Ein komplett neues Stargate-Team begibt sich auf eine gefährliche Mission zu einer weit entfernten Galaxie. Dort entdecken die Expeditionsmitglieder eine verlorenene mysthische Stadt, aber auch neue Feinde.
Der weltberühmte, in Schottland geborene Arzt Carson Beckett, ist derjenige, der entdeckte, dass manche Menschen über das seltene Antiker- oder einfach ATA-Gen verfügten, das es ermöglicht, die verschiedensten Antiker-Technologien zu aktivieren. Sehr zu seinem Bedauern besitzt er es selbst auch und muss, sobald er nach Antarctica beordert wurde, als Rodney McKays „Versuchskaninchen“ herhalten.
Als Daniel Jackson die Symbole der Gateaddresse für Atlantis entschlüsselt hat, schließt sich der Arzt der Expedition an und wagt den Schritt durch das Stargate in eine andere Galaxie.
In der verlorenen Stadt fungiert er nun als Leiter der Krankenstation. Er ist der erste, der etwas über die Wraith und ihre Lebensweise erfahren kann. Außerdem ist Carson Beckett dafür verantwortlich andere Expeditionsmitglieder mit der Gen-Therapie zu behandeln, um damit möglichst vielen die Interaktion mit der Antiker-Technologie zu ermöglichen.
Er steckt seine ganze Hoffnung in das „Serum“, das die Hoff entwickeln wollen, und hilft ihnen deshalb wo er nur kann. Zusammen mit Perna schafft er es Ergebnisse zu erzielen und überredet deshalb Dr. Weir ihnen den Wraith zu überlassen. Da das Serum zu wirken scheint, haben sich die Hoff damit geimpft – darunter auch Perna. Als sich dann herausstellt, dass das Serum nicht auf die gewünschte Weise wirken würde, sondern auch einen Großteil der Geimpften töten würde, ist es schon zu spät. Auch Perna stirbt daran, was Beckett nur schwer verkraftet.
Trotz dem, dass er es hasst mit der Antiker-Technologie umgehen zu müssen, erlernt er mit der Zeit einen der Puddlejumper zu fliegen und lässt sich öfter dazu überreden mit der Technologie zu interagieren.
Nebenzu arbeitet Carson Beckett an einem gewissen „Retro-Virus“, das es ermöglichen soll, die, von der Mutation beeinflussten, Teile eines Wraith zu unterdrücken und nur die Menschlichen zurückzulassen. Er will noch Tests an einer Wraith namens „Elija“ durchführen, als sie es sich auch schon im unfertigen Zustand injiziert. Es bewirkt genau die umgekehrte Wirkung, als die, die der Schotte erreichen will.
Nachdem er meint, das Retro-Virus fertig gestellt zu haben, bittet er Dr. Weir darum einen weiteren Test durchführen zu dürfen. Sie behandeln einen Wraith damit und haben schon bald einen Menschen vor sich, der von da an „Michael Kenmore“ heißt. Allerdings läuft es nicht wie geplant und Michael entkommt, verwandelt sich wieder in einen Wraith und kehrt zu den anderen zurück.
Mit Verstärkung taucht Michael wieder im Orbit über dem Planeten auf und bittet um eine Allianz. Zusammen mit den Atlantern wolle er andere seiner Art in Menschen verwandeln. Carson versucht sein bestes um eine Möglichkeit zu finden, das Retro-Virus großflächig zu benutzen, muss aber bald feststellen, dass das nur schwer möglich war. Zum Einsatz kommt das Virus allerdings nicht mehr, da es sich nur um ein Täuschungsmanöver handelte und die Wraith nun Richtung Erde verschwinden…
Das Team fand daraufhin ein Hive mit transformierten Wraith, die sie auf einem Planeten ohne Gate absetzten und sie dort überwachen. Beckett hat dort das Sagen, wobei ihm allerdings ein militärisches Team beisteht. Auch Michael, der in Gefangenschaft der Atlanter ein weiteres Mal transformiert wurde, wurde dort hingebracht. Mit fatalen Folgen:
Die Wraith finden heraus, wer sie wirklich sind, töten die Militärs und nehmen Carson gefangen. Michael foltert ihn und nimmt ihm diverse Proben ab, lässt ihn dann aber zurück, woraufhin ein Rettungsteam um Sheppard den Arzt wieder mit nach Atlantis nehmen.
Als die Antiker eines Tages nach Atlantis zurückkehren und die Atlanter die Stadt verlassen müssen, arbeitet er als Arzt im SGC. Er ist derjenige, der versucht das Team zusammenzuhalten und verabredet sich mit Elizabeth, Rodney und John zum Abendessen.
Davon werden sie allerdings weggerufen, als es im SGC einen Notfall gibt. Die Replikatoren haben die Stadt angegriffen. Beckett schließt sich Sheppards Trupp an, der auf eigenen Faust aufbricht um die Stadt zurückzuerobern und O’Neill und Woolsey, die in Atlantis Verhandlungen geführt hatten, aus ihrer misslichen Lage zu befreien.
An einem freien Tag sucht Carson jemanden zum Angeln, nachdem Rodney ihm abgesagt hat. Es findet sich niemand, weshalb er die Schicht von Dr. Cole übernimmt, die an einer Migräne leidet. Als es eine Explosion gibt, findet er sich schnell mitten im Einsatz wieder und muss um Teylas Leben kämpfen.
Das gerade geschafft, operiert er einen Mann, in dessen Körper sich aufgrund einer Verstrahlung ein Tumor gebildet hatte. Beckett bringt die Box mit dem explosiven Tumor einem Bombenexperten entgegen, kommt aber nicht mehr rechtzeitig weg, als der Tumor explodiert und ihn in den Tod reißt.
Carson / Klon
Das Team findet in einem von Michaels Stützpunkten Carson in einer Zelle sitzen. Sie nehmen ihn mit nach Atlantis, wo sich herausstellt, dass er tatsächlich Carson ist.
Als Rodney ihm erzählt, was alles geschehen ist und warum niemand nach ihm gesucht hatte, ist er dementsprechend geschockt und nimmt es hin, dass ihm jeder misstraut, auch wenn er sich unwohl fühlt.
Dr. Keller findet schließlich heraus, dass er ein Klon ist, der über die Informationen und Emotionen des eigentlichen Carson verfügt.
Schließlich darf er aber mit auf eine Mission, bei der es zu einer Schießerei kommt und der einzige, der Informationen über Teylas Aufenthaltsort hätte schwer verwundet wird. Carson ist mit im OP-Raum, um dem Mann das Leben zu retten, doch bricht er einfach in sich zusammen.
Bald wird klar, dass seine Zellen absterben. Gemeinsam mit Dr. Keller arbeitet er an einer Lösung, die aber nicht so leicht zu finden ist.
Bevor er nichts mehr ausrichten kann und als seine Hilfe erwünscht ist, soll er dem Team erläutern, wie Michaels Basen aufgebaut sind.
Er darf auch diese Mission begleiten. Dabei kommt es zu einer Schießerei, während der er sich absetzt, um Teyla zu befreien. Er schießt beide Bewacher nieder, doch bevor er Teyla davon überzeugen kann, ihm zu folgen, kommt Michael. Er hat die geistige Kontrolle über ihn, entwaffnet ihn und schießt ihn mit einem Stunner nieder.
Zurück in Atlantis hat sich sein Zustand mittlerweile noch weiter verschlechtert und die einzige Möglichkeit ihm zu helfen, besteht darin, den Schotten in eine Stasis-Kapsel zu bringen. Wiederwillig lässt er sich darauf ein, verabschiedet sich von seinen Freunden, weil er der Ansicht ist, wenn er sich einmal in Stasis befindet, wird er nicht wieder aufwachen. Keller verspricht ihm jedoch ein Heilmittel zu finden und so wird er in Stasis versetzt.