Der Krieg gegen die Wraith Queen Death tobt und Sheppards Team steht finsteren Zeiten gegenüber. Teyla hält ihre Tarnung als Wraith Queen Steelflower aufrecht, um weiter an einem Bündnis mit Todd / The Guide zu arbeiten.
Mit seiner Hilfe soll es ihr gelingen, die Ursprünge der Wraith zu erforschen und ebenso den Schlüssel dazu zu finden, die Queen Death zu vernichten. Während Teyla diese Schlacht zu schlagen hat, muss Rodney eine ganz andere schlagen, um überleben zu können.
Stargate: Atlantis #20 Secrets ist der 5. Band der "Legacy"-Reihe, die die Handlung nach dem Ende der 5. Staffel fortsetzt. Auch wenn die Bücher sehr zu empfehlen sind, gilt wie bei allen anderen, dass dies nicht offizieller Canon ist. Wäre "Stargate: Atlantis" fortgesetzt worden oder würde man die Serie irgendwann fortsetzen, so würde diese Fortsetzung der "Legacy"-Reihe mit größter Wahrscheinlichkeit widersprechen.