Sheppard und sein Team kehren wohlbehalten nach Atlantis zurück, ebenso Weir, welche kurzzeitig zur Erde beordert wurde. Sie kehrt in Begleitung des IOA-Agenten Richard Woolsey zurück, welcher beauftragt ist, die Situation in Atlantis genauer zu beurteilen. Doch das größere Problem für Atlantis sollte eine Wraithkolonie und ein dort gefangener Dr.Beckett darstellen.