Die dritte Staffel von "Stargate: Atlantis" wartet mit allerhand Wendungen und guten wie bösen Überraschungen auf. Ein selbstgeschaffener Feind wird zur Gefahr und die Rückkehr der Antiker scheint das Ende der Atlantis-Unternehmung zu sein. Aber so leicht gibt sich Sheppards Team nicht geschlagen, weshalb neue Abenteuer bereits auf das Team warten.
Doch die Feinde schlafen nicht und so lauern an jeder Ecke in der Pegasus-Galaxie auch weiterhin neue Gefahren.
Die dritte Staffel steht zwar im Zeichen neuer Feinde und unerwarteter Verbündeter, doch zunächst werden die Ereignisse aus „Die Verbündeten“ und der Handlungsbogen um Michael fortgeführt:
In „Niemandsland“ sind die beiden Basisschiffe auf dem Weg zur Erde; Sheppard sitzt in seiner F-302 an der Außenhülle eines der Schiffe fest. Derweil wird ein gewagter Plan gefasst: Bevor die Wraith in die Milchstraße springen können, müssen sie am Rand der Pegasus-Galaxie noch einen Stopp einlegen. Dieses Zeitfenster soll für einen gemeinsamen Angriff der Daedalus und der Orion auf die Schiffe genutzt werden, um sie abzufangen. Währenddessen gelingt es McKay und Ronon sich zu befreien, und Dr. Weir wird auf die Erde befohlen, um sich vor einem IOA-Komitee zu rechtfertigen. Michael, erkennend, dass auch er nicht völlig in die Pläne der Wraith eingeweiht war und nirgendwo mehr willkommen ist, hilft Sheppard, dem er über Funk antwortet, als dieser versucht, McKay und Ronon zu erreichen. Gemeinsam gelingt die Flucht, während die Daedalus und die Orion eintreffen. Dank der Drohnen kann eines der Basisschiffe zerstört werden, das andere wird von der Daedalus durch konzentriertes Feuer auf den Haupthangar außer Gefecht gesetzt. Doch die Orion wird zerstört, und die Daedalus schwer beschädigt, einschließlich der Lebenserhaltung. Michael, zusammen mit McKay, Sheppard und Ronon an Bord teleportiert, schlägt vor, das Retro-Virus einzusetzen, was auch geschieht und wirkt. Einzig die Königin bleibt unverändert, wird jedoch von Ronon und Sheppard getötet.
Später kehren das gekaperte Wraith-Schiff und die Daedalus nach Atlantis zurück; Michael ist wieder ein Gefangener. Auf der Erde entscheidet der IOA, dass Dr. Weir vorerst im Amt bleibt, aber Richard Woolsey als Berichterstatter nach Atlantis entsandt wird, der dort auch prompt mit Befragungen und der Teilnahme an den Sitzungen im Konferenzraum beginnt. Da die verwandelten Wraith, etwa 200 Personen, in den Stasiskammern des Basisschiffes zu viel Energie verbrauchen, wird ein Camp auf einem Planeten ohne Stargate errichtet; auch Michael wird erneut behandelt und ist unter ihnen. Doch sie schöpfen Verdacht und setzen die Behandlung aus, wodurch sie sich zurückverwandeln. Als ein zweites Wraith-Schiff auf die Kolonie zusteuert, reist Sheppards Team mit dem eroberten Basisschiff dorthin, das Teyla über ein manuelles Interface navigieren kann. Sie können Beckett retten und feuern dann auf das Camp, doch ihr Schiff wird von dem eintreffenden Wraith-Schiff zerstört. Das Team aber kann sich in den Jumper retten und wird von der Daedalus abgeholt.
Michael kehrt später in der Staffel zurück und übt „Rache“: Das Team verliert den Kontakt zu einer Siedlung der Taraner und stößt bei der Suche auf ein unterirdisches Labor, wo sie von einem unbekannten Wesen angegriffen werden. Dieses erweist sich als Genversuch von Michael, der mit der Kreuzung von Iratus-Käfern und Menschen experimentiert und dabei auch die Taraner getötet hat. An Bord eines Darts kehrt Michael zurück und entführt Teyla, um sie mit einem Iratus-Käfer zu töten, der sich an ihr nähren soll. Sie kann gerettet werden, doch das Team wird von immer mehr Kreaturen angegriffen. Letztlich schaffen sie es aber an die Oberfläche und fliehen in Michaels Dart; Michael selbst entkommt jedoch, und dies waren nicht die einzigen Kreaturen und das einzige Labor …
Zahlreiche Episoden der dritten Season widmen sich dann den Asuranern: In „Der Bruderstreit“ stößt das Team auf angebliche Antiker, die sich offenbar vor Tausenden von Jahren losgesagt haben und nun isoliert in einer gewaltigen Stadt leben, in der ein Zwillings-Atlantis lediglich eine kleine Insel ist. Sie werden kühl von Oberoth, dem Anführer der Asuraner, empfangen und anschließend gefangen genommen. Sie brechen aus und müssen miterleben, wie Atlantis von den Wraith zerstört wird – doch da wird klar, dass die Asuraner Menschenform-Replikatoren sind und die Gedanken des Teams manipulierten, um die Lage von Atlantis zu erfahren. Kurz darauf startet das Replikatoren-Atlantis den Sternenantrieb und begibt sich nach Atlantis, um es aus Rache zu vernichten; derweil verbindet sich der Asuraner Niam mit Dr. Weirs Bewusstsein und zeigt ihr, wie seine Art entstanden ist. Es stellt sich heraus, dass die Replikatoren-Naniten ursprünglich eine Waffe der Antiker gegen die Wraith sein sollten; doch das Experiment wurde abgebrochen und Asuras dem Erdboden gleichgemacht, als nicht die gewünschten Erfolge erzielt wurden. McKay gelingt es, die Verbindung der Replikatoren untereinander zu manipulieren und diese „einzufrieren“, sowie die drei ZPMs der Stadt zu überladen und so das Replikatoren-Atlantis zu vernichten, kurz bevor es das echte Atlantis angreifen kann, während das Team im Jumper flieht. Niam, ebenfalls an Bord, da er dem Team hilft und Informationen über den Aufstieg haben will, wird jedoch „neu gestartet“ und greift Dr. Weir an; er wird daraufhin durch die Heckluke in den Weltraum gestoßen.
Die Episode „Atlantis ruft“ setzt unmittelbar nach diesen Ereignissen an und konzentriert sich auf Dr. Weir, die durch den Einfluss von Niam nun Naniten in sich trägt und sich in einer Realität wiederfindet, in der sie im Krankenhaus liegt, auf Medikamente angewiesen ist und kein Stargate-Programm existiert; jeder versucht sie stattdessen glauben zu machen, ihre Erlebnisse in Atlantis seien nur Einbildung gewesen. Durch einen Schemen von Sheppard, der ihr während ihrer Quarantäne in Atlantis Mut zuspricht, kann sie schließlich aus dem Traum ausbrechen.
Die Replikatoren-Storyline wird fortgeführt im Zweiteiler „Die Rückkehr“. Während die Daedalus einen Test mit der neu entwickelten Gate-Brücke zwischen der Erde und Atlantis überwacht, schnappt McKay die Signatur eines Antiker-Schiffes auf, das sich mit annähernder Lichtgeschwindigkeit durch den Raum bewegt; durch relativistische Effekte sind für die Antiker an Bord nur wenige Jahre vergangen. Unter der Leitung ihres Captains Helia nehmen sie Atlantis wieder in Besitz und wünschen nicht, dass die Menschen bleiben; bis auf Woolsey und General O’Neill, die noch Verhandlungen führen, kehrt die Atlantis-Expedition vorerst zur Erde zurück, wo sie sich eher schlecht als recht mit dem Alltag im SGC und ihren neuen Aufgaben anfreunden. Derweil greifen die Replikatoren erneut Atlantis an; die Antiker, die glauben, die Asuraner könnten ihnen aufgrund ihrer Programmierung nichts tun (ohne Wissen um McKays Manipulation des Codes), werden überwältigt und getötet, und O’Neill und Woolsey sind gefangen. Mit einem Jumper und entgegen aller Befehle macht sich das Team daher auf den Weg zurück in die Pegasus-Galaxie und benutzt dabei die neue Gate-Brücke.
Es gelingt, mit dem Jumper im Gaterium von Atlantis eine Bombe zu platzieren und durch das Fenster zu fliehen; danach müssen sie einem Drohnenangriff ausweichen, gelangen aber schließlich mit O’Neills Hilfe über eine überflutete Hangarbucht in die Stadt. O’Neill und Woolsey werden jedoch entdeckt und gefangen genommen. McKay fasst scheinbar den Plan, C4 an die Schildgeneratoren zu heften, um die Stadt beim Aktivieren der Schilde zu zerstören; dieser Plan wird jedoch von Woolsey, der sich nicht gegen die Gedankenkontrolle wehren kann, an die Replikatoren verraten. Als die Daedalus eintrifft, fahren die Replikatoren die Schilde hoch, doch da zeigt sich McKays wahrer Plan: Er hat die Emitter der Anti-Replikatorenwaffen in die Schildkontrolle eingebaut, sodass bei der Schildaktivierung alle Nanitenzellen getrennt werden; Atlantis ist befreit und verfügt wieder über ZPMs, die von den Replikatoren eingesetzt wurden.
Neben den Storylines um die Replikatoren und Todd wartet die dritte Season aber auch mit Folgen auf, die sich auf einen bestimmten Charakter konzentrieren.
In „Sateda“ etwa wird Ronon mit seiner Vergangenheit als Läufer konfrontiert. In einem Dorf, in dem er einst Zuflucht fand und das dann von den Wraith überfallen wurde, wird er gefangen genommen und an die Wraith ausgeliefert. Diese implantieren ihm einen neuen Chip und setzen ihn auf Sateda, seinem zerstörten Heimatplaneten aus. Eine grausame Jagd beginnt, während der sich Ronon immer wieder an Menschen und Szenen während des Wraith-Angriffs erinnern muss. Eine riskante Rettungsaktion mit der Daedalus und einem Jumper wird gestartet, und Teyla und Sheppard helfen Ronon, die Wraith zu bekämpfen. Ronon stellt sich schließlich dem Anführer im Zweikampf, ist jedoch hoffnungslos unterlegen; aber da taucht der Jumper auf und tötet den Wraith mit einer Drohne.
„Der doppelte Rodney“ hingegen ist eine McKay-Episode, in der auch David Hewletts richtige Schwester Kate als Jeannie auftritt. Diese entwickelt eine Theorie über parallele Raumzeiten, auf die Samantha Carter aufmerksam wird und McKay kontaktiert. Dieser reist zur Erde, um Jeannie zu überreden, mit ihm nach Atlantis zu gehen und ihre Theorie in die Praxis umzusetzen; sie ist zunächst abgeneigt, da sie nicht mit dem Militär arbeiten und sich eher um ihre Familie kümmern möchte. Doch als man sie auf die Daedalus beamt und ihr das Stargate-Programm enthüllt, sagt sie zu. Das in Atlantis entwickelte Gerät, welches Nullpunkt-Energie aus einer parallelen Raumzeit gewinnen soll, funktioniert, doch plötzlich erscheint ein fremdes Objekt darin: Rodney McKay … Dieser wollte erreichen, dass das Experiment gestoppt wird, da es sein Universum zu vernichten droht, doch er kann nicht zurückkehren. Die Verbindung zwischen den parallelen Universen besteht jedoch weiter, nun droht beiden Realitäten die Zerstörung; Jeannie leitet einen Energieimpuls in die Maschine und der alternative Rodney lässt sich hineinbeamen, um so doch noch in seine eigene Realität zurückzureisen; er schafft es und die Brücke bricht zusammen, was jedoch auch die gesamte restliche Energie des ZPMs verbraucht …
Eine weitere McKay-Episode ist „Rodneys Tao“, in der er Fähigkeiten der Antiker entwickelt, nachdem er in einem bisher überfluteten Labor von einem Energiestrahl getroffen wurde. Es stellt sich heraus, dass er sich immer weiterentwickelt, bis er aufsteigen würde. Dafür muss er jedoch auch einen gewissen mentalen Zustand erreichen, ansonsten würde er sterben … In rührenden Szenen verabschiedet er sich daher von seinen Freunden und versucht, in seinen letzten Stunden noch so viel wie möglich zu helfen. Doch kurz vor der endgültigen Wirkung erkennt er, wie der Effekt umgekehrt werden kann, was auch geschieht; allerdings hatte er die notwendigen Werte erreicht und hätte tatsächlich aufsteigen können …
Die Episode „Ein freier Tag“ konzentriert sich hingegen auf eher traurige Weise auf Dr. Beckett: Ein versehentlich aktiviertes Gerät, das eine radioaktive Strahlung aussendet und eine kritische Masse an Spurenelementen im Körper sammelt, führt dazu, dass Dr. Hewston explodiert. Auch ihr Kollege Dr. Watson ist betroffen; anstatt ihn aber in einen anderen Teil der Stadt zu verlegen wie befohlen, will Dr. Beckett den Mann retten und entfernt den Tumor operativ; kurz nach der Übergabe an das Bombenkommando explodiert der Tumor jedoch, was Beckett nicht überlebt …
Daneben werden natürlich auch die Pegasus-Galaxie und Atlantis weiter erforscht. In „Der Zaubertrank“ trifft das Team auf Lucius Lavin, der für Medikamente bekannt ist und offenbar von jedermann überschwänglich geliebt wird. Wie die Atlantis-Besetzung selbst erleben muss, ist dafür jedoch eine Droge verantwortlich. Nur Sheppard bleibt aufgrund einer Erkältung immun und versucht, die restliche Crew wieder zur Besinnung zu bringen.
Später erschafft ein Wraith-Gerät „Phantome“ bei allen außer Teyla, offenbar, da sie Wraith-DNS in sich trägt. Auf der Suche nach Major Leonards und seinen Männern gerät Sheppards Team unter den Einfluss eines Generators, der Halluzinationen erzeugt, wie sie Menschen während Wraith-Angriffen sehen. Jeder erlebt dabei eine eigene Halluzination, die mit traumatischen Erlebnissen in der Vergangenheit verknüpft ist. Leonards sieht sich von Kull-Kriegern umzingelt, Ronon sieht sich von Wraith verfolgt, und Sheppard sieht sich nach Afghanistan in den Kampf mit Taliban versetzt. Die Situation eskaliert und das Team schießt aufeinander; erst im letzten Moment kann das Gerät durch Teylas Eingreifen abgeschaltet werden.
In „Die Warnung“ versammeln sich die Wale um Atlantis, und Expeditionsmitglieder haben schreckliche Halluzination von einem verbrannten Mann und einer Frau, die diesen versorgt. Es stellt sich heraus, dass die Wale Schutz vor einer alle 15.000 Jahre auftretenden Sonneneruption suchen, die auf den Planeten zurast, und mithilfe der Halluzinationen versuchen, zu kommunizieren. So gewarnt, wird die Daedalus in Position gebracht und mit dem ZPM deren Schilde verstärkt; gerade so kann so die Eruption abgewehrt werden.
Lucius taucht dann in „Kolyas Ende“ wieder auf; diesmal lässt er sich mit einem persönlichen Antiker-Schutzschild, wie ihn McKay einmal trug, als unbesiegbar erscheinen und als Held feiern, der ein Dorf von Schlägern befreit; er macht mit diesen jedoch insgeheim gemeinsame Sache. Doch da taucht Kolya auf, der erfahren hat, dass sich Sheppard auf diesem Planeten befindet, und fordert dessen Auslieferung. Die Genii benutzen Lucius als Lockvogel und können so alle bis auf Sheppard gefangen nehmen; dieser kehrt ins Dorf zurück, trägt aber diesmal den persönlichen Schutzschild. Bevor das Erschießungskommando nachladen kann, greifen die von Lucius mobilisierten Dorfbewohner ein, und Sheppard tötet Kolya schließlich in einem klassischen Western-Duell.
In „Das Spiel“ stößt das Team auf eine Zivilisation, welche McKay verehrt; es stellt sich heraus, dass die Simulation, die er und Sheppard in Atlantis spielen, auf diesem Planeten Realität ist, ein Zivilisationsprojekt der Antiker. Den Bewohnern von Geldar („McKays Land“) und Hallona („Sheppards Land“) die Wahrheit zu erklären, erweist sich als schwierig, und aus dem Spiel wird schnell bitterer Ernst, denn der simulierte Konflikt droht in einem echten Krieg zu eskalieren …
Eine ganze Zivilisation steht auch in „Die Arche“ auf dem Spiel. In einem Mond entdeckt das Team eine Raumstation mit einem angedockten Schiff und einem Dematerialisierungsgerät der Wraith. Sie finden heraus, dass dies eines von zwei Schiffen ist, mit welchen die Bewohner des Planeten evakuiert und so vor den Wraith versteckt werden sollten. Doch als der Überlebende Herick erfährt, dass das zweite Schiff, auf dem auch seine Familie „gespeichert“ war, geopfert werden musste, begeht er Selbstmord und zerstört dabei fast die Station. Es beginnt ein verzweifelter Wettlauf gegen die Zeit, um das Team und die Leben im Speicher des angedockten Schiffes zu retten, denn der Mond droht nun in die Planetenatmosphäre einzudringen und zu verglühen. Mit einem waghalsigen Manöver gelingt Sheppard aber eine Bruchlandung mit dem angedockten Schiff, nachdem es beim Wiedereintritt von der Station abgesprengt wurde.
In „Untergetaucht“ findet das Team eine Unterwasser-Bohrstation zur Gewinnung geothermaler Energie. Doch da verfällt Teyla in einen Trancezustand und wendet sich gegen ihre Kameraden; denn sie wird von einer Wraith-Königin telepathisch kontrolliert, deren Kreuzer während der Belagerung von Atlantis in der Nähe abgestürzt war. Der Jumper wird beschädigt und das Team sitzt fest; noch dazu aktiviert die Königin die Selbstzerstörung des Kreuzers. Erst mit Teylas Hilfe gelingt es, die Wraith-Königin zu besiegen: Sie dreht den Spieß um und spielt der Königin vor, sie habe sie erneut unter Kontrolle; als sie zum Kreuzer zurückkehrt, um die Selbstzerstörung zu deaktivieren, wird sie von Sheppard und McKay getötet.
Eine besondere Folge der dritten Staffel ist „Ein ungewöhnlicher Verbündeter“: Sheppard wird von Kolya gefangen genommen und gefoltert, indem sich ein Wraith „häppchenweise“ an ihm nährt, während die Atlantis-Crew entsetzt zusehen muss. Doch auch der Wraith ist ein Gefangener und die beiden erkennen, dass sie zusammenarbeiten müssen, um zu entkommen – der Beginn der Feindes-Freundschaft zwischen Sheppard und „Todd“, die in späteren Staffeln noch stark an Bedeutung gewinnen sollte. Die Flucht gelingt, und das Atlantis-Team erfährt etwas Neues über die Wraith: Diese können Leben nicht nur nehmen, sondern auch spenden, wodurch Sheppard gerettet wird.
Das Staffelfinale schließlich greift die Replikatoren-Storyline erneut auf: Die Asuraner üben Vergeltung, nachdem die Apollo, das neue Schiff der Daedalus-Klasse, einen massiven Nuklearschlag gegen Asuras geführt hat. Sie schicken einen Satelliten in den Orbit über Atlantis, der mit Schilden und einem Stargate versehen ist, und schicken einen Energiestrahl hindurch, der die Apollo schwer beschädigt, die Schilde der Stadt erheblich schwächt und noch dazu das Atlantis-Gate blockiert. Die Stadt wird versenkt, doch das schwächt den Strahl nicht genügend ab, daher wird ein neuer Plan gefasst: Atlantis soll auf einen anderen Planeten reisen. Ein Asteroid wird herangezogen, der den Strahl während des Starts abwehren soll, denn die Energie reicht nicht für die Schilde und die Aktivierung des Sternenantriebs zugleich. Doch der Asteroid wird zu früh zerstört, und der Strahl trifft für einen Moment den schutzlosen zentralen Turm. Dr. Weir wird schwer verletzt, und Atlantis fällt zu früh aus dem Hyperraum und treibt hilflos im All …