Dr. Elizabeth Weir, deren Spezialgebiet Diplomatie darstellt, wurde von Vizepräsident Kinsey als Nachfolgerin von General George Hammond in das Stargate-Center eingeführt. Jedoch war sie nur kurz im Cheyenne Mountaine Komplex tätig, da sie als zivile Leiterin einer Expedition in die Pegasus-Galaxie ging. Sie ließ ihren Freund Simon und ihren Hund auf der Erde zurück.
Sie selbst suchte die Mitglieder der Expedition aus und es war ihre Entscheidung Major John Sheppard mit nach Atlantis zu nehmen, vor dem sie von General Jack O’Neill, wegen Befehlsverweigerung, gewarnt wurde.
Sie versucht alle Mitglieder ihres Teams kennen zu lernen, sowie einige Athosianer, und bringt keinen ihrer Leute unnötig in Gefahr. Das komplette Expeditionsteam liegt ihr sehr am Herzen, was zu sehen ist, als sie persönlich den Verwandten oder Freunden eines jeden verlorenen Mitglieds eine Videonachricht schickt.
Das ganze Expeditions-Team, ausgenommen Dr. Kavanagh, hat volles Vertrauen in ihre Leiterin und zweifelt ihre Entscheidungen nicht an. Einzig und allein Major Sheppard musste sie ein Mal ihre Autorität klar machen, als er ihrem Befehl nicht Folge leistete.
Ihre höchste Priorität ist, den Wraith nie die Möglichkeit zu geben zur Erde zu gelangen, selbst wenn es die Zerstörung von Atlantis bedeutet.
Als Elizabeth die Möglichkeit für kurze Zeit zur Erde zurückzukehren bekam, ergriff sie diese und besuchte ihren Freund. Doch sie musste feststellen, dass dieser eine andere getroffen hatte und ihre Versuche ihn zu überreden mit nach Atlantis zu kommen keinen Erfolg haben würden.
Sheppard verdankt ihr seine Beförderung zum Lieutenant Colonel.
Wenn es auch nur eine kleine Chance gibt einen ihrer Leute zurückzuholen, versucht sie es. Sie hat Sheppard geschickt Colonel Sumner zurückzuholen, sie hat AR-1 geschickt um den, vom Weg abgekommenen, Lt. Ford zu finden, sie hat sich selber darum gekümmert, als ihr Elite-Team auf Belsa von Sträflingen gefangen genommen wurde. Ebenfalls hat sie alles getan, um Lt. Col. Sheppard zu helfen, als dieser Symptome ähnlich denen, die Ford nach seiner Wraith-Attacke geplagt haben, aufwies, oder als er in ein Feld transportiert wurde, das die Zeit ausdehnte.
Als eine Gefahr für die Stadt galt sie, als das Bewusstsein von Pheobus, einem Außerirdischen, in sich hatte. Sie hatte keine Kontrolle mehr über ihren Körper und jagte quer durch die Stadt Lt. Col. Sheppard hinterher. Sie hatte sogar damit gedroht einen Teil der Bevölkerung von Atlantis auszulöschen, doch glücklicherweise konnte man sie außer Gefecht setzen. Das Bewusstsein von Pheobus löste sich nach einiger Zeit auf und ließ die normale Dr. Weir zurück.
Elizabeth ließ das Experiment an einem Wraith zu, das ihn unter Einfluss des Retroviruses zu einem Mensch werden lassen sollte. Allerdings lief es schief. Der Wraith, Michael, konnte sicher zu seinen Artgenossen zurückkehren und ihnen von Atlantis berichten.
Ein zweites Mal stieß sie auf ihn, als sich sein Schiff im Orbit des Planeten, auf dem Atlantis war, befand. Er bot ihnen an, das Retrovirus zu benutzen, um andere Wraith damit zu infizieren. Dr. Weir willigte ein. Allerdings wurde die Allianz jäh beendet, als Ronon und McKay entführt wurden, die Daedalus unter schweren Beschuss genommen wurde und sich die Hive-Schiffe in Richtung Erde begaben. Die Atlanter wurden ausgenutzt und Elizabeth musste nun einen Weg finden, das Schlimmste abzuwenden.
Erster Auftritt - Stargate: SG-1
Neue Machtverhältnisse, Teil 1
New Order, Part 1
Carter wird gefangen genommen als sie und Teal'c versuchen die Asgard zu kontaktieren. Sie erhoffen sich von den Asgard Hilfe zu bekommen, um den gefrorenden O'Neill zu befreien. Dr. Weir und Daniel Jackson verhandeln unterdessen mit nicht vertraulichen Partnern, welche sich wünschen gegen einen gemeinsamen Feind Seite an Seite zu kämpfen (Teil 1 von 2).