Sheppards Team musste mit Entsetzen feststellen, was aus Rodney wurde und sieht sich einer neuen Gefahr gegenüber, nun da er sich nicht nur in den Händen der Wraith befindet, sondern offensichtlich auch für sie arbeitet.
Während die Wraith Queen Death zum Schlag gegen Atlantis ausholt, versuchen Zelenka und Carter unter größtem Druck, die Sicherheitsprotokolle zu knacken, die von McKay geschrieben wurden.
Stargate: Atlantis #1 Allegiance ist der 3. Band der "Legacy"-Reihe, die die Handlung nach dem Ende der 5. Staffel fortsetzt. Auch wenn die Bücher sehr zu empfehlen sind, gilt wie bei allen anderen, dass dies nicht offizieller Canon ist. Wäre "Stargate: Atlantis" fortgesetzt worden oder würde man die Serie irgendwann fortsetzen, so würde diese Fortsetzung der "Legacy"-Reihe mit größter Wahrscheinlichkeit widersprechen.