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An Board der Internationalen Space Station ISS im orbit um die Erde, verhindert der Kosmonaut Anatole Konstantinov einen Zusammenstoß mit einem Stück von Anubis zerstörtem Mutterschiff. Als das stück unter der Station hindurchgleitet, hinterlässt es eine dunkle Spur, welche unbemerkt in die Station gelangt.
Auf der erde ist der Leiter des Stargate Centers, Brigadier General Jack O'Neill, damit beschäftigt einigen Papierkram zu erledigen als der russische Colonel Alexi Vaselov sich selber bei O'Neill vorstellt. Vaselov, der beste und erfahrenste russische Offizier, fragt nach der Stelle im SG-1 Team, die durch O'Neill Beförderung frei geworden ist. Doch O'Neill lehnt das Angebot dankend ab, da der Colonel keine Erfahrung im Stargate Programm hat und erst jede Menge Übungseinstätze bestehen muss.
Dr. Daniel Jackson, der denkt, dass Vaselov eine Erklärung benötigt, geht zu ihm. Vaselov versteht O'Neills Entscheidung nicht und zeigt Ermüdungserscheinungen. Plötzlich kippt Vaselov um.
Vaselov liegt in Isolation un die neue Doktorin Dr. Brightman informiert O'Neill über den Zustand des Colonels. Das letzte woran sich Vaselov erinnert ist, dass er in Russland gewesen ist. Er hat keine Ahnung, wie er in das Stargate Center gelangen konnte. Dr. Brightman erzählt O'Neill auch, dass Vaselovs Körper zu 40 prozent zerstört ist und eine Ansteckungsgefahr besteht. jeder der mit ihm in Kontakt war, muss untersucht werden. Daniel ist kurz davor mit SG-11 auf eine Mission zu gehen, als das Stargate abgeschaltet wird. Daniel nimmt sich ein Mitglied von SG-11 und hält ihm die Waffe an den Kopf. Er verlangt, dass das Stargate wieder aktiviert werden soll.Teal'c feuert mit einer Zat auf Daniel und seine Geisel. Doch Daniel steht wieder auf, nachdem er zurvor zwei Offiziere angeschossen hat. O'Neill nimmt sich seine Waffe und schießt Daniel in die Schulter. Dieser fällt bewegungslos zu Boden.
Dr. Brightman denkt, es sei ein Virus in der Basis. O'Neill befiehlt allen Außenwelt Teams sich auf die sicher Alpha Ebene zu begeben und nicht zurück zum SGC gehen sollen. Denn das Stargate Center befindet sich nun unter Lockdown, eine komplette Abschottung von der Außenwelt.
Vaselov, der von der Infektion stark befallen ist, wird sterben. Daniel war dem Virus nur sehr kurz ausgesetzt und wird wieder völlig gesund. bald bekommt Vaselov Flashbacks von seiner Ankunft im SGC. Doch er sagt Teal'c, dass er zwar in seinem Körper war, aber nur zugesehen hat. Später erwähnt Teal'c gegenüber Lieutenant Colonel Samantha Carter und Dr. Brightman, dass diese Krankheit, welche die Erinnerungen der infizierten verändert, keine Krankheit sei, sondern eher eine außerirdische Präsenz. Tests zeigen zwar, dass es kein Goa'uld Symbiont sein kann, aber Dr. Brightmans Informationen aus Russland bestätigen, dass die Symptome alle gleich aussehen. Es begann mit dem Kosmonaut Konstantinov, der krank wurde und innerhalb einer Woche nach seiner Rückkehr aus dem All gestorben ist. Vaselov hat seinen Freund und Kollegen Konstantinov im Krankenhaus besucht, und nun hat er gleiche Symptome wie sein Freund. Doch niemand anders der mit Konstantinov kontakt hatte, bekam irgendwelche Symptome. Es scheint, als ob dieses außerirdische Lebewesen von Person zu Person springen kann und es könnte jeder sein.
Daniel erwacht und erinnert sich an den Zwischenfall im Stargate Raum in seinen Flashbacks. Er sagt, er würde in seinen eigenen Körper sehen, aber sein Handeln könne er nicht steuern, wie Vaselov. Doch Daniel ist dazu in der Lage zu sagen, wer in seinem Körper war. Es war Anubis, der Goa'uld Systemlord, der beinahe die Erde zerstörte. Er ist nicht tot, wie alle angenommen hatten, sondern lebt und ist in der Basis.
Wie Daniel sagt, hat Anubis seine Körperform aufgegeben als er vor langer Zeit aufgestiegen ist, nur um von den Antikern wieder verstoßen zu werden. Seit diesem Tag existierte er nur als ein nicht-materielles Wesen. Seine frühere Form wurde von einem Schutzschild gehalte. Doch dieses wurde vernichtet, als er auf seinem Schiff vor ein paar Monaten besiegt wurde. Dabei wurde Anubis in den Orbit der Erde geblasen. Nun hat er seinen weg in das SGC gefunden, um von dort aus einen menschlichen Körper zu erhalten mit dem er durch das Stargate zu seiner Basis gehen kann. Dort wird er sich dann einen neuen Schild bauen, um seine Herrschaft wieder aufbauen zu können.
Daniel erinnert sich erneut in einem Flashback an etwas. Anubis verließ ihn in die Krankenschwester Lieutenant Evans, die für Daniel sorgte. Als sie befragt wurde, hat Evans keine Anzeichen, dass Anubis noch in ihr ist. Doch Airman Malcolm McCaffrey scheint nun der Träger von Anubis zu sein. Er bewegt sich in Richtung Kontrollraum und schaltet eine Wache nach der Anderen aus, die auf seinem Weg sind. Als er einen Techniker mit angelegter Waffe dazu zwingen will, dass Stargate zu aktivieren, schießt O'Neill mit einer Zat auf ihn. Plötzlich zeigt sich die körperlose Form von Anubis, verlässt McCaffertys Körper und verschwindet durch die Wand.
Daniel schlägt vor, dass es nur einen Weg gibt. Die Antiker sollen sich um ihn kümmern. Wenn sie Anubis abhalten können durch das Stargate zu gehen, msus er eine kräfte als aufgestiegenes Wesen nutzen, was gegen die Regeln der antiker ist. Diese müssen dann eingreifen und ihn vernichten. O'Neill informiert das verständlicherweise besorgte Personal, dass die Abschottung auf unbegrenzte Zeit bestehen bleiben muss, damit Anubis nicht entkommen kann. Und es gibt genug Nahrung für Monate.
Carter entwickelt einen Sicherheitplan,w elcher das SGC in drei gesicherte Zonen aufteilt. Es gibt nur ein Problem. Anubis ist nun in Carter und bewegt sich Richtung Zone A. In Zone A befindet sich der Energieanschluss für das Stargate. Carter schaltet alle Leute auf ihrem Weg aus, darunter auch Daniel. Sie nutzt ihren Sicherheitcode um die Energie in den Kontrollraum zu leiten. Auf ihrem Weg nimmt sie eine Geisel, doch O'Neill schießt mit einer Zat auf die beiden.
Anubis hat eine Reihe von automatischen Kommandos in den SGC Computer eingegeben und das Stargate wird sich automatisch aktivieren. O'Neill startet die Selbstzerstörung des SGC, da die Sicherheit gefährdet ist. Doch er kommt in den Stargate Raum und das Stargate ist aktiviert. Anubis ist in O'Neill und er ist kurz davor den Planeten zu verlassen. Carter überzeugt Teal'c, dass sie nicht Anubis ist und Teal'c glaubt ihr. Carter stoppt die Sebstzerstörung. Unterdessen erscheint der sterbende Col. Vaselov, der den Alarm gehört hat, im Stargate Raum und zwingt Anubis dazu, seinen Körper zu übernehmen. Wenn Anubis dies nicht tun würde, so würde er O'Neill und sich selber töten. Anubis nimmt das Angebot an und steigt in Vaselovs Körper. Doch Anubis kommt nicht dort aus, wo er es sich vorgetsellt hat. Carter konnte die Anwahlsequenz abändern und das Stargate hat eine andere Adresse angewählt. Anubis, der in Vaselovs Körper ist, ist auf dem eisigen Planeten KS7 535 erstarrt.
Die Abschottung ist aufgehoben. Die normalen Aktivitäten gehen wieder los.