Bei einer Untersuchung des Meeresboden, unterhalb von Atlantis, wird ein unbekanntes Gerät entdeckt. Sheppard begleitet währenddessen zwei Wissenschaftler auf das Festland, ein harmloser Auftrag der ihn auch bald anfängt zu langweilen. Doch bald soll sich dies schlagartig ändern, während McKay mit Zelenka an dem Gerät forscht und Woolsey die Bekanntschaft der schönen aber unbekannten Dr. Vanessa Conrad macht, befindet sich Sheppard plötzlich alleine wieder und als Gefangener der Genii...