Die Pilotfolge der Serie ist ein Zweiteiler, wobei der erste Teil ca. 40.000 Jahre vor unserer Zeit beginnt - einige 1.000 Jahre, nachdem das erste Stargate in der Antarktis aufgestellt wurde. Der Anfang spielt in einer Zeit, in der es ein große Naturkatastrophe auf der Erde gab, nach der fast das gesamte Leben auf der Erde vernichtet wurde bis auf wenige Oasen. In einer dieser Oasen errichteten Aufgestiegene einen Außenposten.
37.000 Jahre später trifft sich Jesus mit seinen Jüngern zu einem Abendmahl. Einer seiner Jünger durchschaut, wer Jesus wirklich ist. Daraufhin beweist Jesus ihm seine Fähigkeiten. Er gibt ihm einen Auftrag und erhält im Gegenzug Hilfe beim Aufstieg.
Im Dritten Kapitel, das endlich in der heutigen Zeit spielt handelt es sich darum, daß Daniel mit einer Gruppe von Wissenschaftlern eine kürzlich ausgegrabene Schriftrolle übersetzt hat, bei der auch Wissenschaftler des Vatikans mit beteiligt waren. Dabei geht es um die zuvor dargestellte Jesus-Geschichte. Der Vatikan ist in dieser Serie nicht nur bestens über das Stargate-Programm informiert, sondern unterstützt es seit Jahren auch finanziell, da die Arbeit der SG-Teams für die Kirche von hoher Bedeutung ist, um die schwierigen Aussagen antiker Schriften interpretierbar machen zu können.
In Rom nehmen Wissenschaftler des Vatikans mit Hilfe von Missionsberichten ihre eigene Erörterung vor. Unter den Anwesenden befindet sich auch ein Mitglied des radikalen Lukanier-Ordens, von dem sich die Kirche eher distanziert. Dieses ist der Auffassung, daß es im gesamten Universum keinen anderen Gott als den christlichen geben darf und fordert eine Missionierung sämtlicher bewohnten Planeten. Nach einer heftigen Diskussion stellt er jedoch fest, daß die Kirche dies nicht unterstützen möchte.
Plötzlich verschwinden eine Vielzahl von z.T. geheimen und unerforschten Artefakten des Vatikans auf mysteriöse Weise. Die SG-Teams berichten kurze Zeit später, daß einige ehemalige Ori-Planeten plötzlich christlich missioniert sind, wobei die Religion ganz im Ori-Charakter praktiziert wird. Dann taucht Aufgestiegener im Stargate-Zentrum auf, der wieder eine menschliche Form angenommen hat und sagt, daß man ihn als Jesus Christus kennen würde. Er erzählt, daß es die Mitglieder des Lukanier-Ordens auszunutzen wussten, daß die Ori getötet wurden und es verstanden haben, deren Platz im Reich der Aufgestiegenen einzunehmen. Was diese damit tun wäre eine Katastrophe, die nicht nur das uns bekannte Universum betrifft. Der einzige Ausweg wäre eine Suche nach dem Heiligen Gral - nicht Merlins Wunderwaffe, der in einem Land namens Aragon zu finden ist. Jesus wird auf Atlantis in eine Stasis-Kammer gebracht, da er als Mensch sein Wissen als Aufgestiegener nicht ewig behalten kann.
Im zweiten Teil muß sich Daniel damit befassen, warum der heilige Gral in Nordspanien (Aragon) verborgen sein soll. Nach einer Analyse von Dokumentationen über die frühen Christen stellt er fest, daß diese beauftragt wurden, den heiligen Gral an einen mythischen Ort zu bringen, der Gral selbst nach kriegerischen Auseinandersetzungen heute in der Kathedrale von Valencia steht, wobei der Gral selbst an sich jedoch bedeutungslos ist und nur ein Vorwand war, um die Beauftragten zu einem geheimen Ort zu schicken - dem Außenposten, der vor 40.000 Jahren errichtet wurde. Dieser befinder sich in San Juan de la Peña, der von SG-1 begutachtet werden soll.
SG-1 landet am Flughafen Bilbao und soll dort von einem spanischen Universitätsprofessor für Geschichte erwartet werden. Nach der Ankunft wird SG-1 von baskischen Demonstranten belästigt, wobei Teal'C dann doch ein Flugblatt einsteckt. Nach einer Fahrt nach San Juan de la Peña, einem Weiler in den Pyrenäen, suchen sie eine in eine Felswand gebaute Kapelle auf, die den mysteriösen Ort darstellen soll. Dort ist es verstaubt, dunkel und alles erinnert nur an eine herkömmliche Kapelle. Carter entdeckt eine Zeichnung an der Wand, wie SG-1 sie auf Abydos schon einmal entdeckt hat. Gebündelte Sonnenstrahlen sollen die Türe zu einem geheimen Raum öffnen. Dies geschieht wieder durch den Einsatz eines Laserpointers.
In einem kleinen Raum befindet sich ein großes quadratisches Gerät. An der Wand Hinweise in Antikerschrift. Daniel befindet sich noch draußen und redet mit dem Professor. Carter und Teal'c begutachten das Gerät und verstehen weder, was dies sein soll, noch wie man es aktiviert. Sie denken sich, daß eine Übersetzung der Wandinschriften hilfreich sein könnte. Nachdem Daniel nach wiederholten Aufforderungen endlich zum Übersetzen kommt, stellt dieser fest, daß es sich zwar um die Schrift der Antiker handelt, aber nicht um die Sprache. Er würde kein Wort verstehen und hätte so etwas noch nie gehört. Er könne erkennen, daß es sich um eine Ergativsprache handelt, was für das Antikische nicht zutreffen würde. Er liest ein paar Sätze vor. Als er zur gegenüberliegenden Wand laufen möchte und dem Gerät zu nahe kommt, löst sich Daniel plötzlich auf und es ist nur noch ein durchsichtiger dreidimensionaler Schatten zu sehen. Carter analysiert das Gerät mit einem Techniker weiter; sie verstehen aber diese Technologie nicht ansatzweise. Teal'C fällt der Flyer aus der Tasche. Als er ihn aufhebt betrachtet er den baskischen Text. Er sagt, daß er keinen unqualifizierten Kommentar abgeben möchte, aber die Sprache auf dem Flyer würde ähnlich klingen wie das, was Daniel vorgelesen hat. Dank diesem Hinweis kann der Geschichtsprofessor das Rätsel dann lösen. Die Inschriften sind in der vaskonischen Sprache geschrieben, einer Urform des Baskischen. Die Vermutung, daß das Vaskonische eine Ursprache des gesamten europäischen Kontinentes sei und diese Sprache schon seit mehr als 10.000 Jahren von den übrigen Sprachen isoliert sein könnte, sei bekannt. Die Anwesenden haben den vor 40.000 Jahren errichteten Außenposten entdeckt.
Nach einem Telefonat mit dem Stargate-Center wird bekannt gegeben, daß man zwei Linguisten zu dem Ort schicken wird, die die Inschriften mit Teylas Hilfe übersetzen könnten. Die Inschriften verraten, daß es sich bei dem entdeckten Gerät um ein "Tor zum Multiversum" handeln würde. Ferner besagen sie, daß das Universum ein Konstrukt im Multiversum sei, das vom Multiversum aus geschaffen sei. Es fällt den Anwesenden schwer, die Botschaften zu interpretieren; sie denken sich aber, daß es Zeit wäre, Jesus wieder aufzuwecken.
Währenddessen befindet sich der Geist von Daniel Jackson in einer Realität, in der verschiedene Farbkonstrukte um ihn herumfliegen, die er mit seinen Gedanken beeinflussen kann, aber dies nur sehr unkontrolliert. Nach einiger Zeit beginnt er zu verstehen, daß er mit seinen Gedanken im Prinzip in der Lage ist, das Geschehen vieler Universen zu beeinflussen, muß sich aber eingestehen, daß er nicht über das dazu notwendige Wissen verfügt. Plötzlich taucht mitten im Nichts die Tempelanlage aus Jerusalem auf und Daniel steht mitten darauf. Er schaut sich herum und findet in einem kleinen Gebäude Jesus herumsitzen.
Dieser erklärt ihm, daß nur er in der Lage war, das Multiversum durch das Tor zu betreten, da dies nur unter der Voraussetzung möglich sei, daß man schon einmal aufgestiegen war, was für die übrigen Anwesenden nicht zutrifft. Jesus erklärt, daß es sie sich auf einer Existenzebene überhalb der Aufgestiegenen befinden, zu der nur alle einen Zugang haben, die auch in der Lage sind, Anderen beim Aufstieg zu helfen - z.B. Omar, Morgaine und Merlin. Durch das Tor sei Abgestiegenen ebenfalls ein Zugang möglich, der ihnen aber ohne Hilfe nicht viel nutzt. Jesus erklärt Daniel, wie er nun dabei helfen kann, die Aufgestiegenen Lukanier zu bekämpfen. Sie bekämpfen die Lukanier (dargestellt durch gezielte Manipulation von Lichtkonstrukten).
Auf der Erde schlägt in der Nacht ein gewaltiger Blitz auf dem Petersplatz in Rom ein. Aus Schreck fahren mehrere Autos in einer Straße ineinander. Ein Taxifahrer verlässt sein Fahrzeug, schaut auf den Petersplatz und entdeckt dort seltsame Gestalten (die wieder abgestiegenen Lukanier).
Langfassung folgt als sehr umfangreiche FF.