Während Daniel und Vala in Atlantis nach Merlins Anti-Ori-Waffe suchen, arbeiten Mitchell, Carter und McKay an einem gefährlichen Plan, um die Ori-Invasion vorerst zu verlangsamen.
Nach dem Tod von Colonel Sumner, welchen er selber erschoss da es keine Rettung mehr für ihn gab als er in den Händen der Wraith war, ist er nun der führende militärische Offizier in Atlantis. Er hat sich McKay selbst ausgewählt, als es darum ein Team für Off-World Missionen zusammenzustellen. Und trotz gelegentlicher Differenzen ist der Wissenschaftler zu einem seiner engsten Freunde geworden.
Pilot in der US Luftwaffe, Mitte 30 und zuletzt stationiert auf dem Luftwaffenstützpunkt McMurdoch. Grund dafür war eine Missachtung eines direkten Befehles, während seines Einsatzes in Afghanistan. Er rettete dadurch zwei Kameraden das Leben, welche hinter feindlichen Linien festsaßen. Auch wenn er gelegentlich sehr unwissend wirkt, hat er eine große Begabung für Mathematik, was Rodney McKay begeisterte und zeitgleich aber auch Unverständniss in ihm hervorrief. Immerhin hatte Sheppard den Mensa-Test bestanden, war aber nie eingetreten. Nur die wenigstens Leute wissen wie er wirklich ist, da er nach aussen fast immer das wiederspiegelt was andere sehen wollen. Er ist Soldat und hat gelernt hinter einer Fassade zu leben, es macht vieles einfacher, aber ihn selbst auch einsamer. Auch wenn er Pilot ist, ist er in der Lage militärische Taktiken auf dem Boden durchzuführen. Eines seiner persönlichen Einzelteile war das Buch "Krieg und Frieden" - bei welchem er bislang aber nicht über die ersten Seiten hinaus kam. Ausserdem begeistert er sich für Football und hat Aufzeichnungen von Spielen mit nach Atlantis genommen.
Mit dem Eintreffen der Deadalus wurde er vom Major zum Leutnant Colonel befördert - den Rang den er inne hatte, vor den Geschehnissen in Afghanistan.
Seine anfänglich starken Differenzen zu Caldwell haben sich gelegt und er verdankt dem älteren Colonel die ein oder andere Rettung. Dennoch hat er mit einigen Erfahrungen zu kämpfen, wie das ausgesaugt werden durch einen Wraith. Diesem wurde er als Nahrung angeboten, als er sich in der Hand von Kolya befand, welcher von Atlantis Material sowie die Auslieferung des Genii-Führers Ladon forderte. Der Wraith gab ihm nach ihrer Flucht die Lebensenergie zurück, aber das Erlebnis veränderte Sheppard. Vorallem sein Blick auf die Wraith. Jenen mit dem er Gefangener von Kolya war, lies er gehen.
Als Atlantis zwei alte Raumschiffe entdeckt und deren schlafende Besatzung an Bord holt, werden er und Weir von diesen als Wirte benutzt. Daraufhin beginnen beide sich zu jagen und zu töten. Im Verlaufe dessen, wird Sheppard auch angeschossen, von McKay.
Es sollte jedoch nicht das letzte Treffen mit Kolya sein. Dieses mal kam es zu einer Art Duell, Sheppard zog schneller und Kolya fiel getroffen zu Boden. Kolya hatte damals Rache geschworen, doch bekommen hat sie Sheppard.
Ansonsten ist er offener gegenüber seinen Kollegen geworden, was seine Gefühle und seine Vergangenheit angeht. Die meiste Zeit ausserhalb der Arbeit scheint er jedoch im wesentlichen mit McKay zu verbringen. Wohl auch weil dieser nicht wie Teyla oder Weir "mehr" erfahren will oder erwartet, er ist in seiner Art mit dem zufrieden was Sheppard bereit ist zu geben und zu offenbaren. So hat er, der seine Gefühle lieber bei sich behält, seine Ruhe. Daher trifft ihn der Vertrausbruch, in Verbindung mit der Antikerwaffe, bei der McKay ein halbes Sonnenstystem zerstört, doch sehr. Als McKay später droht "aufzusteigen" und somit zu sterben, belastet ihn das sichtlich. Immerhin schafft es Sheppard am effektivsten McKay zum schweigen zu bringen oder ihm Anweisungen zu geben, ohne dafür Widerworte zu bekommen. Meistens zumindest.
In den vergangen Jahren musste Sheppard viel lernen, vorallem den Umgang mit einigen Erfahrungen. So wurde ihm, nach der Entführung durch Kolya, von einem Wraith Lebensenergie ausgesaugt, welche er später - aufgrund eines Deales mit dem Wraith - wieder bekam. Doch die Erfahrung ist sicher nicht ganz spurlos an ihm vorbei gegangen. Die Sorge, dass sein Job vielleicht nicht 100% sicher sei, hat sich jedoch mittlerweile in Luft aufgelöst. Nachdem er mehrfach gezeigt hat, dass er zu recht militärischer Leiter von Atlantis ist, steht neben Caldwell auch das SGC voll und ganz hinter ihm. In Atlantis erreichte ihn auch die Nachricht über den Tod seines Vaters, was ihn zurück zur Erde brachte. Leider musste er jedoch feststellen, dass er dort weder besonders beliebt ist, noch sich sonderlich wohl fühlt.
Joe Flanigan wurde am 05.01.1967, als Joseph Harold Dunnigan III, in Los Angeles geboren. Ab seinem sechsten Lebensjahr lebte seine Familie in Reno/Nevada auf einer Ranch. Zu dem Namen Flanigan kam er, als sein Stiefvater ihn adoptierte.
Als Teenager besuchte er ein Internat, wo er in einer Schulaufführung Stanley Kowalski in "A Streetcar Named Desire"(Endstation Sehnsucht) von Tennessee Williams spielte. Am Anschluss begann er ein Studium an der Uni von Colorado. Dort spielte er die Titelrolle “Coriolanus“ in einem Stück von William Shakespeare. Sein Hauptfach war Geschichte, welches er erfolgreich abschloss.
Während seines Studiums bekam er die Chance, einen Teil des Studiums, im Rahmen des "Junior Year Abroad Program", in Paris zu verbringen. Nachfolgend hatte er mehrere unterschiedliche Jobs, z.B. in der einer Bank und als Barkeeper. Auch schrieb er für ein Magazin, wurde dort aber entlassen.
Im Anschluss zog es ihn nach New York. Wo er Schauspiel an der Neighborhood Playhouse Akademie studierte. Ein Nachbar soll ihn dazu animiert haben. Dort spielte er den “Eddie“ in "Rabbit Trap". Dann versuchte er sein Glück in Los Angeles.
In Werbespots machte Joe erste Erfahrungen nach dem Studium der Schauspielerei und merkte, dass dieser Job ziemlich hart war und die Konkurrenz sehr groß.
Seinen ersten Job im TV bekam er 1994. Dort spielte er die Hauptrolle in der NBC-Miniserie „Family Album“, die auch für den Emmy nominiert wurde. Er hatte auch zahlreiche Gastauftritte in Serien wie z.B.: “Proviler“, “Pretender“, Für alle Fälle Amy“ und “ER“.
Die Schauspielerin und Malerin Katherine Kousi, heiratet Joe 1996. Sie haben drei Söhne bekommen: Aiden, Truman und Fergus. 2014 wurden sie geschieden.
Joe Flanigan ist Outdoor-Fan, dazu gehören Dinge wie z.B. Skifahren, Bergsteigen, Surfen, Tennis, Mountainbiking und Reiten. Seine knapp bemessene Freizeit lässt ihm aber nicht viel Zeit dazu. Sport im TV schaut er nicht so gerne.
Für die Dreharbeiten zu Stargate Atlantis, zog Joe mit seiner Familie von Malibu nach Vancouver. Nach den Dreharbeiten zogen sie wieder nach Los Angeles. Mit "Stargate Atlantis" gelang ihm der Durchbruch.
Er war auch bereits an einigen Pilotfilmen z.B. “Thought Crimes“ beteiligt, jedoch war daraus nie eine Serie geworden. In einem Interview erzählte Joe, dass er diese Befürchtungen anfangs auch bei Stargate Atlantis" hatte, was sich, wie wir ja wissen, als unbegründet herausgestellt hatte. Auch in einigen Filmen hatte er mitgewirkt, z.B. in “Sisters“ und “Farewell to Harry“.
Die Hauptrolle des Colonel Sam Synn, spielte er 2011 in dem Film “Ferocious Planet“.
Zu Stargate Atlantis lieferte er die Story zur Episode 2x12 "Offenbarung" (Epiphany), die von Brad Wright geschrieben wurde und zu 4x15 “Outcast“ (Der Ausgestoßene). Er erzählte in einem Interview, dass er dieses gerne öfter getan hätte, sowie auch Regie zu führen.
Joe besuchte als Stargast auch einige Conventions.
Eine Auswahl seiner Filme und Serien:
1994
Family Album - Rolle: Lionel Thayer
Surigical Strike (Video-Game) - Rolle: Reed
1995
Sisters (Ein Strauß Töchter) - Rolle: Brian Kohler-Voss
Das tödliche Dreieck - Rolle: Scott Cameron
A reason to Believe - Rolle: Eric Sayles
1997
Keine Frauen bitte! - Rolle: Peter Cole
Tell Me No Secret (Gegner aus Liebe) - Rolle: Adam Stiles
Murphy Brown - Rolle: Scott Hamon
1998
Man Made - Rolle: Tom Trey Palmer
Cupid (Armor – Mitten ins Herz) - Rolle: Alex DeMouy
Dawson`s Creek - Rolle: Vincent
1999
Providence - Rolle: Dr. David Marcus
The Force
Ganz normal verliebt - Rolle: Jeff Reed
2000
Sherman`s March - Rolle: Pete Sherman
Proviler - Rolle: Dr. Tom Arquette
2002
First Monday - Rolle: Julian Lodge
Farewell to Harry - Rolle: Nick Sennet
Birds of Prey - Rolle: Det. Claude Morton
Für alle Fälle Amy - Rolle: Tobin Hayes
2003
111 Gramercy Park - Rolle: Jack Philips
Thought Crimes - Rolle: Brendan Dean
Tru Calling - Rolle: Andrew Webb
2004
CSI – Miami - Rolle: Mike Sheridan
Stargate Atlantis - Major/Lt.Col. John Sheppard, bis 2009
2005
Silent Men - Rolle: Regis (Kathrine Kousi spielte die Audrey)
2006
Stargate SG1 (10x03-Das Pegasus-Prinzip) - Rolle: Lt. Col. John Sheppard
2007
Women´s Murder Club - Rolle: FBI Agent John Ash
2009
Warehouse 13- Rolle: Jeff Weaver
2011
Changes of Plans - Rolle: Jason Danville
Good Day For It - Rolle: Deputy Doug Brady
Ferocious Planet - Rolle: Colonel Sam Synn
Fringe (Grenzfälle des FBI) - Rolle: Robert Danzig
2012
Six Bulletts - Rolle: Andrew Fayden
Metal Hurland Chronicles - Rolle: Hondo
The Secret Lives of Wives - Rolle: Jared
2013
Major Crimes – Rolle: Rick Marlow
Army of Two: The Devil's Cartel (Video-Game) - Rolle: Elliot Salem
Danach ist es leider ruhig um Joe geworden.