SG-1 muss mit dem neuen Leiter des SGC zurechtkommen, nachdem General Hammond sein Amt niedergelegt hat. Aber O'Neill entdeckt, dass etwas mit der Entscheidung des Generals nicht stimmt.
Major General Bauer ist kurzzeitig Leiter des SGC, als sich Hammond - vom NID gezwungen - im Ruhestand befindet. Dabei macht er von vorne herein deutlich, dass er diese Position nicht so locker angehen wird, wie es vor ihm General Hammond getan hat, und in der Einrichtung Disziplin an oberster Stelle stehen wird.
Eine seiner ersten Taten im SGC ist, die Teams umzustellen, allen voran SG-1. Außerdem befiehlt er einen Waffentest auf einem Planeten, von dem nicht sichergestellt wurde, dass er komplett unbewohnt ist.
Da es sich dabei um eine Naquadah-Atombombe handelt und im Gestein des Planeten ebenfalls Spuren von Naquadah nachgewiesen wurden, warnt ihn Carter davor den Test durchzuführen und erst noch weitere Tests zu machen. Jedoch möchte Bauer schnellstmöglich Ergebnisse und Waffen für den Kampf gegen die Goa’uld.
Er zieht sein Vorhaben durch, wobei es fast zur Zerstörung des SGC kommt. Erst jetzt sieht er seinen Fehler ein und dank Jack O’Neill übernimmt General Hammond wieder die Leitung des SGC und Bauer verschwindet von der Bildfläche.