Ein Team aus internationalen Forschern und Militärs hat das sagenumwobene Atlantis gefunden. Doch die Stadt befindet sich in einer von der Erde unermesslich weit entfernten Galaxie. Dort stoßen sie auf technische Wunderwerke, primitive menschliche Zivilisationen, neue Verbündete – aber auch auf einen neuen, schrecklichen Feind, der zur größten Bedrohung der Menschheit überhaupt werden könnte, wenn er nicht aufgehalten wird...
Das Grundrezept ist aus "Stargate" bekannt: Ein System von Sternentoren, das sekundenschnelle Reisen zwischen einer Unzahl von Planeten ermöglicht, die Lichtjahre voneinander entfernt liegen, lässt die Serienhelden auf immer wieder neue, exotische und geheimnisvolle Kulturen von Außerirdischen treffen. Das Spin-Off hat jedoch einen völlig eigenen Look, fantastische Storys und ein überzeugendes neues Team. Zunächst sieht es so aus, als ob das Atlantis-Team ein "One-Way-Ticket" gelöst hätte, denn ihre Energievorräte reichten nicht aus, um auf die Erde zurückzukehren. In der Stunde der größten Not erreichte sie aber in letzter Minute das intergalaktische Schlachtschiff "Daedalus" und mit ihm die dringend benötigte Verstärkung von ihrem Heimatplaneten.
Die zweite Staffel endete mit einem fragwürdigen Bündnis des Atlantis-Teams mit abtrünnigen Wraith, das sich nur zu bald als eine bittere Falle herausstellen sollte, die sie nahezu schachmatt setzt. Ronon und Dr. McKay sind in Kokons gefangen und ein riesiges Basisschiff der Wraith hat Kurs auf die Erde genommen. Noch nie war die Gefahr größer, dass die vampirähnlichen Aliens auf der Erde einfallen und den Blauen Planeten als neuen Weidegrund nutzen.
Gleich zu Beginn der dritten Staffel geht es in der Auflösung des Cliffhangers handfest zur Sache, denn der Rest des Teams muss nun alles geben, um die Wraith-Invasion aufzuhalten. Auch Ronon und McKay können sich befreien und planen einen rettenden Sabotageakt, der zwar die Erde retten könnte, aber auch ihren sicheren Tod bedeutet...
Und auch sonst dürfen die Zuschauer einiges erwarten: Das Atlantis-Team wird auf der Suche nach weiteren Handelspartnern und Verbündeten auf eine Zivilisation stoßen, die scheinbar freundlich gesinnt ist, aber finstere Pläne hat. In einer spektakulären, actiongeladenen Episode erfahren wir mehr über die Vorgeschichte von Ronon – und Richard Dean Anderson (Maj. Gen. Jack O'Neill) wird einen Gastauftritt haben.