Dr. Daniel Jackson ist Archäologe und Linguist; er spricht 23 Sprachen, dazu gehört auch fließend Altägyptisch. Im Laufe der Zeit lernt er noch Antiker und Unas.
Daniel vertritt die Meinung, dass die Pyramiden von Außerirdischen gebaut wurden und ist deshalb in seinen Kreisen nicht besonders anerkannt und wird als „Spinner“ hingestellt.
Cathrine Langford nimmt Kontakt zu ihm auf. Sie war dabei, als ihr Vater bei Gizeh einen Kreis ausgegraben hat, der nun unter Geheimhaltung erforscht wird.
Daniel lässt sich darauf ein, an den Forschungen mit zu arbeiten, schließlich ist er der Ansicht, dass er eh nicht mehr viel zu verlieren hat.
Und tatsächlich kann er das Rätsel lüften und findet sich bald mit einem Team rund um Colonel O’Neill auf dem Planeten Abydos wieder, der sich tausende von Lichtjahren entfernt befindet.
Nach einem Aufstand gegen den „Sonnengott“ Ra und der Rückkehr von O’Neills Team zur Erde, lässt sich Daniel auf Abydos nieder und heiratet Sha’Re, die Tochter des Stammesführers.
Ein Jahr später wird Sha’Re von Apophis entführt und Daniel schließt sich O’Neill und dem neu gegründeten SG-1-Team an.
Daniel bekämpft auf der Suche nach Sha’re und nach deren Tod, nach dem Harsises, als vollwertiges Mitglied des SG-1 Teams die Goa’Uld und später dann die Replikatoren.
Die Reisen durch das Stargate führen ihn auf viele fremde Welten und in viele brenzlige Situationen.
Auf dem Planeten Kelowna schreitet Daniel ein, als ein Labor droht in die Luft zu fliegen, und wird dabei tödlich verstrahlt. Oma Desala, eine verstoßene Antikerin, bietet ihm die Möglichkeit zum Aufstieg an und Daniel entschließt sich für diese höhere Existenzebene.
Doch auch er wird bald verstoßen, da er sich nicht an die Regeln hält und so wird er in menschlicher Form, aber anfangs ohne Gedächtnis zurück geschickt. SG-1 nimmt ihn wieder auf und so bleibt er dem SGC als Expeditionsteilnehmer erhalten.
Im Kampf gegen Anubis findet sich Daniel nach seinem „Tod“ auf einer Zwischenebene zwischen Tod und Aufstieg wieder. Als Oma Desala Anubis dann aber vernichtet, wird Daniel zurück zur Erde geschickt.
Daniel entdeckt, wo sich die verlorene Stadt der Antiker, Atlantis, befindet, darf sich aber auf O’Neills Anweisungen hin der Expedition dorthin nicht anschließen.
Als er ein Jahr später, nach Vernichtung der Goa’Uld und der Replikatoren, endlich die Gelegenheit dazu bekommt, mit der Daedalus, einem irdischen Raumschiff, nach Atlantis zu fliegen, kommt ihm aber eine unangenehme Angelegenheit dazwischen, die seine Versetzung nach Atlantis wiederum verhindert.
Wenig später muss er erfahren, dass die Ori, das Gegenstück zu den Antikern, aus einer anderen Galaxie in die Milchstraße vordringen und die dortigen Bevölkerungen von ihrem Glauben überzeugen wollen, weshalb Daniel bei SG-1 bleibt, um Widerstand zu leisten….