1. Teyla und die Athosianer:
Die Athosianer und deren Anführerin Teyla Emmagan sind das erste Volk und die ersten Verbündeten der Atlantis-Expedition nach deren Ankunft in der Pegasus-Galaxie. In der Pilotfolge „Rising“ („Aufbruch in eine neue Welt“) werden sie von Sheppard zunächst nach Atlantis evakuiert und Teyla wird Teil seines Teams, womit die Athosianer durch die gesamte Serie hindurch präsent sind.Spannungen kommen zwischen den Verbündeten auf, als man die Gruppe angesichts anhaltender Konfrontationen mit den Wraith der Spionage verdächtigt, doch kann dieser Konflikt gelöst werden, indem die Athosianer auf das neu entdeckte Festland übersiedeln. Sie unterstützen die Expedition im Finale der ersten Season auch bei der Verteidigung der Stadt gegen die Wraith.
Erneut geraten die Athosianer in der vierten Staffel in den Fokus, als Teil des Handlungsbogens um Michael, der die Episoden „Missing“ („Verschollen“), „The Seer“ („Der Seher“) und den Zweiteiler „The Kindred“ („Verwandte“) umfasst. Nachdem Atlantis nach dem Replikatoren-Angriff auf einem neuen Planeten stationiert werden musste, siedeln auch sie um und gründen eine Niederlassung auf Neu-Athos. Dort verschwindet das friedliche Volk jedoch spurlos, darunter auch Kanaan, ein Vertrauter Teylas, von dem sie ein Kind erwartet ¬– auf diese Weise hatten die Autoren auch die tatsächliche Schwangerschaft der Darstellerin Rachel Luttrell in den Serienverlauf eingebunden.
Auf der Suche nach ihrem Volk wird auch Teyla selbst entführt. Es stellt sich heraus, dass Michael, auf dessen Handlungsbogen wir noch gesondert eingehen, für all dies verantwortlich ist und mithilfe von Teyla und ihrem Sohn, den sie Torren nennen wird, seine Hybriden-Forschung zum Abschluss bringen will.
2. Die Genii, Acastus Kolya und John Sheppard:
Die Genii, ein insgeheim technologisch fortgeschrittenes Volk, das sich an der Oberfläche als vorindustrielle Gemeinschaft tarnt und plant, die Wraith mit Atomwaffen zu bekämpfen, werden bereits in der ersten Staffel mit der Episode „Underground“ („Im Untergrund“) eingeführt. Aus den anfänglichen Partnern werden nach einer fehlgeschlagenen gemeinsamen Mission auf einem Wraith-Basisschiff schnell erbitterte Feinde: So versuchen die Genii im Zweiteiler „The Storm“/“The Eye“ („Der Sturm“/„Das Auge“), Atlantis zu übernehmen, während die Stadt von einem Jahrhundertsturm bedroht wird und nahezu vollständig evakuiert ist. Kommandant Acastus Kolya (verkörpert von Robert Davi), der diesen Angriff anführt, und John Sheppard werden zu Todfeinden.
Die Genii spielen auch im Finale der ersten Staffel eine Rolle und liefern Atomwaffen zum Kampf gegen die Wraith-Belagerung von Atlantis, nachdem es Dr. Elizabeth Weir gelungen war, sie von diesem Plan zu überzeugen.
Nach der Episode „Coup D’etat“ der zweiten Staffel, in der Ladon Radim, einst ein Gefolgsmann Kolyas, am Ende einer für die Atlantis-Expedition bis zuletzt undurchsichtigen Aktion die Führung der Genii auslöscht und zu deren Anführer wird, sind sie offiziell Verbündete. Allerdings tauchen Genii im weiteren Verlauf der Serie immer wieder als Störenfriede auf.
Der zentrale Konflikt zwischen Kolya und Sheppard wird in der dritten Staffel erneut aufgegriffen und bestimmt die Folgen „Common Ground“ („Ein ungewöhnlicher Verbündeter“) und „Irresponsible“ („Kolyas Ende“). In „Common Ground“ entführt Kolya, inzwischen Anführer einer Gruppe abtrünniger Genii, Sheppard und fordert die Auslieferung von Ladon Radim. Entsetzt muss das Team mit ansehen, wie Sheppard gefoltert wird, indem sich ein Wraith Stück für Stück an ihm nährt. Gemeinsam gelingt es den beiden Gefangenen jedoch, zu entkommen, womit zugleich der Grundstein für den Handlungsbogen um Todd gelegt wird.
„Irresponsible“ schließlich zeigt das finale Duell zwischen Sheppard und Kolya, das ersterer für sich entscheidet; zwar taucht Kolya noch einmal in der Episode „Remnants“ („Überreste“) der fünften Staffel auf, doch ist dies nur eine Halluzination, hervorgerufen durch das Volk der Sekari, die das inzwischen auf einem anderen Planeten stationierte Atlantis um Hilfe beim Wiederaufbau ihrer Zivilisation bitten.
3. Der Angriff der Wraith auf Atlantis:
Der erste Wraith-Angriff auf die Verlorene Stadt seit dem Krieg mit den Antikern 10.000 Jahre zuvor zieht sich als roter Faden vor allem durch die zweite Hälfte der ersten Season. Der Grundstein hierfür wird bereits im Serien-Piloten „Rising“ („Aufbruch in eine neue Welt“) gelegt, als der weibliche Wraith-Keeper beim Verhör von Colonel Sumner von der Existenz der Erde erfährt. Da die Wraith durch die Intervention des Teams frühzeitig aus ihrem Winterschlaf erwachten, sind sie auf der verzweifelten Suche nach neuen Weidegründen und wollen über die Atlantis-Basis zur Erde gelangen. Insbesondere die Episoden „The Brotherhood“ („Bruderschaft“), in der Sheppards Team durch die Gemeinschaft der Quindecim daran gehindert wird, ein ZPM nach Atlantis zu bringen, „Letters from Pegasus“ („Nachrichten aus der Pegasus-Galaxie“), in der eine Nachricht an das Stargate-Kommando durch das Gate gesandt wird und die Video-Botschaften der einzelnen Charaktere persönliche Einblicke gewähren, „The Gift“ („Die Gabe“), in der Teylas Fähigkeit, Wraith zu spüren, erklärt wird, und schließlich die Cliffhanger-Folgen „The Siege“ („Die Belagerung“), die zugleich den Übergang zur zweiten Staffel bilden, sind durch diesen Handlungsstrang verbunden.
Der zweite Teil dieser Artikelreihe wird den Handlungsbögen um Lt. Aiden Ford und Michael gewidmet sein.
