Nach einem direkten Konflikt mit Michael sind viele der Expeditionsmitglieder gefangen. Col. Carter startet eine Rettungsmission und trifft dabei auf unerwartete Schwierigkeiten.
Captain Alicia Vega stößt im 5. Jahr zur Atlantis-Expedition. Bereits kurz nach ihrer Ankunft wird sie in die dortigen Ereignisse mit reingezogen. Sie begleitet Carter und einen Rettungstrupp, als Sheppards Team in Michaels Falle tappt und unter den Trümmern eines Gebäudes auf einem anderen Planeten verschüttet wird.
Dem Team gelingt es schnell Kontakt zu McKay und Lorne herzustellen. Der Wissenschaftler klärt Vega und Carter darüber auf, dass Michael vermutlich schon auf dem Weg ist. Vega denkt, es ist möglich die beiden innerhalb einer Stunde dort rauszuholen, was sie auch in die Tat umsetzen, allerdings gelingt es ihnen nicht, Sheppard und Ronon zu befreien, ehe Michael eintrifft, da sie viel weiter unten liegen.
Vega muss sich schließlich mit den anderen in den Puddle Jumper zurückziehen. Schlussendlich gelingt es ihnen die beiden unter den Trümmern herauszubeamen.
Einige Zeit später gehört Vega zu Major Teldys Team. Das Team, welches nur aus Frauen besteht, wird zu einem Planeten entsandt, um diesen zu untersuchen. Dort finden sie eines von Michaels Laboren, weshalb sie Sheppard und Beckett auf den Planeten beordern.
Sie stoßen auf einen Dorfbewohner, der sie davor warnt, des nachts im Wald unterwegs zu sein und bald müssen sie herausfinden, dass Michael unkontrollierbare Hybriden geschaffen hat, die dort nun ihr Unwesen treiben.
Während die Porter, Beckett und Mehra im Labor bleiben, erkunden Sheppard, Teldy und Vega das Dorf, doch schaffen sie es vor Einbruch der Dunkelheit nicht zurück zu den anderen. Ohne Vorwarnung wird Vega von einem der Wesen erwischt und getötet. Sheppard und Teldy können nichts mehr für sie tun.