Das Atlantis Team ist überrascht, als Michael an Bord eines Hive Schiffes wieder auftaucht mit einem Angebot, das die Fähigkeit der Wraith einen Krieg zu führen, deutlich schwächen würde.
Diese Wraith wird Michaels Königin, nachdem er sich von seiner Verwandlung wieder erholt hat, und erfährt von diesem auch den Standort von Atlantis.
Sie dringt in den Orbit des Planeten ein, auf dem sich Atlantis befindet, und nimmt Kontakt mit den Atlantern auf. Überraschenderweise schlägt sie eine Allianz vor.
Wegen angeblichen Machtkämpfen unter den Wraith will sie den Atlantern bei der weiteren Entwicklung des Retrovirus helfen und dieses gegen verfeindete Wraith einsetzen, um sie zu Beute zu machen. Außerdem bietet sie den Code an, den die Wraith einsetzen, um die Daedalus daran zu hindern Sprengköpfe auf Basisschiffe zu beamen, den Dr. McKay knacken könnte.
Sie geht dabei auf Weirs Bedingungen ein und gibt ihnen sogar auf Wunsch die genauen Spezifikationen eines Wraith-Basisschiffs.
Allerdings hintergeht sie ihre neuen 'Verbündeten', schleust einen Virus in Atlantis ein und gelangt so an die Koordinaten der Erde. Ronon Dex und Rodney McKay befinden sich in ihrer Gewalt, als sie Kurs zur Erde setzt, doch wird sie in ein Gefecht mit der Daedalus verwickelt.
Die Atlanter setzen das Retrovirus auf ihrem Basisschiff ein, wodurch sich alle Wraith in Menschen verwandeln, doch es hat keinen Einfluss auf die Königin, und als die Atlanter das Basisschiff betreten, erschießen sie die Königin.