SG-1 strandet mit einem beschädigten Schiff in einer fernen Galaxie, zusammen mit Apophis, der ihnen droht sie zu vernichten. Teal'c wurde einer Gehirnwäsche unterzogen und nochmals zu Apophis' treuem Primus gemacht.
Mit der fünften Staffel hatte "Stargate Kommando SG-1" in gewisser Weise einen Scheidepunkt erreicht: Das fünfte Jahr markiert den Übergang von Apophis zu Anubis als neuem Hauptfeind, der das Böse buchstäblich auf ein neues Level hob, und mit "Wurmloch X-trem" führten die Autoren ein Vehikel ein, mit dem sich die Serie selbst ebenso kritisch wie selbstironisch betrachten konnte. Und es sollten weitere Veränderungen anstehen, denn eines der Team-Mitglieder sollte das Seasonfinale nicht mehr erleben ...
Mit der Folge "Todfeinde" wird nach bewährtem Muster zunächst das Finale der vierten Staffel aufgegriffen und der Cliffhanger aufgelöst: Das Team war in einer unbekannten Galaxie gestrandet, verfolgt von Apophis, welcher der Zerstörung seiner Flotte entgehen konnte - die Situation scheint aussichtslos. Plötzlich taucht jedoch ein vollkommen fremdes Schiff auf, welches das Flaggschiff des System-Lords angreift, und das Team nutzt die Gelegenheit zur Flucht. Als sie zurückkehren, treibt Apophis‘ Schiff im All, und sie gehen an Bord. Hier stoßen sie auf Replikatoren, die auf dem fremden Schiff waren … Inzwischen hat Apophis Teal’c einer Gehirnwäsche unterzogen, der ihm nun wieder als Primus dient. Mit einer Gruppe Jaffa und einer List gelingt es den beiden, vom Team auf ihr Schiff gelassen zu werden. Die Replikatoren haben jedoch auch bereits dieses Schiff infiltriert und manipulieren den Hyperantrieb, sodass sie binnen kürzester Zeit ihr neues Ziel ansteuern können – Apophis‘ Heimatwelt. SG-1 wird gefangen genommen, doch von Jacob wieder befreit. Es gelingt, die Sublichtaggregate abzuschalten, sodass das Schiff beim Austritt aus dem Hyperraum ungebremst auf dem Planeten aufschlägt und zerstört wird. Das Team kann kurz davor zusammen mit Teal’c in einem Transportschiff fliehen, während die Replikatoren und Apophis scheinbar bei der Explosion vernichtet werden.
Teal’c steht jedoch noch immer unter dem Einfluss der Gehirnwäsche und muss daraufhin von Bra’tac, der die Larve aus Teal’cs Bauchtasche entfernt, einer Nahtod-Erfahrung ausgesetzt werden, um Apophis‘ Manipulation zu brechen.
Im weiteren Verlauf der fünften Season von „Stargate Kommando SG-1“ wird das SG-Universum weiter vertieft; zahlreiche Charaktere kehren zurück, Handlungsbögen werden erneut aufgegriffen, weitere Verknüpfungen hergestellt und neue Schlüsselfiguren eingeführt. Die Serie hatte in den Staffeln 4 und 5 endgültig ihren ganz eigenen Ton gefunden und sich als Format etabliert, was man den Episoden deutlich anmerkt.
In „Das Opfer“ folgt eine außerirdische Lebensform Sam auf die Erde, nimmt menschliche Gestalt an und stellt sich als Orlin vor. Es entwickelt sich eine Freundschaft zwischen den beiden, und Carter erfährt, dass Orlin einst zu den Lichtwesen wie Oma Desala gehörte, aber ausgestoßen wurde, weil er einer weniger fortschrittlichen Kultur mit Waffentechnologie gegen die Goa’uld half. Als diese Waffe von Colonel Simmons wieder in Betrieb genommen werden soll, baut Orlin ein Miniatur-Stargate in Sams Keller und reist zu dem Planeten, wo er erneut aufsteigen darf und sich opfert, um eine erneute Katastrophe zu verhindern. Neben Orlin, welcher im späteren Ori-Arc wiederkehren sollte, wurde auch bereits erstmals eine Verbindung zwischen den Antikern als Erbauern der Sternentore und den aufgestiegenen Lichtwesen hergestellt.
Auch Cassandra, Dr. Fraisers Adoptivtochter, taucht wieder auf. Als sie an einem Retrovirus erkrankt, der von ihrem Heimatplaneten Hanka stammt, stößt SG-1 dort auf geheime Forschungen der Goa‘uld Nirrti, die einen mächtigeren menschlichen Wirt, einen „Hok’tar“, erschaffen wollte. Nirrti kann gestellt werden und wird von Dr. Fraiser gezwungen, Cassie zu heilen.
Chaka hingegen wird von Burrock, einem Sklavenhändler, der Unas verkauft, gefangen genommen, und Daniel versucht verzweifelt, ihn zu befreien. Dies führt nicht nur zum Konflikt mit O’Neill, der keine Menschenleben für die Unas riskieren will, sondern hat auch fatale Konsequenzen für die Bevölkerung des Planeten: Denn die durch das Eingreifen von SG-1 befreiten Unas können sich bewaffnen und rüsten zum Kampf gegen die Menschen, die sie gefangen hielten …
Bei der Erforschung einer außerirdischen Zikkurat muss SG-1 später mit einem russischen Team zusammenarbeiten – der Planet war vor den Ereignissen in „Der Planet des Wassers“ von den Russen erforscht worden und beherbergt ein mächtiges Artefakt, das „Auge des Tiamat“. Sie stoßen auf Fallen und eine fleischfressende Kreatur, die den Goa’uld Marduk töten sollte, nun aber den Symbionten in sich trägt. Er übernimmt den Körper eines russischen Teammitglieds und kann nur gestoppt werden, indem die Zikkurat zerstört wird. Zurück auf der Erde sorgt die Tatsache, dass nur ein russischer Offizier die Mission überlebt hat, für politische Spannungen.
Der Handlungsbogen um die Tollaner wird ebenfalls fortgeführt. Diese bieten der Erde plötzlich Waffentechnologie an, wogegen sie sich zuvor stets geweigert hatten. Es stellt sich heraus, dass die Tollaner von dem Goa’uld Tanith gezwungen werden, Massenvernichtungswaffen herzustellen, welche die Iris am Erden-Gate durchdringen können. Tanith handelt im Auftrag eines mächtigen Goa’uld, der über Technologie verfügt, gegen die die Tollaner-Ionenkanonen wirkungslos waren. Narim gelingt es, die Waffen zu zerstören, bevor sie zur Erde gesandt werden, was jedoch zu einem Angriff der Goa’uld auf das schutzlose Tollana führt …
„2001“ greift dann die Geschehnisse aus „2010“ auf: SG-1 trifft auf die Aschen – ohne zu wissen, dass sie das fortschrittliche Volk von P4C-970 sind, vor dem in der Nachricht aus der Zukunft gewarnt worden war …
Die Handlungsbögen um den dubiosen Colonel Simmons und Maybourne werden in „Verzweiflungstat“ fortgeführt, wobei auch auf Sams Erfahrung mit Jolinar zurückgegriffen wird. Der todkranke Adrian Conrad will sich einen Symbionten zu Heilungszwecken einpflanzen lassen und lässt Carter entführen, da sie die Entfernung eines Symbionten überlebt hatte. Mithilfe von Maybourne gelingt es SG-1, Sam zu befreien, doch der Goa’uld übernimmt Conrad vollständig. Simmons verhilft ihm zur Flucht und schießt dabei sogar O’Neill nieder …
Simmons fliegt jedoch auf, als er Informationen des Goa’ulds nutzt, die helfen könnten, Teal’c zu rematerialisieren. Teal’c hatte Taniths Schiff abgeschossen und somit Rache genommen, doch der Absturz hatte die Wurmlochverbindung unterbrochen, mit der das Team zur Erde geflohen war. Seine Energiesignatur wurde gespeichert, würde jedoch beim nächsten Wählvorgang verloren gehen. Die Russen werden um Hilfe gebeten, da sie noch über das zweite Stargate der Erde verfügen. Mithilfe des DHDs, das ebenfalls in russischem Besitz war, und dem nötigen Wissen, kann Sam Teal’c schließlich retten.
Eine ganz eigene und besondere Folge der fünften Staffel ist „Wurmloch Extrem“: Martin Lloyd kehrt zurück und hat sein Wissen um das Stargate und SG-1 in eine fiktive Sci-Fi-Serie verpackt – für die Autoren das ideale Vehikel, „Stargate“ selbstironisch auf die Schippe zu nehmen!
In „Bewährungsprobe“ wird die bereits bekannte Jennifer Haley zusammen mit drei weiteren Kadetten für ihre Aufnahme in das Stargate-Programm getestet – doch nicht alles läuft ab wie geplant, und der Test erweist sich vor allem für den Teamleiter Elliot als viel umfangreicher als zunächst vermutet …
Später wollen die Tok’ra ein Treffen der sieben mächtigsten System-Lords nutzen, um alle auf einen Schlag mit einem Symbionten-Gift zu töten. Dazu schleusen sie Daniel als persönlichen Sklaven und Vertrauten von Lord Yu ein, doch plötzlich taucht Osiris auf und kündigt die Rückkehr von Anubis an, dem grausamsten Goa’uld, den es je gab … Inzwischen greift der System-Lord Zipacna die Tok’ra-Basis auf Riwanna an, und mit dieser neuen Situation konfrontiert, muss der Plan abgebrochen werden, und Jacob Carter und Jackson fliegen nach Riwanna. Als die Lage dort aussichtslos erscheint, nimmt der Tok‘ra Lantash den Kadetten Elliot, der nun Teil von SG-17 ist, als Wirt und will sich gefangen nehmen lassen. An Bord von Zipacnas Schiff will er dann das Gift freisetzen – ein Opfer, das sowohl Lantashs als auch Elliots Ende bedeutet …
Die neue Bedrohung durch Anubis wird in „Das Ende der Welt“ aufgegriffen. Ein Asteroid befindet sich auf Kollisionskurs mit der Erde, und SG-1 wird entsandt, ihn im All zu sprengen. Doch es stellt sich heraus, dass der Brocken aus Naquadah besteht, und eine Sprengung die Erde ebenfalls vernichten würde …
Teal’cs und Bra’tacs Bemühungen um eine Jaffa-Rebellion werden ebenfalls fortgesetzt: Das Team trifft auf K’tano, einen ehemaligen Primus, der seinen Herrn Imhotep getötet haben will und zahlreiche loyale Jaffa um sich geschart hat. Eine Allianz soll geschmiedet werden, doch auf einer Mission für K’tano muss Teal’c erfahren, dass dieser nicht der ist, für den er sich ausgibt: Er ist in Wahrheit Imhotep selbst, der die Jaffa in eine Falle locken will, und wird von Teal’c in einem Duell auf Leben und Tod gestellt.
Auf einer fortschrittlichen, jedoch verlassenen Welt findet SG-1 dann Reese, die sich als Android erweist – und die Fähigkeit besitzt, Replikatoren zu kontrollieren … Sie könnte der Schlüssel für die Asgard sein, und Daniel versucht, eine Freundschaft zu ihr aufzubauen; doch als sich Reese bedroht fühlt und zu ihrem Schutz Replikatoren auf das Stargate-Kommando loslässt, wird sie von Jack erschossen.
Aber auch die Erforschung des Stargate-Netzwerks geht weiter, und so erlebt das Team zahlreiche Abenteuer auf fremden Welten. In „Der fünfte Mann“ kommt SG-1 mit einem Alien in Kontakt, das sich mithilfe einer chemischen, Erinnerungen manipulierenden Substanz als „Lt. Tyler“ ausgibt, um als Teil des Teams vor Jaffa gerettet zu werden. Dies gelingt, doch kommt es auch zum Konflikt mit Colonel Simmons, der den Vorfall ausnutzen will, um das Stargate-Kommando einer Untersuchung zu unterziehen.
Später verfärbt sich die Sonne von K’tau rot, nachdem SG-1 dort eintrifft. Sam hatte die Wählsequenz verändert, um den Planeten anwählen zu können, und damit ohne es zu wissen eine Sicherheitsmaßnahme der Asgard umgangen: Denn das Wurmloch verlief durch die Sonne und führte zu einem Ungleichgewicht schwerer Materie. Die Asgard werden kontaktiert, doch dürfen sie offiziell nicht eingreifen, da dies eine Verletzung des Schutzabkommens mit den Goa’uld darstellen würde. Eine Rakete mit superschweren Elementen soll das Problem lösen, doch das Vorhaben wird sabotiert. Auch der Alternativplan, das Element durch das Gate zu schicken und die Verbindung zu kappen, scheint nicht zu funktionieren – doch plötzlich wird die Verfärbung des Himmels doch rückgängig gemacht; vermutlich durch die inoffizielle Hilfe der Asgard …
Auf dem Planeten Latona muss das Team später den „Sentinel“ reaktivieren, um eine drohende Invasion durch die Goa‘uld abzuwenden. Denn dieser Wächter funktioniert nicht mehr, seit das Team des NID einst dort war, um Technologie zu stehlen. SG-1 ist auf die Hilfe zweier ehemaliger, inzwischen inhaftierter NID-Teammitglieder angewiesen, um Latona zu retten.
Der Kontakt mit Kelowna erweist sich als folgenschwer: Das Team trifft auf Jonas Quinn, dessen Regierung sich in einem kalten Krieg befindet und zu waffentechnischen Zwecken mit Naquadriah experimentiert, einem radioaktiven Isotop des Elements Naquadah. Als es im Labor zu einem Zwischenfall kommt, kann Daniel eine Katastrophe verhindern, wird dabei jedoch tödlich verstrahlt. Während er im Sterben liegt, erscheint ihm jedoch Oma Desala und bietet ihm die Möglichkeit, aufzusteigen und eines der Lichtwesen zu werden …
Im Staffelfinale „Das Geheimnis
der Asgard“ muss das Team schließlich Thor und eine geheime
Asgard-Forschungseinrichtung retten. Es wird offenbart, dass die Asgard sich
durch Klonen „fortpflanzen“, was jedoch mit der Zeit zu einer Degeneration
führt … Heimdall forscht jedoch an einem humanoiden Vorfahren der Asgard,
dessen Zellen den Schlüssel zur Rettung ihrer Spezies beinhalten könnte. Anubis
verfügt indessen über Technologie, die derjenigen der Goa’uld weit überlegen
ist und sogar ein Asgard-Schiff zerstören kann. Thor wird gefangen gehalten und
sein Gehirn an den Schiffscomputer angeschlossen. Kurz bevor Anubis so an Thors
gesamtes Wissen gelangt und Osiris die geheime Forschungseinrichtung sabotiert,
tauchen drei neue Schiffe der O’Neill-Klasse auf, und die Goa’uld ziehen sich
zurück. SG-1 und Thor können gerettet werden, doch verfügt Anubis nun teilweise
auch über Asgard-Wissen …