Als Lt. Aiden Ford sich langsam von seinem fast tödlichen Aufeinandertreffen mit den Wraith erholt, rennt dem Team die Zeit davon, um die Stadt vor dem bevorstehenden Wraith-Großangriff zu verteidigen.
Colonel Caldwell wird mit der Daedalus geschickt, um Atlantis gegen die Belagerung der Wraith zu verteidigen. Die Hilfe kommt in letzter Sekunde. An Bord des Schiffes befindet sich ein ZPM, mit dem der Schild um die Stadt wieder aufgebaut werden kann. Auf Caldwells Kommando wird Sheppard auf die Daedalus gebeamt, da sonst der sichere Tod auf den Major gewartet hätte.
Als Atlantis für das Erste sicher ist, arbeiten Caldwell und Sheppard einen Plan aus, die weiteren, sich nähernden Kreuzer zu stoppen, doch das schlägt fehl. Die Daedalus wird schwer beschädigt und zur Evakuierung von Atlantis eingesetzt, da McKays wagemutiger Plan nicht zwangsläufig aufzugehen scheint.
Doch der Blöff, die Stadt zu vernichten, wirkt, woraufhin die Wraith abziehen und die Daedalus ab sofort dafür eingesetzt wird, zwischen Atlantis und der Erde zu pendeln, um die Stadt mit neuen Expeditionsmitgliedern und Gütern von der Erde zu versorgen. Dies missfällt Caldwell, da er darauf aus war, Sheppards Posten zu übernehmen, um Weir bei der Leitung der Stadt auf die Finger zu schauen. Doch diese vereitelt dies, in dem sie für eine Beförderung von Sheppard zum Colonel plädiert und dies auch durchsetzen kann.
Caldwell lässt dennoch nichts unversucht, in Atlantis Einfluss zu gewinnen und nutzt die Gelegenheit, als Sheppard von Elija mit der Mutation des Retro-Virus angesteckt wird und so den Dienst nicht antreten kann. Währenddessen richtet sich Caldwell in Sheppards Büro häuslich ein und arbeitet sich ein, ändert sogleich Teamzusammenstellungen und Einsatzpläne, woraufhin er sich bei Weir noch unbeliebter macht.
Dennoch unterstützt er die Atlantis-Mission weiter, wohl eher aus der Motivation heraus, Befehle zu befolgen.
Nachdem Sheppards Team auf einer Mission vermisst wird und McKay der einzige ist, der entkommen und den Atlantern über die Situation aufklären kann, startet Caldwell mit der Daedalus, um das Team zu suchen und findet sich kurz darauf in einer Schlacht mit zwei Wraith-Hives wieder, auf denen Sheppard und seine Leute gefangen gehalten werden. Er kann den Dart, mit dem das Team flieht aufnehmen und mit ihnen zurück nach Atlantis fliegen.
Agent Barrett unterrichtet das SGC davon, dass der Trust eine Bombe in Atlantis aktiviert hat, die vermutlich mit Aktivierung des Gates ausgelöst wird. Caldwell dient auf der Daedalus als Kontaktmann zwischen der Erde und Atlantis, um die Nachrichten von einem Punkt zum anderen zu bringen, bis er mit der Daedalus in Atlantis eintrifft und die Evakuierung vorbereitet.
In letzter Sekunde finden die Atlanter heraus, dass Caldwell einen Goa-Uld in sich trägt und so vom Trust manipuliert wurde, um die Überlastung des ZPMs – die sich als die „Bombe“ herrausstellt – zu verursachen.
Dank Asgard-Technologie gelingt es Hermiod und einem Ärzte-Team auf Atlantis, den Goa’Uld aus Caldwell zu entfernen.
Einige Zeit später, werden Weir und Sheppard von dem Bewusstsein zweier Fremder übernommen, die sich in Atlantis eine Jagd auf Leben und Tod leisten. Dabei kommt es zu einer Auseinandersetzung zwischen ihm und McKay, als Caldwell die Kontrolle übernimmt und die Befehle erteilt, letzten Endes gibt sich McKay aber geschlagen und hört auf die Anweisungen von Caldwell, wobei dieser sich auch die Ratschläge der anderen Team-Mitglieder anhört.
Als einige Monate die, von Sonnenstürmen ausgehenden, Strahlungen drohen das Leben auf Atlantis und dem ganzen Planeten auszulöschen, lässt Caldwell sich auf McKays und Sheppards Idee ein, die Daedalus mit einem ZPM aufzurüsten, woraufhin er sie soweit vor die Sonne fliegt, um die Feuersäule mit dem Schild aufzuhalten, wobei Caldwell und die Besatzung nur knapp dem Tod entgehen.
Die Replikatoren gewinnen immer mehr an Macht und nach einem Erstschlag gegen sie, sind sie auch dementsprechend daran interessiert die Atlanter zu vernichten. Mit dem von McKay erschaffenen Replikator FRAN soll die Stadt der Replikatoren dem Erdboden gleich gemacht werden, woraufhin nur noch die Schiffe und Truppen übrig blieben. Auch Caldwell schließt sich dem Kampfverband an, um dem Einsatzteam mit einer gigantischen Raumschlacht zwischen Replikatoren und den Menschen mit ihren Verbündeten, Zeit zu verschaffen, den Feind zu eliminieren.
Die Raumschlacht geht zu Gunsten der Atlanter und ihrer Verbündeten aus, doch Caldwell kann mit der Daedalus nicht lange untätig bleiben.
Auch Michael wird zu einer riesigen Bedrohung und als Teyla entführt wird, begleitet er die Einsatzteams auf der Suche nach der Athosianerin, dabei und auch später kommt es immer wieder zu Kampfgefechten im All, in denen Caldwell sein Geschick als Kommandant unter Beweis stellen muss.