Als eine Rettungsmission mit der Prometheus scheif läuft, findet sich Daniel alleine auf der Prometheus und muss sich einem mächtigen Gegner stellen.
Lindsey Novak wurde für das Team ausgewählt, das der Atlantis-Expedition mit der Prometheus hätte folgen sollen. Sie nimmt an, dass sie nicht Mitglied des ersten Teams war, da sie in Stresssituationen immer von einem schrecklichen Schluckauf verfolgt wird. Diesen hat sie schon seit sie ein Kind war.
Als Vala die Kontrolle über die Prometheus übernahm und das Personal auf einen flugunfähigen Alkesh beamte, nahm Novak die meisten Reperaturen vor, um das Schiff wieder funktionstüchtig zu bekommen, damit sie Vala folgen konnten.
Nachdem sie ihren Flug in die Pegasus-Galaxie wegen zu schwerwiegenden Schäden haben abbrechen müssen, bekam Novak einen Platz auf der Daedalus, die Atlantis gerade rechtzeitig erreicht, um die Wraith von der Zerstörung der Stadt abzuhalten.
Danach begleitet sie immer die Routineflüge zwischen der Erde und Atlantis. Bei dem Zwischenfall mit dem Spion auf Atlantis wird sie ebenfalls von Dr. Weir verhört, allerdings ziemlich schnell als Verdächtige ausgeschlossen.