Jackson erfährt, dass seine Frau nach Abydos zurückgekehrt ist, und dass sie im 9. Monat schwanger ist, von Apophis. O'Neill muss dafür sorgen, dass das SG Programm geheim bleibt und Carter erfährt, dass ihr Vater im Sterben liegt.
General Jacob Carter dient der US Air Force. Samantha Carter ist seine Tochter. Er wollte stets, dass sie sich der NASA und deren Raumfahrt-Programm widmet, vergaß dabei aber die Wünsche seiner Tochter. Deswegen verstanden sich die beiden nicht immer sonderlich gut.
Als er Samantha allerdings erklärt, dass er unheilbar an Krebs erkrankt ist, versucht sie alles in die Wege zu leiten, um sein Leben zu retten.
Jacob lässt sich schließlich darauf ein, einen Tok’ra-Symbionten in sich aufzunehmen, dessen Wirtin im Sterben liegt. Kurz bevor die Tok’ra ihren Stützpunkt vor den Goa’Uld evakuieren müssen, gelingt das Verschmelzen zwischen Carter und Selmak und der Symbiont kann ihn heilen.
Carter dient von da an als Vermittler zwischen Tok’ra und Ta’uri und spielt in vielen Missionen des SG-1-Teams eine wichtige Rolle. Oft bringt er Unterstützung in Form von Technologie mit oder aber Informationen, die im Kampf gegen die Goa’uld von äußerster Wichtigkeit sind.
So hat Carter einmal einen Giftstoff im Gepäck der nur bei Trägern von Symbionten bzw. den Symbionten selbst wirkt. Mit Hilfe eines Täuschungsmanövers schleußen sie Daniel Jackson bei einem Systemlord-Gipfeltreffen ein, um die Mission durchzuführen.
Allerdings scheitert diese aufgrund der Bekanntschaft von Daniel und Osiris.
Während der Gründung der Jaffa-Rebellion sorgen die Tok’ra, allen voran Selmak dafür, eine sichere Heimat für die Jaffa zu finden, sowie, diese zu einem Bündnis zu bewegen, was aber nicht alle als gut befinden.
Carter schlägt sein letztes Gefecht auf Dakara, im Kampf gegen die Replikatoren. Bei der Suche und dem folgenden Einsatz der Antikerwaffe gegen die Replikatoren und im Bündnis mit Baal konzentriert er sich mit Selmak auf die Rettung der Galaxis. Dies hat zur Folge, dass sich sein sterbender Symbiont nicht mehr von ihm abkapseln kann und somit auch Carters Körper vergiftet, woran Jacob Carter schließlich stirbt.