In der ersten Staffel von „Stargate Kommando SG-1“ schlagen die Autoren die Brücke zwischen Roland Emmerichs Kinofilm und dem Konzept der von Jonathan Glassner und Brad Wright entwickelten Serie: Charaktere aus dem Film werden neu eingeführt, abgeändert und vertieft, während zugleich neue Figuren und außerirdische Spezies eingeführt werden.
Obwohl die Folgen zu Beginn noch etwas altbacken und suchend wirken, findet diese Season schnell ihren ganz eigenen Ton und legt auch bereits alle wichtigen Grundsteine für spätere Handlungsbögen.
Zwei Jahre nach der ersten Aktivierung des Stargates kommen Außerirdische durch das Tor auf die Erde, töten mehrere Soldaten und entführen eine Offizierin. Zunächst glaubt man, Ra habe überlebt, doch stellt sich heraus, dass er nicht der Letzte seiner Art war. Vielmehr gibt es zahlreiche so genannte Goa’uld, parasitäre Aliens, die Menschen als Wirte nehmen und sich in der Galaxie als System-Lords unter den Namen antiker Götter verehren lassen.
Unter der erneuten Leitung von Colonel Jack O’Neill wird ein Team, zu dem auch die Astrophysikerin Captain Samantha Carter stößt, zu einer Aufklärungsmission nach Abydos entsandt. Sie treffen Dr. Daniel Jackson wieder, der versichert, dass das Tor nicht benutzt wurde, aber auch seine Entdeckung enthüllt, dass es ein die gesamte Milchstraße überziehendes Netzwerk aus Sternentoren gibt.
Als kurz darauf auch Abydos von Schlangenwachen und deren Herrscher, Apophis, angegriffen wird, werden Skaara und Sha’re entführt. Für den folgenden Rettungseinsatz begibt sich das Team, zu dem nun auch Daniel Jackson gehört, nach Chulak, Apophis‘ Heimatwelt. Zunächst ebenfalls gefangengenommen, gelingt mithilfe des Jaffas Teal’c, dem Primus von Apophis, schließlich die Flucht. In der Nähe des Stargates kommt es zum Gefecht, bei dem Apophis zusammen mit Sha’re und Skaara, die er zu Wirten machte, entkommen kann.
Auf der Flucht wird Major Kawalsky von einer Goa’uld-Symbiontenlarve infiziert. Der noch junge Parasit übernimmt nach und nach Kawalskys Körper und versucht später, aus dem Stargate-Kommando zu fliehen, wird aber zusammen mit seinem Wirt von Teal’c getötet, der damit seine Loyalität gegenüber den Menschen von der Erde, den Tau’ri, beweist und Teil des neuen SG-1-Teams um O’Neill und Carter wird. Auch Daniel Jackson schließt sich an, um seine Frau wiederzufinden.
Neben dem zentralen Handlungsbogen um die neue Bedrohung durch Apophis steht die Erforschung fremder Planeten im Vordergrund, wobei das Team auf zahlreiche von der Erde abstammende Kulturen und bisher unbekannte Aliens trifft. So stößt SG-1 auf eine Mongolen-Kultur, in der Frauen unterdrückt und als Eigentum behandelt werden, was auch Carter widerfährt. Auf P3X-797 werden Carter und O‘Neill von einem Virus befallen, der sie in primitive, instinktgesteuerte Wesen verwandelt und unter dem auch einige der Planetenbewohner leiden, doch kann Dr. Fraiser ein Gegenmittel entwickeln. Außerdem muss SG-1 Captain Hanson stoppen, den Kommandanten von SG-9, der dem Größenwahn verfallen ist und sich auf einem fremden Planeten als Gott verehren lässt. Später entdeckt das Team eine Lebensform, die als Kristall erscheint und O’Neills Gestalt annimmt, um diesen von dem traumatischen Verlust seines Sohnes Charlie zu heilen – ein gutes Beispiel dafür, wie die Autoren die Storylines auch zur Charakterentwicklung nutzten.
Auf dem Planeten Argos wird O`Neill dann von dem durch Goa´uld-Experimente mit Nano-Sonden beschleunigten Alterungsprozess der hier lebenden Menschen erfasst, und es scheint, als müsse er den Rest seines verkürzten Lebens dort verbringen; die Steuereinheit der Nano-Sonden kann jedoch abgeschaltet und O´Neill gerettet werden. Auf einer weiteren Mission wird Daniel von einem Alien entführt, das gegen die Goa´uld kämpft und alles über das antike Babylon der Erde erfahren will, während dem Rest des Teams mit einer falschen Erinnerung vorgetäuscht wird, Daniel sei getötet worden. Auf einer weiteren Mission wird das Bewusstsein der Mitglieder von SG-1 von dem Außerirdischen Harlan in Androidenmodelle kopiert, sodass es nun ein zweites Team gibt, das auf dem fremden Planeten zurückbleibt.
Der Weg von SG-1 führt sie auch zurück nach Chulak, wo Teal´c verhindern will, dass seinem Sohn Rya´c eine Symbiontenlarve eingepflanzt wird. Doch Teal´c gilt auf seinem Heimatplaneten nun als Verräter, als Shol´va. Teal´c wird noch ein weiteres Mal mit seiner Vergangenheit als Primus konfrontiert, als er auf Kartago von dem Einheimischen Hanau als Mörder seines Vaters wiedererkannt und vor einem Tribunal namens „Cor-ai“ verurteilt wird. Als das Dorf jedoch von Jaffa angegriffen wird, riskiert Teal´c sein Leben, um die Einwohner zu beschützen, und die verhängte Todesstrafe wird aufgehoben.
Neben Apophis werden auch andere Goa´uld eingeführt, die in späteren Staffeln wiederkehren sollten, darunter Nirrti und Hathor. SG-1 findet Cassandra, die als einzige Überlebende der von Nirrti ausgelöschten Bevölkerung von P8X-987 auf die Erde gebracht wird und sich als lebende Bombe erweist; die Katastrophe kann jedoch abgewendet werden, und Cassie wird von Dr. Fraiser adoptiert.
Die Goa´uld-Königin Hathor hingegen wird in einem uralten Maya-Sarkophag gefunden und nimmt das Stargate-Kommando ein, indem sie ihre aphrodisierenden Kräfte einsetzt; sie kann jedoch von der weiblichen Besatzung und Teal´c gestürzt werden.
Außerdem trifft SG-1 im Verlauf der ersten Season auch bereits auf die meisten späteren außerirdischen Verbündeten: Sie entdecken die Heimatwelt der friedlichen Nox, die das in einen Hinterhalt von Apophis geratene Team wiederbeleben, und warnen sie vor der Bedrohung durch die Goa´uld. In der Folge "Im Reich des Donnergottes" werden auch die Asgard als neue außerirdische Spezies eingeführt: Auf dem Planeten Cimmeria wird das Team durch eine Schutzvorrichtung getrennt, die auf Teal’c reagiert und ihn zusammen mit O`Neill, der den Jaffa aus dem Strahl stoßen wollte, in ein Höhlensystem teleportiert; dieses wird von einem Una, die vor den Menschen als Wirte dienten, bewohnt, und die beiden begegnen dort auch einem Hologramm von Thor in Gestalt eines hammerbewehrten Wikingers. Währenddessen machen Carter und Dr. Jackson Bekanntschaft mit Kendra, die einst Wirtin für einen Symbionten war, durch "Thors Hammer" jedoch von diesem befreit wurde. Dieser Apparat befindet sich in eben dem Labyrinth, in dem Teal'c und O'Neill ums Überleben kämpfen - und muss schließlich zerstört werden, um den Jaffa zu retten ...
In der Schlüsselepisode „Die Qualen des Tantalus“ findet SG-1 auf der Suche nach Catherine Langfords Verlobtem, der schon in den 50er Jahren durch das zufällig aktivierte Tor ging, einen außerirdischen Versammlungsort und Wissensspeicher. Hier wird schließlich offenbar, dass die Asgard und Nox zwei der Vier Spezies sind, und auch die Antiker werden erwähnt als Erbauer der Stargates. SG-1 rettet später außerdem eine Gruppe fortschrittlicher Menschen vor einer Naturkatastrophe. Die Tollaner zeigen sich zwar zunächst undankbar und wollen mit der primitiveren Erde nichts zu tun haben, doch kann mithilfe der Nox ein friedlicher Kontakt hergestellt werden.
Es wird sogar bereits der Grundstein für den Antiker-Außenposten in Antarktika und damit für die Idee von „Stargate: Atlantis“ gelegt: In „Im ewigen Eis“, einer weiteren Schlüsselepisode, werden Carter und O´Neill durch eine Fehlfunktion des Gates scheinbar auf einen fremden Eisplaneten versetzt, anstatt zur Erde zurückzukehren. Es stellt sich jedoch heraus, dass es ein zweites Tor in der Antarktis gibt, zu dem das Wurmloch übersprang, und die beiden können dank der seismischen Erschütterung bei der Aktivierung dieses verborgenen Tores gefunden und gerettet werden.
Der Handlungsbogen um die neue Bedrohung durch Apophis wird schließlich im mehrteiligen Staffelfinale „Die Invasion“ aufgegriffen. Ein außerirdisches Artefakt, der Quantenspiegel, versetzt Daniel in ein Paralleluniversum, in der Apophis´ von Teal’c angeführte Flotte die Erde angreift. Er kehrt mit dieser Information in seine Realität zurück, um das Stargate-Kommando zu warnen, doch wird dieses von Senator Kinsey geschlossen. Um die Erde zu retten, begibt sich SG-1 auf eine nicht autorisierte Mission an Bord von Apophis´ Mutterschiff, wo sie auch auf Klorel treffen, der Skaara als Wirt genommen hat.