Nachdem Atlantis auf einem neuen Planeten gelandet ist, machen die Bewohner der Stadt Bekanntschaft mit Meereslebewesen. Genauer gesagt mit Tintenfischen. Sie müssen feststellen, dass diese hochintelligent sind und kommunizieren können. Ebenfalls finden sie heraus, dass sie Opfer des Antiker-Wissenschaftlers Janus sind und zu ihrer Heimatwelt zurückkehren wollen.
Natürlich möchten die Lanteaner helfen und Sheppards Team reist zu ihrer Heimatwelt. Allerdings ist nicht alles so wie es scheint und schon bald droht Gefahr über, als auch unter Wasser.