Eine alte Bruderschaft überlässt dem SGA-Team ein Gerät, mit dem es die Herrschaft der Wraith über die Pegasus-Galaxie beenden kann. Ein Angebot, das das Team nicht ausschlagen kann.
Aber die Technologie funktioniert nicht wie geplant. Beim Einsatz kommt es zur Katastrophe und jedes Mitglied des Teams rund um Elizabeth Weir und John Sheppard findet sich plötzlich in einer gänzlich anderen Realität von Atlantis wieder vor - und muss um sein eigenes Überleben kämpfen, sowie versuchen, den Weg zurück in die eigentliche Realität zu finden.