erwacht Johansen aus dem Koma und wird – auf ihre Frage hin – von Camile Wray informiert, dass sie das Schiff nie verlassen hat, die Ärzte ihr bestes gegeben hätten und es ihr sehr leid tue.
Die Crew, einschließlich der Luzianer, kommt vom Planeten zurück auf das Schiff. Als Col. Young Greer und Scott dankt, erwidert Scott, dass das Lob eigentlich Dr. Rush gebührt, der mehr zu ihrer Befreiung beigetragen habe.
Die Destiny springt wieder in den Hyperraum, während Young Lt. Johansen einen Besuch abstattet.
Auf dem Schiff kehrt langsam wieder Ruhe ein – Eli überwacht die Soldaten der Allianz, Rush versucht vergeblich zu schlafen und Chloe sieht in Scotts Quartier nach ihrer schon fast verheilten Schusswunde. Nach einem langen Tag genehmigt sich der Colonel einen Drink, als die Destiny bereits wieder aus dem Hyperraum fällt. Im Torraum teilt der erschöpfte Dr. Brody Volker mit, dass keine Gefahr durch tödliche Strahlung bestehe. Lt. Johansen steht von ihrer Liege auf und macht sich auf den Weg zum Observations-Deck, wo sie einen strahlend lilablauen, galaktischen Nebel am Himmel entdeckt…
Die erste Staffel beendeten die Serienmacher mit einem recht fiesen Cliffhanger, der Fans spekulieren ließ, wie es wohl mit den Gestrandeten auf der Destiny weitergehen würde. Die Situation scheint hoffnungslos und die Luzianer Allianz droht, das Schiff komplett zu übernehmen. Die Zukunft der Menschen ist dabei ungewiss.
Die Schreiberlinge hatten also eine große Aufgabe, die es zu bewältigen gab. Was würde mit Scott und Greer geschehen? Wie würde es mit Eli und Chloe weitergehen? Und wie sollten sie erfolgreich gegen die Luzianer Allianz vorgehen?
Im Großen und Ganzen haben die Autoren einen guten Weg gefunden, die Spannung aufrecht zuerhalten. Dass bei der Lösung des Problems Nicholas Rush eine große Rolle spielt, kommt dabei aber wenig überraschend. Der Wissenschaftler hängt an der Destiny und würde alles dafür tun, dass das Schiff seine Mission fortsetzen und er weiter forschen kann. In der Auftaktepisode der zweiten Staffel zeigt man wieder einmal, wie weit er dafür gehen würde.
Gut erzählt wurde ebenfalls der Konflikt innerhalb der Luzianer Allianz. Nach dem Verlust von Kiva als Anführerin der Truppe beginnt ein interner Machtkampf und es prallen zwei sehr starke, aber sehr unterschiedliche Charaktere aufeinander. Lange bleibt ungewiss, wer sich durchsetzen würde.
Doch während man in den meisten Fällen gute Entscheidungen traf, die Handlung und die Charaktere voranzubringen, driftete man vor allem in Bezug auf TJ etwas vom Wesentlichen ab. Die Schwangerschaft war von Beginn an schwierig, da ein Baby an Bord der Destiny sicherlich nicht gut aufgehoben wäre und sich nur schlecht in die Handlung integrieren ließe. Nachdem man im Finale der ersten Staffel eine drastische Entscheidung mit TJs Verwundung getroffen hatte, scheint man nun eher zurückrudern zu wollen. Die Autoren stehlen sich aber förmlich davon, klare Position zu beziehen. Stattdessen windet man sich heraus und lässt den Zuschauer selbst entscheiden, was er über die Zukunft des Babies glauben möchte.
Weiterhin wählt man einen recht einfachen Weg, um Chloes Verletzung zu heilen. Sicherlich wird es hierzu in folgenden Episoden noch eine Erklärung geben, doch sorgt dies erst einmal zu Verwirrung.
Mit Intervention hat man einen starken Auftakt der neuen Staffel hinbekommen. Die Spannung ist durch verschiedene Wendungen konstant hoch. Auf Seiten der Luzianer Allianz wurden außerdem zwei interessante neue Charaktere vorgestellt, die in den kommenden Episoden gewiss noch ausgebaut werden.