Ein komplett neues Stargate-Team begibt sich auf eine gefährliche Mission zu einer weit entfernten Galaxie. Dort entdecken die Expeditionsmitglieder eine verlorenene mysthische Stadt, aber auch neue Feinde.
Simon Wallace ist Arzt und der Lebensgefährte von Dr. Weir. Diese lässt ihn auf der Erde zurück, als sie mit der Atlantis-Expedition in die Pegasus-Galaxie aufbricht.
Als sie nach einem Jahr wieder Kontakt zur Erde herstellen können und Weir für kurze Zeit auf die Erde zurückkehrt, will sie Simon dazu überreden, mit ihr mitzukommen, doch da gesteht er ihr, sich in eine andere Frau verliebt zu haben, weshalb er trotz des Angebotes und der Auswahl Dr. Becketts in dessen Team ablehnt, sich der Expedition anzuschließen.