Bei Exile handelt es sich um den zweiten Teil der Apocalypse-Reihe und setzt genau nach den Ereignissen aus Hostile Ground an.
Colonel O'Neill und sein Team suchen noch immer einen Weg nach Hause. Als sie sich mit der neuen Situation abfinden, müssen sie feststellen, dass sich das Team gespalten hat. Bei einer Rettungsmission für ihre neuen Alliierten, muss O'Neill eine Entscheidung treffen, welche die Zukunft seines Teams gefährdet.