Ein komplett neues Stargate-Team begibt sich auf eine gefährliche Mission zu einer weit entfernten Galaxie. Dort entdecken die Expeditionsmitglieder eine verlorenene mysthische Stadt, aber auch neue Feinde.
Bates ist schon Mitglied des ursprünglichen Teams und wagt als einer der ersten den Schritt in die Pegasus-Galaxie. Als sich ein Trupp aufmacht, um entweder ein ZPM oder eine vorübergehende Bleibe für das Expeditionsteam zu finden, da der Schild der Stadt am Zusammenbrechen ist, begleitet er diesen und gerät schließlich in das Feuergefecht mit den angreifenden Wraith. Gerade als er noch einen der feindlichen Jäger abgeschossen hat, wird er von einem der Beam-Strähle erwischt und mit auf das Wraith-Hive genommen, aus dem er nur dank Major Sheppard, Lieutenant Ford und einem kleinen Stoßtrupp Soldaten kommt.
Auf Atlantis wird er dann zum Sicherheitschef ernannt und kümmert sich darum mehr als nur gut. So bezichtigt er die Athosianer mehr als nur einmal des Verrats an die Wraith. Vorallem mit Teyla hat er so seine Probleme, wegen ihrer Fähigkeit mit den Wraith Kontakt aufzunehmen.
Wenn es um Befehle geht, setzt er die von Major Sheppard höher, als Dr. Weirs. Deutlich wird das, als die Stadt von dem Nanovirus befallen ist.
Sein Aufenthalt in der Stadt der Antiker nimmt jedoch ein abruptes Ende, als er Opfer des in Atlantis eingedrungenen Wraith wird. Diesen Angriff hat er zwar überlebt, doch wird er mit ernsten Verletzungen auf die Erde zurückgeschickt.
Von seinen Verletzungen genesen wurde er ehrenhaft entlassen, nur um kurz danach durch die IOA zu einem Teil einer neu gegründeten Einheit zur Abwehr von Gefahren auf der Erde gemacht zu werden. In dieser Position unterstützte er Sheppard und Ronon bei deren Jagd nach einem entflohenen Replikator.