Ein komplett neues Stargate-Team begibt sich auf eine gefährliche Mission zu einer weit entfernten Galaxie. Dort entdecken die Expeditionsmitglieder eine verlorenene mysthische Stadt, aber auch neue Feinde.
Lt. Aiden Ford ist Waffenexperte bei den Marines und wurde bereits in Antarctica stationiert, wo er mit den anderen Soldaten für die Sicherheit des Personals zuständig war.
Aufgrund der Tatsache, dass er bereits dort mit der späteren Atlantis-Expeditionsleiter Dr. Weir zusammenarbeitete, ist es auch nicht verwunderlich, dass er für die Atlantis-Expedition ausgewählt wurde. Dort dient er zunächst im Team von Colonel Sumner.
Als bei der Ankunft der Erdlinge in Atlantis die Stadt untergehen zu droht, wird er mit auf einen Planeten geschickt, den Sumners Team untersuchen soll. Allerdings fällt ihm die Aufgabe zu, das Gate zu bewachen, während der Rest des Teams Kontakt zu den Bewohnern, den Athosianern, herstellt.
Zum Glück, denn er kann sich nach einem Angriff der Wraith auf das athosianische Dorf die Gateadresse merken, durch die einige der Wraith-Jäger Erdlinge und Athosianer entführt haben.
Major Sheppard stellt ein Rettungsteam zusammen, zu dem auch Ford gehört, um Sumner, Bates und die anderen Soldaten sowie Athosianer zu retten.
Nach gelungener Rettungsmission und Colonel Sumners Tod fällt die Aufgabe der militärischen Leitung auf Atlantis Major Sheppard zu, der Ford in sein Team aufnimmt.
Aiden sieht sich auf den Außeneinsätzen vielen verschiedenen Gefahren gegenüber. Doch eine der größten Herausforderungen ist es für ihn, als die Genii die Möglichkeit nutzen, Atlantis einzunehmen, während die meisten Expeditionsmitglieder auf einen anderen Planeten evakuiert werden.
Kurz zuvor fällt dem jungen Lieutenant die Aufgabe zu, den Athosianern, die zu diesem Zeitpunkt bereits auf dem Festland siedelten, zu helfen, ebenfalls auf einen anderen Planeten zu kommen, um den Sturm zu überleben. Gemeinsam mit Teyla und Dr. Beckett gelingt ihm die Evakuierung, allerdings werden die drei aufgehalten, als es heißt, dass einige junge Jäger noch nicht zurück wären und nichts von dem nahenden Sturm ahnen.
Die Atlanter beschließen zu bleiben, bis sie die Athosianer an Bord haben, doch ist der Sturm bis dahin zu heftig, als dass sie noch nach Atlantis aufbrechen können. Deswegen müssen sie zunächst auf dem Festland ausharren, bis es ihnen das Auge des Sturms erlaubt, Major Sheppard, Dr. Weir und Dr. McKay zu helfen, die sich beide in den Händen der Genii befinden.
Kaum in Atlantis rüsten sie sich mit Waffen. Sheppard, der die Genii in der ganzen Stadt auf Trab hält, kann von Ford und den anderen in letzter Sekunde gerettet werden, nachdem zwei Genii ihn entdeckt haben.
Gemeinsam mit Sheppard und den anderen erkämpft sich Ford die Stadt zurück.
Als sich die Möglichkeit für die Expedition ergibt, für einige Augenblicke ein Wurmloch zur Erde zu etablieren, durch das sie Nachrichten an ihre Angehörigen schicken können, macht sich Aiden mit einer Kamera an die Arbeit, von allen Nachrichten aufzuzeichnen und zusammenzuschneiden. Er selbst nimmt eine Nachricht an seine Großeltern auf, bei denen er aufgewachsen war.
Seine schwerste Stunde ist es, als die Wraith nach Atlantis kommen. Die Atlanter leisten erbitterten Widerstand, doch bis die Daedalus eintrifft vergeht bereits zu viel Zeit. So schaffen es die Wraith, trotz irdischer Verstärkung durch das Stargate, in die Stadt.
Auch Aiden kämpft und führt einen Trupp Soldaten an, der hauptsächlich in den Außenbereichen der Stadt ein Vorankommen der Wraith vereitelt. Doch seinen Heldenmut muss Aiden teuer bezahlen. Gerade als ein Wraith sich an ihm nährt, explodiert in der Nähe eine Granate und schleudert ihn und den Wraith in den Ozean.
Die anderen haben die Hoffnung schon nahezu aufgegeben, als er im Ozean ausgemacht wird - lebend.
Carson Beckett findet heraus, dass der Nährprozess des Wraith durch die Explosion an dem Punkt unterbrochen wurde, an dem der Wraith sein Opfer durch ein bestimmtes Enzym stärkte. Durch dieses Enzym wird Ford stärker und konnte auch den Sturz und das Treiben im eiskalten Ozean überleben.
Beckett versucht Ford zu helfen, doch dieser ist zu verwirrt. Er denkt, dass ihn diese „Droge“ nahezu unverwundbar macht und dass er im Kampf gegen die Wraith viel mehr ausrichten kann. Da seine Freunde ihm seiner Meinung nach nicht helfen wollen und ihm seine neugewonnene Stärke wieder „wegnehmen“ wollen, entschließt sich Aiden dazu, Atlantis zu verlassen. Mit einem Puddle Jumper flieht er durch das Gate und macht sich auf die Jagd nach Wraith, von deren Enzym er nun abhängig ist, will er seine Kräfte behalten.
Sheppard gibt seinen Freund und Kollegen jedoch nicht so schnell auf und sucht weiter und weiter nach ihm. Auf einem Planeten mit hoher Sonneneinstrahlung wird ein Wissenschaftler auf einen toten Wraith aufmerksam, dem die Drüsen entnommen wurden, in denen sein Körper das Enzym produziert, welches Aiden so dringend braucht.
Sheppard und sein Team machen sich auf diesem Planeten auf die Suche nach Aiden, doch müssen bald feststellen, dass sich eine weitere Person dort befindet, die Jagd auf die Wraith macht. Der Läufer Ronon Dex nimmt Teyla und Sheppard gefangen.
Ronon Dex erzählt den Atlantern, dass er Aiden gesehen hat und dieser nicht ganz bei Verstand zu sein schien. Bis Ronon die beiden freilässt, hat Rodney McKay ihn allerdings schon gefunden bzw. Aiden hat McKay gefunden. Er versucht ihn nun davon zu überzeugen, dass er durch seine neuen Superkräfte Sheppard und Teyla befreien kann und dass mit ihm alles in Ordnung sei.
McKay seinerseits versucht Aiden dazu zu bewegen, wieder nach Atlantis zu kommen, wo man ihm helfen kann. Als die Situation zwischen den beiden eskaliert, weil Ford durch die Droge äußerst reizbar und wütend reagiert, kann Ronon gerade noch rechtzeitig einschreiten, um dem Wissenschaftler zu helfen.
Es kommt zum Kampf zwischen Ronon und Aiden, im Verlaufe dessen Aiden flieht. Sheppard nimmt die Verfolgung auf, doch bevor er vernünftig mit Aiden sprechen kann, springt dieser in den Strahl eines Jägers und lässt sich von diesem bereitwillig mitnehmen.
Aiden gibt den Kampf allerdings nicht auf. Er trifft auf einige Leute, die ebenfalls gegen die Wraith kämpfen wollen und die bereit sind, ebenfalls das Enzym zu sich zu nehmen, um stärker zu werden. Mit dieser Gruppe gelingt es ihm, Sheppard und die anderen gefangen zu nehmen.
Er versucht sie von seiner Sache zu überzeugen und zwingt das Team schließlich dazu, einen Einsatz mit ihm und seinen Leuten zu unternehmen. Sie wollen auf ein Basisschiff gelangen, um dort enormen Schaden gegen die Wraith auszurichten.
Sheppard hat keine andere Wahl, als Ford zu helfen, der zudem seinem Team das Enzym eingeflößt hat, doch geht der Plan grundsätzlich schief und sie geraten an Bord des Basisschiffs in Gefangenschaft.
Nach und nach machen sich die Entzugserscheinungen bei allen bemerkbar, die das Enzym zu sich genommen haben. In letzter Sekunde gelingt ihnen die Flucht, aber die Wraith sind ihnen schon auf der Spur. Aiden „opfert“ sich als letzter seiner Truppe, um Sheppards Team die Flucht zu ermöglichen.
Ob er überlebt hat oder nicht, ist nicht klar. Später erscheint er Sheppard in einem Traum, als dieser schwer verletzt ist und Schuldgefühle hat, weil er meint, Teyla im Stich gelassen zu haben. Aiden versucht ihm in diesem Traum einzureden, dass er Teyla ebenso im Stich gelassen hat, wie einst ihn, und dass sie ebenso verloren wäre, wie er.