Mehrere Bewohner von Atlantis sind mit einem tödlichen Nanovirus infiziert, welches eine Abschottung der Stadt nach sich zieht.
Hays gehört dem Trupp an, der mit McKay und Zelenka die unteren Ebenen von Atlantis erkundet, die nach dem Sturm stark beschädigt worden sind.
Nach einigen Stunden hören sie einen Funkspruch von Johnson und Wagner, die im Wahn nach Hilfe schreien. Hays und die anderen kommen zu spät. Die beiden sterben – und keiner weiß woran.
McKay und Zelenka stellen die unteren Ebenen unter Quarantäne und lassen das gesamte Wissenschaftler-Team an dem Problem arbeiten. Aiden Ford stößt auf ein geheimes Antikerlabor, in dem auch Hays versucht herauszufinden, was diese Seuche ausgelöst hatte.
Da Hays einer der ersten war, die mit Johnson und Wagner in Kontakt gekommen waren, beginnt auch er bald Halluzinationen zu sehen und stirbt kurz darauf. Beckett und seine Leute versuchen ihn wiederzubeleben, doch sie haben keine Chance.