Wieder einmal begibt sich ein Team auf die Suche, die unerforschten Bereiche von Atlantis zu untersuchen.
Dabei entdeckt man ein Labor mit einer Stasis-Kapsel, in welcher sich eine sehr alte Frau befindet.
Nach einer Besprechung zwischen Dr. Weir, McKay und Dr. Beckett über das Risiko für die Frau entscheidet man sich dafür, sie wiederzubeleben.
Nachdem die Frau aus der Kapsel befreit ist, findet Dr. Beckett einen Zettel in ihrer Hand, auf welchem fünf Stargate-Adressen niedergeschrieben sind. Kurz darauf wacht die Frau langsam aus ihrem Schlaf auf und beginnt etwas zu sagen – "Es hat funktioniert" – und schläft anschließend wieder ein.
Nach einer Weile wird Dr. Weir von Beckett kontaktiert, der ihr mitteilt, dass die Frau wieder aufgewacht sei und etwas zu erzählen habe. Es hat den Anschein, als ob die Frau das Atlantis-Team sehr gut kennt, obwohl man sie nie zuvor getroffen hat …
Sheppard geht zu Dr. Weir, welche auf einem Balkon steht. Sie fragt ihn, was er bei ihr macht und warum er nicht die Stadt erkundet. Daraufhin gibt Sheppard ihr ein Geburtstagsgeschenk und wünscht ihr alles Gute. Sheppard verlässt sie und begleitet die anderen bei der Erkundung der Stadt.
Während des Durchsuchen der Stadt bleibt Ford plötzlich bei einem Raum mit rot gedämpften Lichtern stehen. Dr. Weir wird alarmiert, damit sie sich das Entdeckte ansieht. Man sieht eine alte Frau, welche in einer Stasiskammer liegt.
Als Weir ankommt, debattieren Weir, Sheppard, McKay und der eben eingetroffene Dr. Beckett darüber, ob man die Frau wiederbeleben soll oder nicht, denn der physische Zustand der Frau gleicht dem einer 100 jährigen.
McKay erklärt darauf, dass die Stasiskammer, in der die Frau liegt, das Altern nur verlangsamt. Um jedoch ein solches Altern zu erreichen, muss die Frau schon über zehntausend Jahre in der Stasiskammer gewesen sein.
Weir nimmt das Risiko, welches die Wiederbelebung der Frau mit sich bringt, auf sich und übernimmt die Verantwortung.
Nachdem die Frau aus der Stasis-Zelle befreit wurde, wacht sie langsam auf. Sie öffnet ihre Augen und fängt langsam an zu sprechen. Beckett findet eine Notiz in der Hand der Frau, auf welcher sich fünf Stargate-Adressen befinden. Einer dieser Planeten wurde bereits besucht, und McKay wundert sich, wofür die Notiz gedacht ist. Als die Frau gerade anfängt zu sprechen, schläft sie plötzlich ein.
Beckett kontaktiert Weir und erzählt ihr, dass die Frau etwas zu Wissen scheint. Als die Frau aufwacht begrüßt Dr. Weir sie zusammen mit McKay. Die Frau sagt daraufhin, dass es schön ist alle wohlbehalten wieder zu sehen, nach so langer Zeit. Sie erzählt, dass sie Dr. Weir ist und als sie gerade anfängt zu erklären, was passiert ist, schläft sie erneut ein.
Nach einer Debatte mit Beckett, ob ein Präparat ihr helfen würde sie länger wach zu halten, verabreicht Beckett der alten Dr. Weir ein solches Mittel. Als die alte Dr. Weir erwacht, kommt die normale Dr. Weir mit einem Rollstuhl vorbei und bietet ihr eine Tour durch die Stadt an. Sie begeben sich zum Konferenzraum und die alte Dr. Weir erklärt, was bei der „ersten Ankunft“ des Atlantis-Teams passiert ist.
Ein Rückblick: Die Stadt wurde mit fast aufgebrauchten Energiereserven gefunden und fängt an mit Wasser voll zulaufen. Dr. Weir befiehlt Colonel Sumner, welcher die Stadt erkundet, zum Torraum zurückzufallen.
Nach einem knacksendem Ton, überträgt Sumners Funkgerät das Schreien seines Teams, welches in den Fluten ertrinkt.
Sicherheitsschotten schließen sich in Atlantis und alle außer McKay, Weir, Grodin, Zelenka, Beckett, Ford und Sheppard ertrinken. Das Wasser kommt nun auch in den Torraum, wo McKay zwanghaft versucht das Tor für die Jumper-Buchten zu öffnen. Das Wasser steigt und der Rückblick endet.
McKay kommentiert sein Handeln und ist überwältigt davon, dass er es nicht schafft Atlantis aus dem Ozean zu erheben.
Ein erneuter Rückblick: Sheppard, Weir und Zelenka sind in einem sechsten Puddle Jumper, welcher ein Gerät in der Mitte befestigt hat. Das Gerät ähnelt keinem bisher bekannten. Der Raum fängt an zu fluten; Ford und Beckett sind ertrunken. Sheppard, welcher die Tür im richtigen Moment schließt, übernimmt die Kontrolle über den Puddle Jumper. Er weiß nicht, was er tut und als er eine Taste berührt, befinden sie sich plötzlich im Weltraum. Plötzlich wird auf sie geschossen und der Rückblick endet.
Die alte Weir wacht wieder auf und erzählt die Geschichte weiter.
Rückblick: Sheppard versucht einen Weg zu finden um zurück zu schießen, daraufhin schießt er einen Wraith-Flieger mit Hilfe einer Drohne ab. Ihr Puddle Jumper wird getroffen und Dr. Weir hat einen Blackout.
Sie wacht neben Janus, einem Wissenschaftler der Antiker, auf, welcher ihr erklärt, dass sie die alleinige Überlebende ist und von allen Wunden geheilt wurde. Daraufhin wird sie zum Rat der Antiker gebracht, wo Janus und Weir darüber reden, was man tun kann um die Ereignisse in zehntausend Jahren zu verhindern.
Der Rat zeigt sich allerdings uneinsichtig und verbietet den Bau eines zeitreisefähigen Puddle Jumpers.
Nach der Sitzung sprechen Weir und Janus zu einem Ratsmitglied (Melia). Sie sagt, dass sie es bedauert, aber sie ihnen nicht helfen kann.
Hinter dem Rücken des Rates, entwickelt Janus eine Notfallsicherung, welche Atlantis aus dem Ozean erheben soll, wenn der Schild brechen sollte. Dafür müssen die 3 ZPMs, welche den Schild mit Energie versorgen, in Zeitabständen rotiert werden; außerdem gibt es einen Sensor, der Weir aufweckt, wenn ihr Expeditionsteam ankommt.
Kurz darauf wird ein Transportschiff der Antiker mit 300 Menschen an Bord angegriffen. Janus schlägt vor alle Energie auf die Schilde zu lenken, aber die Idee schlägt fehl. Die Sensoren zeigen, dass das Schiff von den Wraith vernichtet wurde. Daraufhin beginnen die Antiker mit der Evakuierung der Stadt.
Janus erklärt Weir, dass jemand zurückbleiben muss um die ZPMs zu rotieren. Aus diesem Grund zeigt er Weir, was sie zu tun hat. Janus verlässt Atlantis mit seinen Zeitreise-Plänen, versteckt in seinem Rucksack zur Erde.
Dr. Weir verbringt jeweils 3,3 tausend Jahre zwischen den Rotierungen. Ende des Rückblicks.
Die alte Dr. Weir fragt Dr. Weir, ob McKay herausgefunden hat was die Notiz bedeutet. Daraufhin erklärt sie, dass sich bei diesen fünf Adressen Außenposten befinden, welche ZPMs beherbergen.
Dr. Weir weckt McKay, welcher ausflippt, als er hört, was die Adressen bedeuten.
Die alte Weir stirbt….
Sheppard geht zu Dr. Weir, welche die Asche ihres alten Ichs verstreut. Er sagt ihr, dass er jetzt zum Briefing gehen wird. Dr. Weir fragt ihn daraufhin, ob sie eine Minute haben könnte, bevor sie dort hin geht.