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Puma
zu 1) Nein, ich glaube nicht. Er hat zwar die gesamte Pegasusgalaxie erobert, aber kam nicht zur Milchstraße. Weiß er überhaupt die Position der Erde?
zu 2) Es wurde nicht erwähnt, ob es sich ausbreitete, aber so ansteckend war es dann doch nicht. Keller war ja bei der Behandlung mit den Menschen in engerem Kontakt und nachdem bei ihr der Virus festgestellt wurde, ist sie ja auch schnell in SGC gekommen. Über die Ansteckungswege ist aber mWn wenig bekannt.
zu 3) Die Menschen haben sich in Atlantis verbarrikadiert, da der IOA Atlantis auf Defensive ausrichtete. Da waren sie wahrscheinlich in der gleichen Situation wie damals die Antiker im Krieg mit den Wraith und sahen nach einigen Jahren anscheinend keinen anderen Weg mehr, als die Stadt zu verlassen.
Außerdem ist überhaupt nicht sicher, ob es die Menschheit zu diesem Zeitpunkt noch gab; 48000 Jahre sind eine sehr lange Zeit.