Als Dr. Jackson das Geheimnis um das Stargate lüftete, befand sich Jonathan „Jack“ O’Neill im Ruhestand. Sein Sohn hatte die Dienstwaffe des Air Force Colonels gefunden und sich beim spielen mit ihr aus Versehen selbst erschossen.
Das hat O’Neill sich nicht verzeihen können und nachdem ihn auch noch seine Frau verlassen hatte, hatte er den Dienst quittiert.
Jedoch wurde er reaktiviert und mit der Stargate-Mission nach Abydos betraut gemacht, die er als Teamleader anführen sollte. Dort fanden sie ein Volk vor, das primitiv lebte und stets den Sonnengott Ra fürchten musste. O’Neill und sein Team machen den Einheimischen Mut und zetteln einen Aufstand an, bei dem Ra getötet wird.
Zurück von Abydos erklärt er, es sei einiges schief gelaufen und er hatte Gebrauch von der Atombombe, die zur Sicherheit mit nach Abydos geschafft wurde, gemacht, um die Abydonier, bei denen Daniel Jackson nun lebte, zu schützen.
Einige Zeit später fliegt die ganze Sache allerdings auf, als Apophis durch das Erden-Gate gelangt und eine Soldatin entführt, sowie eine ganze Truppe tötet.
O’Neill wird zunächst nach Abydos geschickt, wo er Daniel wiederaufsammelt. Doch auf Abydos läuft einiges schief und Sha’Re, Daniels Frau, und einige andere werden von Apophis verschleppt.
Zurück auf der Erde machen sich O’Neill und Daniel schließlich mit einem Team auf, um die Gefangenen zu befreien. Auf dem Planeten schließt sich ihnen Teal’C, ein Jaffa-Krieger an. Ihnen gelingt es allerdings nicht, Sha’Re und die anderen zu befreien, zudem hat sich eine Goa’Uld-Larve Skaaras bemächtigt, einem jungen Abydonier, mit dem O’Neill Freundschaft geschlossen hatte.
Mit Rückkehr zur Erde wird das Stargate-Programm ins Leben gerufen, da klar ist, dass die Erde in Zukunft stets mit einem Angriff der Goa’Uld rechnen muss und so erhält O’Neill das Kommando über das SG-1-Team, bestehend aus ihm, Daniel Jackson, Teal’C und Samantha Carter.
Das Team macht sich ständig auf die Suche nach Möglichkeiten, um die Goa’Uld zu stoppen und O’Neill riskiert meistens dabei Kopf und Kragen, um Missionen erfolgreich abschließen zu können und das Team zu retten.
Er steht stets hinter seinem Team, lässt keinen hängen und liebt es mit Daniel zu streiten, obwohl sich die beiden eigentlich gut verstehen. Da er mit Technik nicht viel anzufangen weiß, überlässt er den Teil meistens Carter, bildet dafür aber ein gutes Team mit Teal’C, wenn es ums kämpfen und Strategien geht. Zudem haben es seine Vorgesetzten, insbesondere General Hammond meistens nicht leicht mit ihm, da er bei der Erfüllung von Missionen gelegentlich die Grenzen überschreitet. Doch die Tatsache, dass O’Neill und das SG-1-Team schon etliche Male die Erde gerettet haben, zieht den Colonel immer wieder aus dem Salat.
Auf einer Mission lädt sich ihm eine Antikerdatenbank in sein Gedächtnis, die droht ihn zu vernichten, aber ihn ein Modul für zusätzliche Energie für das Stargate bauen zu lassen. Mit Hilfe dieses Moduls gelangt er durch das Stargate zu den Asgard, die ihm helfen.
Ein paar Jahre später riskiert er erneut zu sterben, als er sich auf der Suche nach einer mächtigen Antikerwaffe und der verlorenen Stadt, erneut eine Antikerdatenbank ins Gedächtnis lädt. Mit Hilfe des Wissens, findet das SG-1-Team schließlich einen Antiker-Außenposten in der Antarktis, mit Hilfe dessen sie die Erde in einer gewaltigen Schlacht vor den Goa’Uld verteidigen.
O’Neill wird in diesem Außenposten in Stasis versetzt, was ihm schlussendlich das Leben rettet und den Asgard, das einzige Volk, das O’Neill mag, gelingt es, ihn aus der Stasis zu erlösen.
Durch diese Aktion gelangt er in den Rang eines Brigadier Generals und übernimmt anstelle Hammonds das Kommando über das SGC.
Lediglich ein Jahr später, übernimmt er erneut Hammonds Stelle und zwar bei einer Behörde zur Verteidigung der Erde im Pentagon und verlässt somit das SGC.