O'Neill, Carter und Jackson müssen aus Hathor's Gefangenschaft entkommen, während Teal'c auf Chulak versucht eine Armee der Jaffa zu gründen. General Hammond steht vor einer großen Aufgabe, denn er muss das Team retten. (Teil 2 von 2)
Season 3 beginnt mit der Auflösung des Cliffhangers des vorangegangenen Staffelfinales: O’Neill wird der Symbiont eingepflanzt, doch eine Tok’ra-Spionin rettet ihn, indem sie ihn wieder in Stasis versetzt, was den Goa’uld tötet. Hathors Komplex kann währenddessen von SG-Teams eingenommen werden, doch ein Schutzschild und mehrere Jaffa blockieren das Stargate. Die Rettung gelingt schließlich von Chulak aus mithilfe eines von Teal’c und Hammond gesteuerten Gleiters, der das Gate passieren kann, und einer von Bra’tac angeführten Jaffa-Gruppe. Der Schutzschildgenerator wird zerstört und Hathor von O’Neill getötet, indem er sie in die Stasis-Tanks wirft.
Zurück auf der Erde muss SG-1 gemeinsam mit Jacob Carter den Goa’uld Seth aufspüren und ausschalten, der sich als Anführer einer alten Sekte in einem Landhaus verbarrikadiert hat.
Im weiteren Verlauf der dritten Staffel entwickelt sich der System-Lord Sokar – zumal nach dem Ende von Apophis in Season 2 – zunehmend zur neuen Bedrohung und wird in mehrere Storylines eingebunden. So wird SG-1 während einer Mission von dem Kopfgeldjäger Aris Boch gefangen genommen, dessen Spezies gegen Symbionten immun ist und daher beinah vollständig ausgelöscht wurde. Als sich herausstellt, dass der Goa’uld, den er im Auftrag von Sokar jagt, ein Tok’ra ist, bietet sich Teal’c stattdessen als „Beute“ an. Aris entschließt sich letztlich jedoch, alle freizulassen, und zerstört sein Schiff, um Sokar zu täuschen und unterzutauchen.
In „Dämonen“ findet SG-1 dann auf einer mittelalterlichen Welt einen Unas, der Gefangene aus dem Dorf nimmt, um sie Sokar zu bringen, doch kann am Ende auch dieser Planet von den Goa’uld befreit werden. Das Team muss sich schließlich sogar in Sokars „Hölle“ selbst wagen, um Jacob Carter von dem Gefängnismond Netu zu retten. Dabei kommen Sam Jolinars Erinnerungen zugute, der es als einziger jemals gelungen war, von dort zu entkommen. Außerdem trifft SG-1 einen längst tot geglaubten Feind wieder: Apophis, der als Primus von Binar, dem Herren von Netu, überlebt hat und auf Rache sinnt. Ihnen gelingt schließlich die Flucht, und mithilfe der Tok’ra kann eine Waffe in den Kern des Mondes geschossen werden. Bei der Explosion werden Netu und Sokars Mutterschiff zerstört, Apophis überlebt jedoch und nimmt fortan Sokars Platz ein …
Wie bereits in der zweiten Staffel, so werden auch in Season 3 zahlreiche Storylines wieder aufgegriffen, sodass das Stargate-Universum immer mehr Facetten gewinnt:
Aufgrund der Aktivitäten des Stargate-Kommandos soll die Erde zu einem geschützten Planeten werden, der unter das Abkommen zwischen Goa’uld und Asgard in der Milchstraße fällt. Die Verhandlungen zwischen Kronos, Nirrti und Yu als Goa’uld-Vertretern, den durch O’Neill repräsentierten Menschen und Thor werden von Nirrti, die an einem Unsichtbarkeitsgerät experimentiert, sabotiert, doch schließlich dürfen die Tau’ri das Sternentor weiter benutzen, während die Erde nicht angegriffen werden darf. In der entsprechenden Episode, „Die Saat des Verrats“, werden auch bereits die Replikatoren als neuer Feind angedeutet.
Später verursacht eine von Ma’chello gegen die Goa’uld entwickelte Waffe – eine in einem Stein versteckte Larve, die Symbionten samt Wirt tötet – Halluzinationen bei Daniel, der daraufhin in die Psychiatrie eingewiesen wird, und ist beinah das Ende für Teal’c. In „Lebenslinien“ kommen Carter und Kawalsky aus einer parallelen Realität durch den aus Staffel 1 bekannten Quantenspiegel und hoffen auf Rettung, denn in ihrer Realität wurde die Erde von den Goa’uld angegriffen und versklavt. SG-1 reist daraufhin in die parallele Wirklichkeit, um dort die Asgard zu kontaktieren, damit sie die Erde befreien.
Auch Daniels Suche nach seiner Frau Sha’re wird weitergeführt: Während eines Gefechts gegen Truppen von Heru’ur tötet Amonet Daniel beinah mit einem Goa’uld-Handgerät, wird jedoch von Teal’c erschossen. Daniel hat durch den Einfluss des Handgeräts eine Vision und erfährt so von Harsesis, dem gemeinsamen menschlichen Kind der Wirte von Apophis und Amonet, welches das gesamte Wissen der Goa’uld in sich trägt und auf Kheb versteckt wurde.
Dieser Planet wird später mithilfe von Bra’tac tatsächlich entdeckt. Gleichzeitig erfährt SG-1 aber auch, dass Apophis die Zerstörung von Netu überlebt und Chulak angegriffen hat, und selbst nach dem Kind sucht. Das Team findet Harsesis, der von einem Lichtwesen namens Oma Desala beschützt wird und alle angreifenden Jaffa vernichtet, bevor sie das Kind von dem Planeten weg und in Sicherheit bringt. Mit Oma Desala und dem „Aufstieg“ werden zugleich ein neuer Charakter und ein neues Thema eingeführt, die für das Stargate-Universum noch von großer Bedeutung sein sollten.
Die Episode „Vergangenheit und Gegenwart“ erzählt hingegen, was mit Linea, der „Zerstörerin der Welten“, nach deren Flucht geschehen ist: SG-1 findet eine Zivilisation, die lediglich aus 25- bis 35-Jährigen besteht, ohne Kinder oder ältere Menschen; die gesamte Bevölkerung leidet noch dazu seit einem „Vorlix“ genannten Zwischenfall an Amnesie. Es stellt sich heraus, dass deren Anführerin, Kira, in Wirklichkeit die ebenfalls vom Vorlix betroffene Linea ist, die an einer Art Jungbrunnen experimentierte.
In „Außerirdische auf dem Vormarsch“ wird das Stargate-Kommando von Aliens eingenommen, die mithilfe von Körpergeräten als Menschen erscheinen, während die echten Personen bewusstlos sind. Sam gelingt es nur mithilfe von Colonel Maybourne, der bisher kein Freund von SG-1 war, alle Aliens in ihrer wahren Gestalt sichtbar zu machen und die Invasion abzuwenden.
Ein Tribunal der Tollaner soll später entscheiden, ob Ska’ra die alleinige Kontrolle über seinen Körper zurückerhalten darf, oder ob er weiter von Klorel kontrolliert werden soll. Ein Plan der Goa’uld, die Planetenverteidigung von Tollana auszuschalten und eine Invasion zu starten, kann durch das Eingreifen von SG-1 und mithilfe der Nox Lya vereitelt werden; trotz der Rettung sind die Tollaner dennoch nicht bereit, Technologien mit der Erde zu teilen.
Dies wird später zum Anlass für O’Neill, ein Tollaner-Gerät zu stehlen. Nach diesem Vorfall wird er offiziell in den Ruhestand versetzt und bricht den Kontakt zu seinen ehemaligen Kameraden ab, wird dann aber von Maybourne kontaktiert. Jack tritt schließlich dessen Gruppe bei, die noch immer außerirdische Technologien für die Erde stiehlt und außerhalb des Stargate-Kommandos operiert. Am Ende stellt sich heraus, dass alles geplant war und O’Neill den Verrat nur vorspielte, um Maybournes Aktivitäten auffliegen zu lassen.
„Stargate Kommando SG-1“ bleibt aber auch dem inzwischen bewährten Schema treu, und so geht auch die Erforschung fremder Planeten weiter: Auf Orban stößt das Team auf eine womöglich von den Azteken abstammende Kultur, die mit Naniten ausgestattete Kinder zur Aufnahme von Wissen benutzt, das dann während des „Avariums“ an die gesamte Bevölkerung weitergegeben wird. Die Kinder vegetieren danach jedoch im Kleinkindstadium dahin, und O’Neill entführt das Mädchen Merrin für einen Tag, um ihr beizubringen, was Kindheit bedeutet; und auch dieses Wissen wird anschließend an die Orbaner weitergegeben.
SG-1 trifft außerdem auf eine Gruppe von Jaffa und Menschen, die zum Teil als SG-Personal verkleidet und bewaffnet trainieren, um würdige Krieger unter Apophis zu werden; nur mit einem Video, das den sterbenden Apophis zeigt, können sie von der Wahrheit überzeugt und ein Blutvergießen in der finalen Übungsschlacht verhindert werden.
Daneben kommt auch der Humor nicht zu kurz, vor allem in der Episode „Urgo“. Darin erscheint SG-1 ein Mann dieses Namens, nachdem ihnen auf einem fremden Planeten kleine Sender in den Hirnstamm implantiert worden sind, um sie sozusagen als „Sonden“ für Gate-Reisen zu benutzen. Urgo, der sich vor der Abschaltung, die seinen Tod bedeuten würde, fürchtet, kann weiterleben, indem sein Erfinder letztlich zustimmt, ihn sich selbst einzusetzen.
Später muss O’Neill auf dem Planeten Edora zurückbleiben, nachdem ein Meteoritenschauer das Gate dort verschüttet hat. Er kann erst drei Monate später gerettet werden und geht während dieser Zeit eine Beziehung mit der Einheimischen Laira ein.
Auf einer anderen Welt gerät SG-1 zwischen die Fronten eines ideologischen Konflikts: Während die Optrikaner glauben, von Aliens auf ihre Welt gebracht worden zu sein, sind die Bedrosianer der Ansicht, dass sich die Bevölkerung des Planeten schon immer dort entwickelt hat. Der Konflikt wird verschärft, als das Stargate ausgegraben und aktiviert wird, und das SG-1 wird gefangen genommen. Dank des Eingreifens von Teal’c und Nyan, einem einheimischen Archäologen, können sie jedoch fliehen und zur Erde zurückkehren.
Gegen Ende der Season findet SG-1 auf einem fremden Planeten einen Kristallschädel, der Ähnlichkeiten mit einem Artefakt aufweist, das Daniels Großvater Nick einst in Belize fand. Als plötzlich die Strahlenwerte steigen, während Daniel den Kristallschädel untersucht, und Teal’c auf das Artefakt feuert, wird Jackson unsichtbar. Nur sein Großvater, der von SG-1 um Hilfe gebeten wird, kann ihn sehen, da er dem gleichen Phänomen ausgesetzt war. Zurück auf dem Planeten, wird der Prozess ungestört fortgesetzt und riesige Aliens tauchen auf, die zu einem Wissensaustausch mit Nick bereit sind, der dort zurückbleibt.
Im Staffelfinale taucht ein neuer Feind auf – die bereits erwähnten Replikatoren. Diese haben die Koordinaten der Erde in der Datenbank von Thors Schiff, der Beliskner, gefunden, die sich im Erdorbit befindet. O’Neill wird an Bord gebeamt und findet den verletzten Thor. Carter und Teal’c folgen auf die Beliskner und wollen das Schiff sprengen; um zu entkommen, wird das Stargate ebenfalls hochgebeamt. Bevor die Replikatoren das Team überrennen, kann SG-1 durch das Gate fliehen. Die Sprengung gelingt, und die Beliskner stürzt in den Pazifik und wird zerstört – doch ein Replikator überlebt den Absturz …