Erneut wird Atlantis von dem Wraith Todd kontaktiert. Dieser steckt auf einem Planeten fest, nachdem sein Shuttle angegriffen wurde. Tatsächlich hilft Sheppard dem Wraith und erfährt dann von Todd, dass die Wraith in Besitz eines ZPMs sind und diese Zeit gebraucht haben, um ihre Hiveschiffe mit der Antikertechnologie kompatibel zu gestalten. Sie erwarten also einen Angriff auf Atlantis, dem sie zuvorkommen möchten. Das Hiveschiff, welches unterwegs ist, ist stärker als erwartet und dabei müssen sie erfahren, dass nicht Atlantis das Ziel ist, sondern die Erde.
Es beginnen die Arbeiten, um die Erde so gut wie möglich auf den Angriff des Hiveschiffs vorzubereiten und sogar Atlantis könnte mit genug Energie den Weg auf sich nehmen, um den Kampf aufzunehmen.
Richard Woolsey und Sheppard stehen im Kontrollraum, als das Gate angewählt wird und jemand Kontakt mit Atlantis aufzunehmen versucht. Sheppard ist sichtlich überrascht als auf dem Monitor Todds Gesicht erscheint. Dieser erzählt Sheppard von seinem Versuch zu der Allianz zurückzukehren, um seine Führungsposition wieder einzunehmen. Ein Unternehmen, das misslang, denn er musste mit seinem Shuttle notlanden. Es stellt sich heraus, dass sein Shuttle von einem seiner eigenen Untergebenen angegriffen wurde. Nun möchte er, dass Sheppard ihm hilft von dem Planeten weg zu kommen.
Teyla, John, Richard und Ronon sind bei McKay, der in seinem Labor sitzt. Sheppard und Woolsey erklären, dass der Angriff auf Todd höchstwahrscheinlich mit Hilfe eines ZPM stattfand. McKay und Dex sind skeptisch. Auch Teyla denkt, dass es sich nur um einen Versuch handeln kann, Hilfe von Atlantis zu erhalten. Doch trotz aller Zweifel, entschließen sie sich Todd von dem Planeten zu retten. Wenig später sitzt er in einem Raum der Daedalus, Woolsey steht ihm gegenüber und will mehr über die Sache wissen.
Er erklärt Woolsey, dass er es schade finden würde, wenn Atlantis zerstört wird, er hätte sich mittlerweile an die Stadt gewöhnt. Und Woolsey ist klar, dass die Wraith mit einem ZPM dazu in der Lage wären. Es steht also außer Frage, dass es zwingend notwendig ist an eben dieses ZPM zu gelangen - und das geht nur mit Todds Hilfe. Der Wraith erklärt Woolsey, dass das ZPM von der zerstörten Replikatorenstadt stamme, was bedeutet, dass die Wraith das ZPM schon seit einem gutem Jahr besitzen. Doch sie brauchten Zeit um die Technologie anzupassen und sie für ihr Schiff verwendungsfähig zu machen. Später sitzt Todd in einer Arrestzelle und bekommt Besuch von Colonel Sheppard, der ihm erklärt, dass er während des Unternehmens hier in der Zelle bleiben wird, um sicher zu gehen. Bisher wurden ihre Zusammentreffen oft genug von 'Zwischenfällen' begleitet.
Nach kurzer Absprache mit Colonel Caldwell befinden sich Sheppard und sein Team in einem der Jumper. Sie finden das Hive ohne Schwierigkeiten, doch es zeigt sich, dass das Hive in der Lage ist, den Jumper trotz dessen Tarnung zu erkennen. Sie werden vom feuernden Hive getroffen, kurz darauf schwenkt die Daedalus in den Raum zwischen sie und dem Hive. Doch die Daedalus kann nur wenig ausrichten und am Ende begibt sich das Wraith-Schiff in den Hyperraum. Bei der Überprüfung der Schäden gibt es für McKay ein Wiedersehen mit Kavanagh, der als Techniker an Bord der Daedalus arbeitet. Sie entdecken ein Subraumsignal, das entstand, kurz bevor der Hive in den Hyperraum sprang. McKay meint, es handele sich um ein Signal aus einer anderen Zeitlinie, so wie damals, als sie auf der 'anderen' Daedalus waren. Nun scheint es so, als hätten die Wraith einen Weg gefunden, um in den verschiedenen Realitäten umher zu reisen. McKay gelingt es die vom Hive gespeicherten letzten Koordinaten zu entschlüsseln, was zu einer weniger erfreulichen Erkenntnis führt - das Ziel ist die Erde.
Da die Kommunikationsanlage beschädigt wurde, ist man bis zur deren Reparatur nicht in der Lage Atlantis zu informieren und ebenso das Hauptquartier auf der Erde. Auf McKays Nachfrage, welche Schiffe derzeit einsatzfähig sind, entgegnet Caldwell drei - die Sun Tzu, die Apollo und eben die Daedalus. McKay denkt das Hive müsse vor Ankunft bei der Erde den Hyperraum noch einmal verlassen und er könnte den Ort anhand der Daten bestimmten. Ein riskantes Unternehmen, aber es bleiben keine großen Alternativen.
Die Daedalus kehrt zurück nach Atlantis, wo Woolsey Sheppard und sein Team bereits erwartet. Woolsey hat eine gute und eine schlechte Nachricht, die Schlechte besteht in Form einer übermittelten Nachricht der Apollo, welche besagt, dass sie und auch die Sun Tzu wegen zu großen Schäden ausfallen, die durch ein Aufeinandertreffen mit dem Hive verursacht wurden. Somit gibt es nicht mehr viel, was zwischen dem Hive und der Erde steht. Doch McKay hat noch eine Idee, es gebe noch ein Schiff, das der Erde helfen könnte - Atlantis. Dazu benötigt man jedoch ZPMs. Sheppard hatte diesen Gedanken jedoch auch schon und ist auf dem Weg zu Todd. Er will von dem Wraith wissen, wo die anderen von ihm erwähnten ZPMs sind.
Einige Zeit später kehrt Major Lorne mit seinem Team und zwei ZPMs zurück. Während Lorne sie zu McKay bringt, unterrichtet Woolsey Sheppard, dass er nicht die Stadt fliegen wird. O'Neill wünscht ihn auf der Erde, um die dortige Waffenplattform zu bedienen. Bei seiner Ankunft im Hauptquartier erwartet ihn bereits Colonel Samantha Carter, in Vertretung für General Landry.
In Atlantis hat es McKay geschafft die ZPMs online zu bringen, sodass Dr. Beckett den Stuhl bedienen kann. Woolsey befiehlt den Aufbau der Schilde und wenige Minuten später beginnt sich Atlantis zu bewegen. Auf der Erde informiert Carter Sheppard über das Ableben von General Hammond. Sobald General Landry, Hammonds Nachfolger, zurück sei, übernehme sie das Kommando über die Phoenix - ein neues Schiff der Daedalus-Klasse.
Dann stellt sie ihm Major Davis vor, von der Heimatschutzbehörde. Man zeigt ihm eine Grafik, auf der die Erde, der Mond und ein roter Punkt zu sehen sind. Letzterer stellt das näher kommende Hive dar. Es steht ein Geschwader an F302 bereit, deren Piloten jedoch keine Erfahrung im Kampf gegen die Wraith haben. Carter merkt an, dass dies nicht der Grund ist, warum Sheppard hier sei, doch dieser meint nur, er sehe mehr Sinn darin aktiv gegen die Wraith zu kämp-fen, statt im Stuhl zu sitzen und auf ihre Ankunft zu warten. Colonel Carter stimmt ihm nach kurzem Nachdenken zu.
Teyla und Dex betreten Woolseys Büro und der Leiter von Atlantis erklärt ihnen, dass sie nun bald die Pegasus-Galaxie verlassen würden und nicht sicher seien, ob sie jemals zurückkehren. Falls einer von beiden hier bleiben möchte, wäre jetzt die letzte Möglichkeit sich zu entscheiden. Doch Teyla und Dex lehnen ab, sie hätten bis jetzt an der Seite der At-lanter gekämpft und würden es auch weiterhin tun.
Auf der Erde gibt es neue negative Nachrichten. Carter unterrichtet Sheppard, dass die Wraith mit einem Schwarm Dart-Jäger unterwegs seien, vermutlich mit Ziel auf Area 51 - wo sich auch der Stuhl befindet. Kurz darauf treten die Jäger in die Umlaufbahn der Erde ein und beginnen ihren Angriff. Die eingesetzten F302 tun ihr Bestes zur Abwehr, doch die Verluste sind hoch. Im Verlauf des Kampfes wird Sheppards Maschine getroffen und stürzt ab. Er kann nur mit Mühe den Aufschlag verhindern. Sheppard erhält die Order zur Basis zurückzukehren, nachdem die Dart-Jäger abgezogen sind, jedoch gelang es ihnen den Stuhl zu zerstören und damit die stärkste Waffe gegen sie zu vernichten. Als Sheppard darüber informiert wird, verweigert er die Rückkehr und nimmt stattdessen Kurs auf den Weltraum. Ohne den Stuhl sind die Überlebenschancen der Erde gegen Null gesunken.
Atlantis hat den Hyperraum verlassen und versucht Kontakt zum Stargate Command aufzunehmen. Sie haben jedoch keinen Erfolg und der Grund dafür ist so simpel wie erschreckend - sie sind nicht bei der Erde, sondern am Ende der Milchstraße. Wahrscheinlich war die Stadt überlastet, immerhin wurde der Antrieb für über 10.000 Jahre nicht genutzt.
Zelenka überarbeitet die Gatedaten und bekommt so doch noch Kontakt zur Erde. Doch von dort gibt es keine guten Nachrichten, sondern einen neuen Plan, der Major Lorne, McKay, Dex und Teyla kurze Zeit später mithilfe des Gates an Bord des Hive bringt. Das Unternehmen gleicht jedoch einem Himmelfahrtskommando und Dex wird schwer ver-wundet.
Mittlerweile hat Sheppard mit seiner F302 ebenfalls das Hive erreicht.
Lorne, Teyla und McKay rennen weiter, und lassen Dex zurück, der anscheinend tot ist.
Sheppard informiert über Funk das SGC von seinem Plan. Aber erst nachdem er mit seiner F302 bereits im Inneren des Hive ist.
McKay gelingt es - gerade noch - ihn zu kontaktieren und davon abzubringen, das, was immer er auch vorhat nicht auszuführen.
Der Colonel ist sichtlich verwirrt darüber, dass die drei an Bord des Hive sind und sein Plan, eine Atombombe zu zün-den, keine gute Idee ist. Er soll bleiben, wo er ist, sie würden zu ihm unterwegs sein.
Währenddessen ordnet Woolsey an, dass Dr. Keller und ihr gesamtes Team sich bereit halten sollen. Wenn sie der Erde näher kommen, würden sie medizinische Hilfe benötigen. Sofern es die Situation überhaupt noch zulassen würde.
Als das Team Sheppard erreicht, fällt diesem sofort das Fehlen von Dex auf. Teyla übermittelt ihm die schlechte Nach-richt. Doch Dex lebt, dank eines Wraith, der ihn zurück ins Leben befördert, allerdings nur, damit Dex ihm antworten liefert. Das 'Verhör' dauert jedoch nicht lange, denn Sheppard, McKay, Teyla und Lorne kehren zurück zu Dex und töten die Wraith. McKay gibt Sheppard den Zünder für die Bombe, es gibt keinen Alternative und das Schiff können sie nicht verlassen. Kurz bevor Sheppard zünden will, meldet sich Carter über Funk und diesmal mit guten Neuigkeiten - Atlantis hat das Hive erreicht und eröffnet umgehend das Feuer. Doch der Vorteil des Überraschungsmomentes verfliegt schnell. Derweil hat es Sheppards Team zurück zum Gate geschafft, werden dort jedoch in schwere Kämpfe mit den Wraith verwickelt. Es gelingt ihnen jedoch durch das Gate zu flüchten und bevor Sheppard als Letzter hindurchgeht, zündet er die in der F302 befindliche Bombe, die das Hive nach der Sprengung binnen von Sekunden zerstört. Leider befindet sich Atlantis nun aber auf direkten Weg in den Orbit der Erde - ohne ausreichende Schutzschilde. Nach Minu-ten des bangen Wartens, antwortet Atlantis jedoch endlich auf die Funkrufe des SGC.
Nachdem sich alles etwas beruhigt hat, besucht Sheppard Dex auf der Krankenstation. Er soll sich Zeit nehmen und ausruhen, ohne ZPM würden sie ohnehin eine ganze Weile nirgendwo hingehen. Dex will wissen, ob Sheppard meint, dass, wenn die ZPM wieder arbeiten und Atlantis repariert ist, man zurück in die Pegasus-Galaxie gehen würde. Der Colonel meint, er würde alles tun, damit er nach Hause käme, doch Dex schüttelt den Kopf - sein zu Hause ist hier. Dann betritt Amelia Banks den Raum und Sheppard verabschiedet sich.
Sheppard widmet sich nun Todd, der noch immer in seiner Zelle sitzt und feststellt, dass es dem Colonel gelungen ist die Erde dank seiner ZPMs zu retten. Sheppard fragt, was wohl das nächste Mal geschehen würde, worauf Todd ihn skep-tisch betrachtet und meint, ob es denn ein nächstes Mal gebe.
Am Ende stehen Woolsey, Dex mit Banks, McKay mit Dr. Keller, Sheppard und Teyla auf einem der Balkone und sehen auf die Golden Gate Bridge von San Francisco hinab - sie haben es geschafft.