Mehrere Bewohner von Atlantis sind mit einem tödlichen Nanovirus infiziert, welches eine Abschottung der Stadt nach sich zieht.
Peterson kam als Wissenschaftler mit dem ersten Trupp der Expedition mit nach Atlantis. Er ist Experte für die Antiker-Technologie und weiß darüber nahezu so viel wie Rodney McKay.
Er gehört zu McKays und Zelenkas Team, welches die unteren Ebenen, die nach dem Sturm schwer beschädigt worden waren, untersucht.
Als Johnson und Wagner sterben und McKay und Zelenka die Sektion unter Quarantäne stellen, bekommt Peterson Panik. Er setzt sich bald von den anderen ab und versucht zurück in die nicht gesperrten Bereich von Atlantis zu gelangen.
Dabei erkrankt er zum Schluss selbst und leidet unter Halluzinationen, die ihn immer weiter ins Stadtinnere treiben.
Als Sheppard und Teyla losziehen, um nach Peterson zu suchen, kommt diesem die teilweise Aufhebung der automatischen Abriegelung der Stadt gerade gelegen. Allerdings entkommt er einer Begegnung mit Sheppard und Teyla nicht. Sheppard schießt auf Peterson, als dieser versucht zu fliehen. Doch Peterson rettet sich schwer verletzt in den Aufzug und transportiert sich so direkt in die Kantine. Dort infiziert er die Leute, die sich zu diesem Zeitpunkt dort aufhalten, und erliegt kurz darauf dem Virus und den Verletzungen.