Es handelt sich hierbei um "The Shrine", "Whispers", "The Queen" und "Tracker", welche in den nächsten Wochen – mit Ausnahme des 29. August (Labor Day) – gesendet werden.
Als Colonel Sheppard und sein Team nach einem verloren gegangenen Forschungsteam sehen wollen, finden sich nach dem Durchschreiten des Stargates plötzlich schwimmend oberhalb eines überfluteten Dorfes wieder. Nur des Apex des Gates liegt noch nicht unter Wasser und so müssen sie auf diesem – frierend und nass bis auf die Knochen – ausharren, bevor sie mit einem Puddle Jumper gerettet werden können.
Doch auf dem Rückflug nach Atlantis wird McKay unerklärlicherweise krank. Und in den darauffolgenden Tagen verschlechtert sich sein Zustand zusehends. Dr. Keller entdeckt einen parasitären Organismus, der sich in seinem Gehirn eingenistet hat und der nicht durch eine Operation zu entfernen ist. Als Folge hieraus verliert Dr. McKay all seine Erinnerungen daran, wer er ist und zu was er fähig ist. Schon bald haben sich seine Emotionen und Erinnerungen auf das Niveau eines Kindes zurückentwickelt. Da sie befürchten, dass er es nicht überstehen wird, ruft das Team McKays Schwester Jeannie, damit sie ihrem Bruder ein letztes Lebewohl sagen kann.
Doch es ist zu spät. McKay erkennt weder sie noch seine Freunde mehr. Allerdings hat Ronon einen, wenn auch sehr riskanten Plan. Er erzählt Jeannie von einer heiligen Stätte auf dem Planeten Talus, die es Rodney ermöglichen soll, noch einen Tag er selbst zu sein, bevor er stirbt.
Dr. Beckett wird gebeten, seine Abreise von Atlantis zu verschieben, als man erfährt, dass Major Teldy und ihr Außenteam über eines von Michaels Laboratorien, in einer riesigen unterirdischen Anlage gestolpert sind.
Zusammen mit Colonel Sheppard bricht er auf, um sich dem Team von Major Teldy anzuschließen. Dort angekommen entdecken sie, dass das verlassene Labor eine große Anzahl von Stasiskammern enthält. Während Dr. Beckett und Dr. Porter dort bleiben, um die Forschungsdaten, die Michael zurückgelassen hat, zu sichten, begeben sich Sheppard und Major Teldy in ein nahe gelegenes Dorf, um dieses auszukundschaften.
Beckett und Porter kommen zu dem Schluss, dass Michael mit den genetischen Charakteristika verschiedener Lebensformen experimentiert hat. In der Zwischenzeit erreichen Sheppard und Teldys Team das Dorf, das offenbar verlassen ist. Doch beklemmende Nebelbänke mit plötzlichen Bewegungen darin, lassen vermuten, dass sie nicht alleine sind.
Dr. Keller und das Atlantis-Team treffen sich mit Todd, dem Wraith, um ihm einen überraschenden Vorschlag zu machen. Aufgrund der Studien, die Keller mit Michaels Forschungsdaten durchführen konnte, glaubt sie einen Weg gefunden zu haben, um die Wraith von ihrem Bedürfnis, sich an Menschen nähren zu müssen, "heilen" zu können. Alles, was sie nun braucht, sind ein paar Wraith, die sich als Testobjekt für diese bahnbrechende Behandlung zur Verfügung stellen.
Todd ist sehr angetan, doch er besteht darauf, dass sie sich zuerst die Unterstützung der obersten Queen der Allianz sichern müssten. Aber um dies zu tun, muss Teyla undercover mit ihm gehen, wobei sie auf nichts anderes als ihre Wraith-DNA und einem Alliierten mit einer geheimen Agenda vertrauen kann.
Ronon und McKay – beide nichts von den Absichten des anderen ahnend – erklären sich bereit, Dr. Keller bei einer medizinischen Nachfolgeuntersuchung auf einem anderen Planeten zu assistieren. Doch in der Siedlung angekommen, fordert ein ängstliches Kind Keller auf, die beiden Männer in die Taverne des Dorfes zu schicken, während sie die Untersuchung zu Ende führt.
Als die beiden später zurückkehren, müssen sie überraschend erfahren, dass Keller schon vor einiger Zeit gegangen ist. Auch eine ausgedehnte Suche im Dorf erbringt keinen Hinweis auf Keller. Doch als Ronon ein paar Fußabdrücke im Staub direkt hinter dem Dorf findet, bestätigt sich sein Verdacht, dass Keller entführt worden ist.
Ronon verliert keine Zeit, dem Entführer zu folgen, während McKay zurück zum Gate geht, um Verstärkung anzufordern. Doch in dem Moment, als er das DHD erreicht, treten vier Jäger-Wraith aus dem Stargate und schwärmen in verschiedene Richtungen aus. Ronon, der genau weiß, dass diese Wraith existieren, um Runner zu jagen, vermutet einen Zusammenhang mit Kellers Verschwinden. Und er weiß, dass er nun auf seine ungewöhnlichen Fähigkeiten aus seiner Zeit als Runner zurückgreifen muss, um Keller zu retten.